CGH已广泛应用于人体各种肿瘤的研究,晚近的资料表明,已对20000余例肿瘤的基因组热点重排、拷贝数目的异常、编码的基因、以及与肿瘤的发生发展、诊断、分类和预后的关系进行了研究,这对于加深肿瘤分子生物学的理解具有重要意义。(1) 肿瘤染色体区DNA增益和丢失研究表明在许多恶性肿瘤如乳腺、卵巢、前列腺和肺癌染色体区1q、3q和8q常发生增益,而8p、13q、16q和17p常发生丢失。在睾丸癌发生12p和Xp增益,肾癌发生14q丢失,卵巢癌发生Xp丢失。这些特异位点的丢失反映了在癌发生过程中的独特性。为了评价恶性实体肿瘤遗传物质的增益和丢失,Mertens等〔6〕选择文献报告的11种肿瘤,根据508例乳腺癌、447例恶性神经性肿瘤、435例肾癌、333例结肠癌、304例卵巢癌、303例肺癌、209例睾丸生殖细胞肿瘤、206例头颈部癌、172例恶性黑色素瘤、142例Wilm瘤和126例成神经细胞瘤的细胞遗传学信息,对每一染色体的失衡进行计算,发现所有肿瘤的增益和丢失都有其独特的失衡分布,然而,不同类型的肿瘤也具有相当大的重叠,提示许多肿瘤的发生具有相似的分子机制,所有肿瘤的丢失程度明显高于增益,大多数肿瘤存在染色体X、Y、4、10、13~15、18和22以及染色体片断1p22-pter、3p13-pter、6q14-qter、8p、9p和11p的丢失。肺小细胞癌的染色体3q(85%)、5p(70%)、7p(70%)、7q(65%)和8q(65%)常发生信号增强,也见于1q、2p和20p;3q26、8q24、3q28-qter、、8p11-12、12p12和较常发生增益。而最常发生信号减弱的染色体是3p21, 8p21-pter、、、9p、13q12-14、17p和18q21-qter常发生丢失。(2) 明确DNA增益和丢失的靶基因CGH可精确定位肿瘤基因,特别是发生DNA增益的染色体位点。研究表明在一些肿瘤中存在多种染色体亚区增益或DNA拷贝数扩增。已发现乳腺癌高达30个染色体亚区参与增益和丢失,显著高于用癌基因特异DNA探针定位的结果。Morchio等对50例伴HBV感染的进展期肝细胞癌(HCC)进行CGH,发现染色体臂4q(70%)和8p(65%)最常发生丢失,该丢失位于4q21和8p21-23的微小重叠区,以往研究发现在高分化HCC 4q21-22区完全丢失是一继发事件,其可增加已发生肿瘤的侵袭力,此区亦是HBV整合的部位;RFLP研究显示在含有PRLTS基因(PDGF受体β样肿瘤抑制基因)。染色体臂16q(54%)、17p(51%)、13q(37%)、6q(37%)和1p36(30%)亦证实有丢失,在23%~85%的HCC发生含E-cadherin基因的16q21-24区丢失;染色体13q存在两个丢失区,分别含有RB1(13q14)和BRCA2(13q12)肿瘤抑制基因。染色体臂8q(60%)、1q(58%)、6p(33%)和17q(33%)频繁发生增益,最小重叠区定位于1q11-25和8q22-24,在许多肿瘤包括HCC频繁发生1p36的丢失,认为此区可能含有一个肿瘤抑制基因,1q的频繁扩增也提示存在一个癌基因参与癌的发生过程;此外在11q12、12p11、14q12和也发现有扩增。对这些丢失或增益区分离克隆将可发现新的癌基因和肿瘤抑制基因。(3) 肿瘤的分期与分级 Bockmuhl等应用CGH对29例转移性(pN+)和19例非转移性(pNO)头颈部鳞形细胞癌研究发现,pNO肿瘤染色体5p、6p和7p过度表达,而pN+肿瘤频繁发生染色体7q、10q、11p、11q、15q和20p的丢失以及染色体19q和20q的过度表达,转移性癌的染色体10q25-q2611和p13-p14的丢失显著增高,微卫星多态物杂合性分析亦证实染色体10q的异常,表明这种独特的遗传学改变与头颈部鳞形细胞癌的转移表型有关。Weber等〔10〕应用CGH对19例良性(WHOⅠ级,MⅠ)、21例不典型(WHOⅡ级,MⅡ)和19例间变型(WHOⅢ级,MⅢ)散发的脑膜瘤染色体失衡扫描发现,随着恶性程度的增加,染色体遗传学异常明显增多,每个肿瘤总的数目改变分别为±、±和±,在MⅠ最常发生的改变是22q丢失;在MⅡ肿瘤组织的1p(76%)、22q(71%)、14q(43%)、18q(43%)、10q(33%)和6q(33%)常发生丢失,20q(48%)、12q(43%)、15q(43%)、1q(33%)、9q(33%)和17q(33%)常发生增益;在MⅢ肿瘤组织除与MⅡ相似的发生频率外,6q(53%)、10q(68%)和14q(63%)的丢失频率增加,9p的丢失为32%,4/16(25%)的MⅢ肿瘤组织发现在9p21位点CDKN2A的纯合性丢失,1例MⅡ和8例MⅢ肿瘤组织存在17q23的DNA序列扩增,尽管所有Ⅱ、Ⅲ级肿瘤组织存在高频率的染色体异常,均无1例发生TP 53外显子5~8的突变,推测肿瘤基因组的异常可能与脑膜瘤的进程有关。