生信文章。生信层面分析了TCGA-SKCM数据集中每个患者的生存比例、标准化基因表达数据和临床信息,分析原发组和转移组之间的多基因依赖分数和基因集评分。单基因单肿瘤类属于生信文章。
有粉丝问:如何找到适合自己的纯生信友好期刊呢?这就需要从以下五方面进行考虑: 第一,就是单位政策 有些科研水平高的单位往往都会建立期刊黑名单,目的就是不想让你们发这些期刊,不然的话就没有办法毕业或者评职称、没有科研经费资助等等。这些期刊往往都是江湖四大神刊类期刊,还有就是在预警期刊名单上的期刊。如果你单位有些规定,只能避开这些期刊,另寻别的期刊;如果没有这些规定,就没有影响。 第二,就是时间问题 如果你急需要发表文章,等着文章来用的,只能找一些审稿周期短、门槛比较低的期刊。一般都是影响因子低的期刊门槛较低,OA期刊的门槛比非OA期刊低,4区期刊比3区低。如果你时间足够,什么时候发表这篇文章都没有关系,你选择的期刊就更多了,审稿周期长的期刊可以选择,影响因子高一点的也可以尝试,可以先冲高分,然后再做打算。 第三,就是文章本身质量问题 这里首先要考虑就是创新点,没有人发过的,一般都是比较好发的,更容易发高分。例如坏死性调亡,目前基本没有找到相关的纯生信文章,这种热点肯定比那些已经烂大街的热点好发。此外,还要看数据结果的阳性程度,阳性程度越高越好发。因此,如果这个研究热点,你是第一个发的,而且结果非常好,这样的文章是非常有必要尝试一下高分期刊。 第四,就是避开一些不接收纯生信的期刊 现在有一些期刊是不接收纯生信文章,例如 PeerJ、Bioengineered、Frontiers in Oncology ,这些可以到期刊公告上查看,或者到期刊论坛问一下。当然你不相信的话,你可以自己去投稿一下,自己实践一下就是最清楚的。 第五,就是问一下有经验的人 问一下别人目前哪些生信期刊好投,参考一下,当然别人给出的期刊也不一定适合你。也有可能今天这本期刊还大量接收纯生信SCI,明天突然开始不接收纯生信,因为没有人知道明天会发生什么。 总结: 最好投的期刊就是向你约稿的期刊(一般约稿都不会拒稿),最不好投的期刊就是你自身要求太多(一区、非OA、声誉好、审稿周期快等)而自己文章质量既没有创新点也没有非常好的阳性结果。
三年前,记得大家都可以轻松发三五篇纯生信SCI,哪怕是用比较简单的分析套路,随便都能找到一大堆对纯生信友好的期刊。随着行情的变化,现在的纯生信(传统的分析套路)变得非常艰难了,曾经对纯生信极度友好的期刊已经变得不友好了,需要补实验才考虑接收。 现在总结三本低分的、对纯生信不友好的期刊。注意:我们所说的纯生信是没有补任何实验和自己的测序数据的。 NO.1 Med Sci Monit ,影响因子: 2.649 ,中科院分区: 4区 , 属于预警期刊 。目前对纯生信非常不友好,只要你不补实验,基本都是会被秒拒。以前这本期刊对纯生信是很友好的,接收了非常多的纯生信文章。 但是现在行情况变了,大家的纯生信文章都想这里投,结果将期刊搞怕了,只能考虑接收补实验的生信文章。 NO.2 Peer J ,影响因子: 2.984 ,中科院分区: 3区 , 不属于预警期刊 , 被称为“毕业的神刊” 。曾经有很多研究生的meta分析和纯生信都发表在这本期刊上,并且顺利毕业。现在依然很多纯生信往这本期刊投稿。 不过,现在行情也变了,不补实验的生信文章基本都是秒拒的。 NO.3 Bioengineered ,影响因子: 3.269 ,中科院分区: 4区 , 不属于预警期刊,这本期刊官网标出的接收率高达72%。 之前这本期刊接收纯生信也是非常多的,也是极度友好的, 一模一样的套路文章已经发了3篇都还敢接收的 。不过,这样的期刊好景不长,现在需要补实验才考虑接收生信文章。 总结: 现在的纯生信行情就是这样的: 知名的、低分的期刊 已经不要纯生信了, 而少人知道的、无论低分还是高分期刊 一样接收纯生信; 少人做的热点纯生信 总是有期刊愿意接收,而 烂大街的纯生信 ,好难找到一本愿意收留的期刊; 补实验才是硬道理,补实验的生信更加容易被期刊接收 。
生物类的呗,医学类的呗,都是可以的,还可以看下在生物医学期刊上
