陶鹏发表的论文

位于美国得克萨斯州达拉斯市南卫理公会大学Southern Methodist University（SMU）化学系计算化学专业的陶鹏教授课题组招收2021秋季入学的博士研究生。我们是位于美国得克萨斯州达拉斯中心南卫理公会大学化学系计算化学专业的计算化学与生物学科研团队。目前组内成员有导师，六名博士生，以及四名本科生组成。导师有丰富的计算化学与生物学方法发展与实际应用的经验。目前已经发表学术论文近四十篇。目前课题组的研究方向包括发展并应用蛋白别构调节的分子动力学方法，通过反应机理的建构与机器学习的应用进行酶蛋白的进化历程研究，以及基本的分子动力学的方法发展。我们在使用QM/MM与分子动力学方法研究酶反应机理方面有精深的研究。最近我们在应用机器学习与人工智能的方法进行分子与蛋白功能结构的动态模拟的研究中取得较大进展。本课题组目前的科研方向包括发展机器学习与人工智能在分子动力学模拟中的应用，进一步提高目前业界酶反应机理模拟的水平，并保持我们在酶蛋白机理模拟方法发展的领先地位。最近SMU全面升级的只面对本校师生开放的拥有最新配置的高速计算机集群所提供的丰富计算资源将成为我们课题组的进一步提高科研能力的强大后盾。由于最近的出色科研成果，今年我们课题组获得了竞争异常激烈的美国国家自然科学基金（NSF）提供的为期五年的CAREER研究基金和美国国立健康研究院（NIH）提供的为期三年的R15研究基金。 欢迎有相关背景（分子力学，蛋白结构模拟，量子力学，机器学习或者人工智能）并有志在计算化学与生物学的方法发展与实际应用方面有所建树的同学加入我们的团队。所有的博士研究生都会得到每年$25000生活费用。在生活消费较低的达拉斯地区，你的生活质量会有相当的保障。如果你有能力与动力做最好的科研，我们就会提供最好的发展平台供你发挥。一位今年刚刚从本课题组毕业的博士生取得了发表七篇第一作者以及五篇第二作者的科学论文的骄人成就，并成功入职谷歌位于美国加利福尼亚州本部进行高端软件开发的工作。如果有雄心壮志，你一样可以成功！我们缺的不是机遇，我们需要的是能够把握机遇的人。我们学校的要求必须有GRE与英语（托福或者雅思）成绩。GRE没有具体分数要求，托福最低80分。英语很重要，但更重要的是你追求学术与人生梦想的动力与能力！需要提醒的是，要在我们的领域里获得成功，第一需要的是你对计算科学和计算机算法与编程天生的兴趣。第二需要对自然与生命科学内在规律强烈的好奇。第三还必须耐得住寂寞和不向任何困难低头的勇气。以上三条缺一不可。

亲你好，海洋学领域国际知名期刊Frontiers in Marine Science在线发表了由上海交通大学海洋学院张召儒副教授、周朦教授与合作者的研究论文“ Spatial Variations of Phytoplankton Biomass Controlled by River Plume Dynamics Over the Lower Changjiang Estuary and Adjacent Shelf Based on High-Resolution Observations ”。文章提出包含冲淡水锋面动力过程在内的一系列中小尺度过程是调控长江口及邻近陆架海域浮游植物量变化和藻华爆发的关键机制，为我们重新审视河口近海生态系统动力学提供了新的视角与启示。文章在线发表后浏览量已达595次。文章发表于 Frontiers in Marine Science ，该期刊2019年影响因子为3.661。动力过程是调控河口和近海区域浮游植物量时空变化的重要因素。以往研究多是基于大面站调查结果，强调浊度和光限制的变化、地形诱导的上升流和黑潮次表层水入侵等中-大尺度过程对长江口附近海域浮游植物量和藻华发生的主导作用。本研究于2017年7月首次在长江口海域利用集成多传感器的拖曳式走航观测系统Acrobat（图1），获取了从河口到陆架海域的物理及生态要素的高时空分辨率观测断面（图2），在此基础上揭示了中-小尺度上的冲淡水锋面过程对长江口海域藻华爆发的控制作用，其中的关键因素包括锋面对物质的辐聚效应、真光层深度的变化及冲淡水扩散状态变化对浮游植物停留时间的延长等。该航次由张召儒副教授担任首席科学家，周朦教授参与航次并担任技术指导，航次参与人员还包括上海交通大学钟贻森老师、高咏卉副教授及周朦教授团队成员，华东师范大学吴莹教授及其团队成员，同济大学许惠平教授团队。图1. 项目团队于2017年7月在长江口邻近海域开展的海上调查航次，该航次综合利用了近海拖曳式走航观测系统Acrobat、表层水走航系统、漂流浮标、站位采样等多种观测方式。图2. 长江口南槽至陆架海域断面水文、层结频率、有色溶解有机物、浊度、光合有效辐射、叶绿素浓度、营养盐和表层溶解氧等参数的高时空分辨率分布特征。文章指出，长江口邻近海域的浮游植物量空间变化受多重尺度动力过程的影响，其中冲淡水锋面过程对藻华的爆发起到决定性作用。初级生产力的出现起源于长江冲淡水主锋面所致的垂向层结及其对泥沙悬浮的抑制和对光照条件的改善，营养盐最大水平梯度发生在该区域，但其浓度的迅速下降主要由淡水和海水的混合所致。长江口藻华发生于冲淡水主锋面的露头位置（称之为表锋面），漂流浮标结果（图3）显示该位置存在显著的物质辐聚效应，是导致浮游植物汇聚和藻华发生的重要因素；同时，辐聚导致下降流的产生，进一步增加了真光层的深度；此外，锋面外海一侧存在波动信号，伴随了冲淡水运动由超临界状态向亚临界状态的转变，增加了冲淡水及其携带的浮游植物在表锋面附近的停留时间，为藻华的发生进一步提供了有利的条件（图4）。图3. 航次中在长江口北港外侧释放的5个表层漂流浮标在124°E以西的漂流轨迹与速度。图（A）和（C）揭示了冲淡水表锋面附近流动状态的改变及其物质辐聚效应。图4. 多重尺度物理过程对长江口邻近海域浮游植物量及相关生物地球化学过程的调控作用与机理。本文第一作者为上海交通大学海洋学院长聘教轨副教授张召儒，通讯作者为上海交通大学周朦教授和张召儒副教授，合作者还包括上海交通大学钟贻森老师、高咏卉副教授、张瑞峰副研究员、Walker Smith教授，以及华东师范大学的张国森和江山博士。该研究由国家自然科学基金重点项目“长江口冲淡水的对流、扩散和物质转换综合过程”（41530960）资助，上海交通大学海洋学院周朦教授为该项目负责人，参加单位包括上海交通大学、华东师范大学和同济大学。张召儒，上海交通大学海洋学院长聘教授副教授，博士生导师。2007年本科毕业于中国海洋大学，2013年博士毕业于美国德克萨斯农工大学，2014年至今任职于上海交通大学海洋学院。研究领域包括近海动力学、极地海洋-海冰动力学和海洋物理-生态耦合过程，目前已经在Progress in Oceanography, JGR-Oceans, Climate Dynamics,Ocean Modelling和Frontiers in Marine Science等期刊发表SCI论文18篇。担任海洋学领域知名国际期刊Journal of Marine Systems责任编委，美国地球物理学会期刊AGU Advances总编遴选委员会委员和Ocean Sciences Meeting主席遴选委员会委员。