朱有勇于2001年获得何梁何利科学技术进步奖,2004年获得联合国粮农组织国际稻米年科学研究一等奖,2005年获得国家技术发明二等奖;获得云南省科学技术进步一等奖3项,二等奖2项,三等奖4项。获得国际农业磋商组织(CGIAR)优秀成果奖、云南省自然科学研究一等奖等国际、国家和省部级科技奖励14项。曾被授予全国优秀共产党员、全国杰出专业技术人才、全国高校名师奖、全国模范教师、全国农业科技先进工作者、全国农业推广标兵、全国优秀留学回国人员、兴滇人才奖等荣誉。2005年度全国十佳三农人物获奖人之一。颁奖词――在世界权威性科学刊物上发表论文,他是中国农民心目中的农民教授;在国际稻米年颁奖典礼上赢得殊荣,他是中国农民心目中的农民教授;站在制高点上的农业科学家最大的欣慰,那就是:农民需要什么,就去研究什么,农民称我农民教授”!