《基因组学与应用生物学》中国科技核心期刊、中国科学引文数据库来源期刊、《中文核心期刊要目总览》核心期刊及中国期刊方阵“双效”期刊、广西高校优秀学报。广西大学主管、主办。聘请李宁院士为主编;罗达博士、研究员为副主编;方宣钧、朱玉贤博士为执行主编以及 26名国内知名专家教授组成的编委会。实现优质管理,严把政治和学术质量关。《广西农业生物科学》由广西大学主管和主办, 是原广西农业大学主办的 《广西农业大学学报》变更而来, 创刊于 1982 年, 季刊, 国内外公开发行。二十一世纪, 基因组学已成为生物科学领域中的理论与技术的核心平台, 为了适应基于基因组时代的现代生物科学的发展, 经国家新闻出版总署批准, 从 2009 年开始, 《广西农业生物科学》更名为《基因组学与应用生物学》(《Genomics and Applied Biology》) 。更名后的期刊仍由广西大学主管和主办, 公开发行, 双月刊, 双月 28 日出版。由中国科学院院士及美国国家科学院外籍院士张启发博士任主编, 北京大学教授朱玉贤博士和海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士任执行主编。《基因组学与应用生物学》将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学等基础学科领域, 着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境与生态科学以及生物学实验技术与方法等应用生物学领域的最新研究进展和成果。将开设综述与专论、研究论文、新技术新基因新种质等栏目。《基因组学与应用生物学》承载着《广西农业生物科学》的悠久历史与荣誉, 进一步开拓奋进,为现代生命科学和应用生物学的研究与发展提供学术交流的平台, 使之成为中国科学家走向世界的桥梁。《广西农业生物科学》自创刊以来, 得到各级领导、国内外学术单位以及广大科研人员的支持和厚爱,受到来自全国30多个省、市、自治区及国外的科研院所、大专院校的两千多名作者的支持与厚爱,刊发了研究论文、研究报告、评述与展望等类型的科研论文共400余篇,内容涵盖基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学、生物信息学以及应用生物学等基础学科与应用学科。 值此更名之际, 我们向支持和厚爱本刊的科研院所、大专院校及广大科技工作者表示衷心的感谢! 更名后, 我们将不辜负大家的信任和期望, 以十分鲜明的特色, 为广大的科学家服务。
生物类的,医学类的期刊都可以发啊
生物信息学PLoS计算生物学BMC生物信息学三个比较有名的和专门的生物信息学期刊。一些知名的,但没有具体的生物信息学,只是很多bioinfo被发送到了上面。核酸研究基因组生物学基因组研究BMC基因组学BMC系统生物学BMC结构生物学蛋白结构,功能和生物信息学。分子系统生物学片刻我能想到的也有几个。有很多不太出名的(影响因子)未列出
5分以上的杂志:
control release、Adv Drug Deliv Rev 、Annu Rev Pharmacol Toxicol 、Nature Communications
Elife——国人文章作者一般为国内科研大牛或科研团队,国人发文占比约6%
Elife是一本起点很高的综合期刊,旨在向读者提供最前沿的生命科学和生物科技研究。从该期刊最新文章进行分析来看,其收录范围非常广,有关生命科学和生物医学的论著和综述均可投稿。但注意这本期刊严谨而又大胆创新的编辑共同审稿模式,不仅缩短了审稿周期,也对稿件质量把控得更加严格。据说投稿到该期刊超过2/3的文章都会在外审前被编辑退稿。
基因组学和应用生物学是一种复杂的科学,因此编辑们希望投稿者能够提供详细而完整的答案,以便他们能够准确地评估投稿者的知识水平。因此,编辑们要求投稿者提供最少200字最多500字的回答,并且要求回答完整,不要出现重复。
据我所知这个杂志是北大核心期刊,审稿时间一般为一两个月,该杂志接受邮箱投稿,如果没录用会邮件通知的。附图为这个杂志知网版权页照片,有投稿邮箱和联系方式。
基因组学与应用生物学投稿为什么都是编辑回复答案如下:因为基因组学与应用生物学投稿都是编辑回复,中午时分,太阳把树叶都晒得卷缩起来。
转自:
基因组(Denovo sequencing),即基因组从头测序,指在不依赖参考基因组的情况下绘制该物种的全基因组序列图谱,从而获取该物种的全部遗传信息。高连续性基因组的获得,对后续功能基因定位,结构变异检测具有重要的意义。结合近几年的文章我们不难发现,基因组研究主要以下面几种方向为出发点开展: 1)大型/多倍体/超复杂物种基因组破译,技术创新改革; 2)0 Gap基因组/单体型基因组构建,序列优化打磨; 3)未知基因组破译联合多组学分析,经济价值挖掘; 4)品种泛基因组构建解析功能变异,覆盖多样表型; 5)科属水平谱系基因组构建与分析,探索进化功能; 6)多种基因组联合多组学比对剖析,解析性状特征。 ... ...
