1946年，由谢元甫教授和吴阶平院士在北大医院建立泌尿外科。1949年，吴阶平院士在北大医院开设3张泌尿外科专业病床。1959年，成立泌尿外科病房，设36张病床。1964年，建立泌尿研究室，吴阶平院士任主任。1978年，建立北京医学院泌尿外科研究所，吴阶平院士为首任所长。1986年，更名为北京医科大学泌尿外科研究所，顾方六教授任所长，吴阶平院士任名誉所长。1988年，病床增至71张1989年，被国家教委评为国家唯一的泌尿外科重点学科。1992年，郭应禄院士任所长。1994年，首批进入国家高等院校“211”工程。1995年，成立北京医科大学泌尿外科培训中心，郭应禄院士任中心主任。1999年，成立北京医科大学男科病防治中心，郭应禄院士任主任。2000年，更名为北京大学泌尿外科研究所，被评为北京市重点学科。2001年，被评为教育部重点学科。2002年，那彦群教授任泌尿研究所所长；吴阶平院士任终身名誉所长；郭应禄院士任 名誉所长。潘柏年教授任泌尿外科科主任。2002年，搬入新病房楼，共三个病房，床位增至105张。2003年，何志嵩任常务副所长，李鸣、辛殿祺任副所长。2006年，金杰教授任北京大学第一医院副院长。2008年任泌尿研究所所长。
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