申请专利无效的程序是:1、自国务院专利行政部门公告授予专利权之日起,当事人向国务院专利行政部门提出无效认定的请求;2、国务院专利行政部门审查申请材料;3、国务院专利行政部门作出决定,并通知请求人和专利权人。【法律依据】《中华人民共和国专利法》第四十五条自国务院专利行政部门公告授予专利权之日起,任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的,可以请求国务院专利行政部门宣告该专利权无效。第四十六条国务院专利行政部门对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定,并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定,由国务院专利行政部门登记和公告。对国务院专利行政部门宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的,可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。人民法院应当通知无效宣告请求程序的对方当事人作为第三人参加诉讼。