前5种好理解,第6种方向能做什么呢?其实我们想要了解一个物种,往往单一基因组难以完整解析,例如
等等棘手但是却又热门的研究话题。
接下来我将通过百迈客最近三篇动植物上的成功案例带大家看看,如何通过数个材料基因组结合多组学的手段解析性状特征。
合作单位:中科院南海海洋研究所 发表期刊:Science Advances 影响因子:14.131 发表时间:2021.08 研究材料:Denovo:雌性与雄性草海龙(Phyllopteryx taeniolatus);雌性与雄性绿海龙(Syngnathoides biaculeatus) 个体重测序:2只雄性草海龙 RNA-seq:脑、眼、鳃、肝、肠、肌肉、鳍、皮肤和附叶 测序方案
Denovo:雌性、雄性草海龙与雄性绿海龙PacBio平台;雌性绿海龙Nanopore平台,雌性、雄性草海龙与雄性绿海龙进行Hi-C测序。三代测序技术对应测序数据如下表所示: 个体重测序:~30X PacBio
草海龙最终组装大小为~659 Mb(♂)与 ~663Mb(♀), contig N50分别为10.0 Mb与12.1 Mb。绿海龙分别组装~637 Mb(♂)与~648 Mb(♀),contig N50分别为18.0Mb与21.0 Mb。4个基因组BUSCO评估显示范围在94.00- 94.40%。并分别在草海龙和绿海龙中确定了31个和33个发生 扩张的基因家族 。通过19条鳍鱼类全基因组数据集进行 系统发育分析 ,明确草海龙与绿海龙在系统发育地位上属于海龙亚科(Syngnathinae)的姊妹群,并于 27.3 百万年前 左右发生分化。
草海龙的头部、颈部、腹部、背部和尾部区域有叶子状的附属物,可以与周围环境相融合,使草海龙以完美拟态隐匿于海草床中。这些结构是该物种的一种适应性进化产物,主要由骨基质和富含胶原纤维的结缔组织组成。
通过转录组学分析,发现其表达基因(如msx,dlx,fgf)主要从皮肤和鳍等器官募集而来,暗示了相关基因对新器官产生和维持的重要作用。而“附叶”与鳍相比缺乏肢体发育特异性的hox基因。草海龙的附叶在捕食者的袭击中经常受到损伤,为了研究相关机制,作者通过转录组分析研究发现在其附叶中炎症和损伤修复相关基因表现出高表达水平, 说明这些基因可能与其附叶的快速愈合和再生能力相关 。 同时草海龙特异性扩张的MHC I基因也在附叶中显著高表达,能为其提供额外的免疫保护。
通过雄性和雌性叶海龙Illumina reads正反比对雄性和雌性的全基因组序列,来确定叶海龙中假定的性染色体和性别基因座。结果显示 Chr4上的一个~47-kb区域仅在雄性中存在 , 且reads覆盖度为Chr4平均值的一半,该片段经Hi-C互作分析结果支持。
注释及比较分析发现草海龙和绿海龙的性别决定基因均为amhr2的雄性特异性拷贝amhr2y,但两者的基因座不相同。系统发育分析表明,amhr2y起源于它们最近共同祖先的重复事件,而黄鲈amhr2y是从其谱系中的独立重复事件进化而来。研究发现amhr2y比amhr2受到的选择压力更强,其整体结构与amhr2相似。
草海龙与其他海龙科物种一样具有缺乏牙齿的管状吻。 研究表明,大部分富含P/Q的分泌型钙结合磷蛋白(SCPP)基因的缺失可能是导致syngnathids无牙的原因。 为了验证海龙科中因 假基因化丧失功能 这一点,作者使用CRISPR-Cas9技术构建了两个斑马鱼scpp5突变系,发现scpp5-/-突变体斑马鱼牙齿的数量减少且颌骨中存在用于附着牙齿的凹坑。
研究结论 该研究通过雌雄性海龙基因组的破译,结合 重测序分析、转录分析、比较基因组分析 等研究揭示了海龙科物种性别决定基因的产生和演化历程,为海洋鱼类的环境适应性进化研究提供了重要理论依据。
