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保护区于1997年经江西省人民政府批建为省级自然保护区，归属南昌市管理，经5年科考和3年申报，保护区历经8年艰辛，于2008年1月由国务院批准为国家级自然保护区，保护区管理机构是隶属于南昌市林业局的江西鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区管理局。 保护区以赣江入湖口湿地生态系统作为主要保护对象。

鄱阳湖水质评价结果表明，全湖水质基本维持II~III类水标准，水质较好。从超标情况来看，所选定的12个评价项目中有总磷、挥发酚、氨氮及高锰酸盐指数等项目在不同的水期在部分的监测断面出现超标。从污染分担率情况来看，入湖口以总磷、挥发酚、氨氮和高锰酸盐指数污染比重大，湖区以总磷和高锰酸盐指数污染比重大，出湖口以总磷、高锰酸盐指数和挥发酚污染比重大。从污染负荷比情况来看，入湖口以赣江南支口和信江东支口污染相对较重，修河口和抚河口污染相对较轻；湖区以蛤蟆石和都昌污染相对较重，星子和瓢山污染相对较轻。虽然目前鄱阳湖水质尚良好，但有机污染物质、营养物质等入湖量大，特别是总磷等营养物质，对鄱阳湖水质存在不可忽视的影响。从污染趋势分析结果表明，全湖氨氮、挥发酚和综合污染指数以上升趋势为主，高锰酸盐指数以下降趋势为主；湖区波阳、龙口、瓢山、康山和蛤蟆石以上升趋势为主，渚溪河口和蚌湖以下降趋势为主。