合作单位:浙江大学 发表期刊:Plant Biotechnology Journal 影响因子:9.801 发表时间:2021.08 研究材料:Denovo:Brassica juncea菜用芥菜T84-66、油用芥菜AU213; 个体重测序:12个油菜品种; 遗传进化:183份油用与菜用芥菜; 测序方案: Denovo:菜用芥菜分别146 Gb Illumina(~150X)+ 251 Gb PacBio( 200X)+Hi-C( 200X );油用芥菜147 Gb Illumina(~150X)+205 Gb PacBio( 200X)+Hi-C( 200X ) 个体重测序:~20X Nanopore 遗传进化与GWAS:~10X illumina
研究内容
在着丝粒附近的异染色质状态中具有相对较低的基因表达模式。
系统地鉴定了T84-66 和AU213的A和B亚基因组中的全基因组单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失(InDels)和存在/缺失变异(PAV)。在T84-66和AU213之间的A和B亚基因组中鉴定了24,768个PAV(> 100 bp), 其中3,634个PAV导致6,425个基因的变异。随机选择了几个PAV并使用PCR来确保这些PAV的保真度。其中一些基因组变异位于基因区域内,预计会影响T84-66和AU213作物中涉及生物和非生物胁迫的基因功能。
为了破译芥菜基因组菜用和油用品种之间SVs衍生的功能差异,作者基于Nanopore重测序技术,系统比较了菜用和油用芥菜群体基因组结构变异(structural variation,SV) ,挖掘到包括1, 354个高可信度的插入、缺失、重复、倒位、易位等变异。其中两个重要的基因位点TGA1和HSP20在ChrA06和ChrB08,可能与B.juncea基因组的菜用与油用品种之间对生物和生物应力的反应的自然变异有关。 这些变异研究为菜用芥和油用芥两个典型分化群体的演化提供了基因组变异基础。
使用T84-66作为参考基因组,对183份油用与菜用芥菜进行进化关系分析,并通过SGS-GWAS(scored genomic SNPs based GWAS)基因定位,在A02和A09中发现了两个参与控制芥菜硫苷(GSL)积累变异的关键遗传位,并首次发现A09中的MYB28与B. jucnea中GSL的积累有关。经过进一步研究并同过ONT验证发现,MYB28基因的拷贝数变异(copy number variations,CNVs)是导致芥菜种群中硫苷积累差异的原因,该基因的拷贝数变异在低硫苷芥菜群体中普遍存在。
研究小结 该研究将为多倍基因组进化研究和精确基因组选择研究提供重要研究信息,对芥菜风味品质和油脂质量的分子遗传改良具有重要科学和应用价值。
合作单位:华中农业大学 发表期刊:Molecular Biology And Evolution 影响因子:16.241 发表时间:2021.05 研究材料:基因组、Hi-C:圆叶棉G. rotundifolium(K2)、亚洲棉G. arboreum(A2)、雷蒙德氏棉G. raimondii(D2)新鲜叶片
测序方案 denovo:illumina K2、A2和D5分别108×, 118×, 132×;Nanopore K2、A2和D5分别124×, 131×, 167× Hi-C挂载:6碱基酶HindⅢ;K2、A2和D5分辨率分别为20kb、20kb、10kb Hi-C互作:4碱基酶DpnⅡ;分辨率20 Kb, 50 Kb, 100 Kb
研究内容
利用Nanopore测序技术组装了圆叶棉( K2 )基因组,组装大小为2.44Gb(contigN50 = 5.33 Mb);提升了亚洲棉( A2 )和雷蒙德氏棉( D5 )的基因组,组装大小分别为1.62 Gb (contigN50 = 11.69 Mb)和0.75 Gb(contigN50 =17.04 Mb )。Hi-C挂载率均超过99%,BUSCO结果分别为92.5%, 93.9%,及95.4%。
重复序列注释表明,相对于D5,K2和A2中棉种 特异的反转录转座子扩增是造成这三个基因组大小三倍变化的原因,特别是Gypsy和DIRS类型。全长转座子插入时间分析表明K2基因组中转座子插入最为古老,A2基因组有更多新的转座子。
比较基因组分析表明,A2和K2基因组在Chr01与Chr02染色体间存在一个大的易位;K2和D5基因组在Chr13与Chr05染色体间存在一个大的易位。三个棉种在57-71百万年前存在一次共同的全基因组复制事件,并在5.1-5.4百万年前发生物种分化,基因共线性分析表明每个基因组大约有15%特异的基因家族。
通过HiC染色质互作数据揭示三个棉种染色体大小的规律,A2与K2比D5多了约7000个基因,三个基因组中17%的共线性同源基因表现为A/B区室的染色质状态改变,这与活跃的转座子扩增相关。
K2与A2及与D5相比更多的倾向于A向B的转化。K2和A2中有更多的基因处于A compartment,D5中有更多的基因处于B compartment。
大约60%的拓扑结构域(TAD)在三个基因组中发生了重新组织,K2基因组中有更多特异的TAD。基于边界TE覆盖度,边界TE表达以及TE插入时间分析,发现K2不保守的TAD边界存在特异的和较新的转座子(物种分化后爆发的TE)插入。这些结果表明最近在K2和A2基因组中表达的TEs的扩增可能有助于在三个物种分化后形成谱系特异性TAD边界。基于这些结果,作者提出了三个棉种分化过程中,基因组扩张-转座子扩增介导的A/B区室转换和TAD重组的进化模型。
研究小结
本次研究首次公布了棉属中二倍体圆叶棉基因组,并对亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组进行了升级,解析了转座子活动驱动的基因组大小进化特征,从转座子扩增和染色质空间结构角度为棉花物种进化提供新的见解,为植物中转座子活动介导的转录调控进化研究提供参考。
5分以上的杂志:
control release、Adv Drug Deliv Rev 、Annu Rev Pharmacol Toxicol 、Nature Communications
Elife——国人文章作者一般为国内科研大牛或科研团队,国人发文占比约6%
Elife是一本起点很高的综合期刊,旨在向读者提供最前沿的生命科学和生物科技研究。从该期刊最新文章进行分析来看,其收录范围非常广,有关生命科学和生物医学的论著和综述均可投稿。但注意这本期刊严谨而又大胆创新的编辑共同审稿模式,不仅缩短了审稿周期,也对稿件质量把控得更加严格。据说投稿到该期刊超过2/3的文章都会在外审前被编辑退稿。
2001年人类基因组的草图发表在《自然》(Nature)杂志期刊。
2001年2月12日,由6国的科学家共同参与的国际人类基因组公布了人类基因组图谱及初步分析结果。这个被誉为生命科学“登月计划”的研究项目取得重大进展,为人类揭开自身奥秘奠定了坚实的基础。
美、英、法、德、日和中国6国先后参加人类基因组对23对染色体DNA大规模测序的国际合作,最终绘制了一张类似化学元素周期表的人类基因组精确图谱。人类基因组计划中最实质的内容,就是人类基因组的DNA序列图。
人类基因组计划起始、争论焦点、主要分歧、竞争主战场等都是围绕序列图展开的。在序列图完成之前,其他各图都是序列图的铺垫。也就是说,只有序列图的诞生才标志着整个人类基因组计划工作的完成。人类基因组图谱的绘就,是人类探索自身奥秘史上的一个重要里程碑。
它被很多分析家认为是生物技术世纪诞生的标志,也就是说,21世纪是生物技术主宰世界的世纪。正如一个世纪前量子论的诞生被认为揭开了物理学主宰的20世纪一样。
作用
人类基因组精确图谱将成为21世纪生命科学领域的领头学科,这一点在国际上已得到认同,我们今天站在新世纪的门槛上,回想20世纪初,物理学在自然科学领域占绝对的领导地位,那时候的物理学如此风光。
源于它在理论上的重大突破,牛顿力学、热力学第二定律、量子力学以及随后的相对论等等这些理论,给物理学的发展、物理学的冒尖打下了基础,这些理论是过去没有的,是人类创新性的理论,这就是物理学能在20世纪初成为自然科学领头学科的最根本的原因。
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内容主要有动植物基因工程、细胞工程的基础研究及生物技术在农业、医学、食品、环保方面的应用成果、新技术、新方法,以及有关的商品、产业化信息、政策、法规等。可供从事生物技术研究的科技人员、高校师生、主管部门管理人员及企业有关人士的跟踪参考。跨越世纪的1997-2007年,发表国际国内最早的转基因禽类输卵管生物反应器(oviduct bioreactor)和系统遗传学(以及遗传学发展三时期)概念、理论和原理的论文。《生物技术通报》系中国农业科学院农业信息研究所与生物技术研究所及中国农学会高新技术农业应用专业委员会共同主办的国家级综合性科技刊物。2008年入选全国中文核心期刊,2006年首批进入中国农业核心期刊。主要报道国内外农、牧、林、渔及医学、轻化等领域中生物技术研究的新进展、新技术、新成果与发展趋势,内容包括基因工程、细胞工程、酶工程、发酵工程、蛋白质工程以及生物工程的应用、新的实验技术与方法等。 顾问:卢良恕、李载平、王涛、范云六、丁勇、贾士荣主任:沈桂芳副主任:梅方权、黄大昉、章力建、安道昌、雷茂良、孟宪学、李思经委员(以姓氏笔划为序):王海波、邓子新、石燕泉、孙国凤、成卓敏、朱玉贤、朱祯、朱鑫泉、阮力、李秀兰、吴祥甫、何家禄、辛志勇、陈永福、周永春、张启发、郑康乐、赵琦、贾继增、郭三堆、唐纪良、童光志、曾邦哲、蔡幼民。主编:沈桂芳 一、栏目及其内容1.专家 论坛 专家对当前生物技术研究和应用中的大事、要事及热点问题提出看法和建议。2.综述与专论 论述生物技术领域某学科国内外前沿研究的最新进展及某重点课题的研究进展。3.技术与方法 新的或改进的实验技术、检测手段及方法。4.研究 报告 某项实验研究的试验材料、技术与方法、结果与讨论。5.成果与应用 介绍某项成果的开发与应用情况(含技术方法和经济效益)。可附上与文字配合的黑白照片2~3张;每篇1500~3000字。6.其 它 报道重要生物技术会议,国家颁布的有关政策、法令,重点实验室与公司介绍等。要求:每篇500~1000字。二、投稿要求及说明1.文章要求:(1)第一作者请注明姓名、出生年、性别、职称、职务、研究方向;(2)中英文题目要一致,每篇文章要有300字左右的中英文摘要和5~8个关键词;(3)附主要参考文献,每篇文章最好6000字左右。(4)表格请使用三线表格式,标注表题。(5)如需用图片说明,请提供黑白的清晰照片,并附上图题、图注。(6)针对“研究报告”类文章,试验结果除了以图、表的形式展示外,还需附以文字对重点内容加以描述、说明。此外,图表中的指示性数字、符号等所代表的具体内容要在图下加注解释(例如,琼脂糖凝胶电泳的条带M,1,2,3…..分别是哪种物质)。(7)作者在对某一专题、或是某一研究领域进行综述时,需要对收集的文献及其他相关资料进行归纳、整理,明晰文章论点,并对选题做系统、全面、深入的分析、论述。最后,在全面、深入地分析、评价现有研究的基础之上,对该研究领域未来的发展趋势进行科学、合理化预测,且提出严谨、有价值的建议。综述是本刊的重点栏目之一,作者在投综述类文章时,需要对专题的发展过程,或是前人研究历史做清晰、有条理的论述,避免大量文献的堆砌。此外,文中所引用的参考文献最好是近5年国内外公开发表的文章。2.一律用文后参考文献的形式,所引用的参考文献需按在文中出现的先后顺序编码,且与文后参考的序号相对应。3.参考文献著录格式如下:(1) 作者,书名.地址:出版社,出版时间,页码.例:刘良式,植物分子遗传学.北京:科学出版杜,1998,40~48.(2) 作者,作者,等.文章题目.刊名,年,卷(期):页码.例1: 朱立煌,徐吉臣,陈英,等.用分子标记定位一个未知的抗稻瘟病基因.中国科学(B辑),1994, 24:1408~1502.4.请勿一稿多投,稿件文责自负,1个月后如未收到录用通知可投他刊。5.邮寄打印稿1份并同时发送电子稿。
《Nature》杂志用全球观点观察事物的优良传统
做小鼠胚胎发育的研究人员一般喜欢用LacZ,也就是将LacZ置于一个启动子的调节之下。用LacZ可以进行胚胎全身染色(whole body staining),这样可以了解一个基因在体内的表达谱全貌。如果做细胞跟踪,比如免疫细胞,神经细胞等,一般喜欢用荧光蛋白。这样一是容易对细胞进行分离(比如FACS)和体外分析,二是容易对分离的细胞进行体内追踪(比如Adoptive transfer)。早些年用的最多的是EGFP和EYFP。有的时候,我们需要将两种不同的reporter小鼠交配在一起,研究两个基因的关系,这时可以将两个基因采用不同的荧光蛋白进行标记,也就是做两种不同的模式小鼠。因为早期大家多是用EGFP,现在可以多做一些其它荧光蛋白的报告基因小鼠,以便跟以前研发的EGFP小鼠结合起来研究。 zsGreen和EGFP, EYFP都是绿色荧光。EGFP和EYFP很难区分开。zsGreen是一个比较稳定的绿色荧光蛋白。DsRed和TdTomato都是红色荧光。这两种荧光蛋白都有报告基因模式小鼠发表。TdTomato是一个信号非常强的荧光蛋白,目前已经有报告基因小鼠发表,对细胞/小鼠也没有明显的毒性。相信以后会有越来越多的小鼠用TdTomato来做报告基因。虽然mRFP和mCherry是两个非常好的荧光蛋白,但由于它们需要584nm的激发光,所以一般的FACS仪器不能检测到信号,需要用到LSRII这样的仪器,而很多实验室可能没有这样的仪器。也有用EBFP, ECFP做细胞实验的,但用到小鼠上的比较少。比如需要用到紫外光来激发。如果想在一个小鼠里表达两种荧光蛋白,最好是用两种分得比较开的,比如,最好不要同时用EGFP和EYFP。 HuCD2和Thy1.1是细胞表面受体。HuCD2因为去掉了C-term序列,使得其失去了信号传导的功能。那什么时候会用这两种分子呢?比如我们想研究一个细胞内蛋白基因(比如转录因子)的功能,经常需要把表达这个蛋白的细胞分离纯化出来。这个时候可以将HuCD2或Thy1.1报告基因放置在这个细胞内蛋白基因启动子下(比如加一个IRES-Thy1.1), 这样所有表达这个细胞内蛋白的细胞都会在细胞表面表达Thy1.1。这样就可以用anti-Thy1.1抗体将这一群细胞分离出来,进行后续研究。当然也可以用anti-Thy1.1抗体进行组织切片的免疫荧光检测。 HA、FLAG、Biotin等是细胞和生化实验中常用的标签多肽或蛋白。在Western blot,免疫沉淀(Immunoprecipitation)等实验中经常用到,因为有非常特异的HA、Flag抗体。Biotin可以跟生物素(Streptavidin)直接结合并用于免疫沉淀。在模式小鼠中,这些标签多肽或蛋白可以与要研究的蛋白做成融合蛋白。这种模式小鼠最常被用到的是Chip-chip实验。比如要研究一个转录因子的功能,就需要知道这个转录因子在细胞内(正常或刺激条件下)结合到染色体基因组DNA的位置以及结合序列。我们知道,特异性好、亲和力高的抗转录因子的抗体非常不容易得到或制备。这个时候可以将标签多肽(比如FLAG)放在转录因子的C-term,做成融合蛋白。刺激细胞之后,对细胞进行化学交联,并破碎细胞以及基因组DNA,然后用anti-FLAG抗体作免疫沉淀,将转录因子沉淀下来。最后分析这些转录因子所结合的DNA片段序列,从而找到该转录因子的在基因组上的识别序列,也就找到了该转录因子的作用基因。 荧光素酶做报告基因模式小鼠,一般是为了做活体成像实验。比如在一个细胞因子启动子下面放置荧光素酶基因。免疫小鼠之后,有些细胞或器官表达该细胞因子同时表达荧光素酶。通过注射荧光素酶底物可以检测荧光在小鼠体内的分布,从而得出该细胞因子在不同免疫条件下的表达情况。荧光素酶在癌症研究中也经常用。通过荧光活体成像可以研究肿瘤细胞的发生和转移。 报告基因很多。这里只是一点简要的介绍。不同的模式小鼠根据实验目的不同,可以做非常不同的设计。