1.强国富民的体育思想
倡导通过体育“强人强国”是马约翰体育思想和实践的基点，也是他毕生的诉求。生活在内忧外患时期的马英九，坚持“强国必强”的政治主张，放弃医学，追随身体，试图通过体育使人们的身体和精神强壮起来，从而达到救国的目的。在体育教学实践中,，他总是告诫学生“好好锻炼，勇敢，不要害怕，精力充沛，努力学习。不要让别人推你，你会摔倒……我们要有精神，不要让别人说中国是“东亚病夫”。
他主张清华大学的体育教育是培养学生“获得足够的健康知识，具有拼搏到底、服务社会、提高民族地位的精神”让学生认识到体育是一种有价值的、极其重要的教育，它不仅是一种娱乐，也是国家发展的巨大需要。虽然这在清华大学有一定的影响，但在“三山”的压迫下，“强国富民”的体育思想是为了拯救苦难的中国人民和民族在他的倡导下，清华大学提出了“为祖国健康奋斗50年”的响亮口号并付诸实践，真正实现了其强国富民的体育思想。
2.身心教育的体育思想
马教授一直主张，运动的主要目的不是训练粗壮的手腕和腿。运动不能是单纯的技能训练。体育运动是教育身心的最好方式。他说：“第一，体育运动可以促进骨骼和肌肉的生长发育；第二，它可以促进内脏和神经的健康；第三，它有利于培养优秀的素质和良好的习惯。因此，体育运动可以从身体、健康和教育三个方面进行研究。”马约翰认为体育是完美的：“体育活动包括生活的所有功能方面——体育、智力教育、社会道德等等。”马约翰倡导身心教育的理念，强调体育是教育的重要组成部分。
他认为体育是“德、智、体”三大教育之一。同时，体育还包括“德、智、体”的教育内容。在特殊的体育教育过程中，三者是统一的。从清华大学制定的工作目标可以看出，马云倡导的身心教育理念已经在清华大学得到了落实。从1928年到1948年，清华大学的体育教育任务有两个：“第一，使学生健康；第二，对学生进行道德教育。”在马约翰的领导下，清华大学始终坚持体育和心理教育的责任，形成了鲜明的体育和心理教育特色，在清华大学的体育和心理教育方面取得了显著成就，培养了荣高堂、江南翔等一大批支柱。
3.体育价值转移理论
“体育的转移价值”是马约翰体育思想的精髓，也是马约翰体育思想中最精彩的部分。他提出并论证了“体育的转移价值”是其体育思想获得学术价值和历史地位的关键。马约翰指出，通过体育获得的身体、心理（人格）和社会适应（道德）的发展将不局限于体育（体育）领域，而是将影响未来的整个人生道路，即通过体育获得的各个方面的发展，特别是道德素质，将积极转化为人们工作、学习和生活的方方面面，即体育具有迁移价值。“体育运动的教育价值不仅限于运动场，还可以影响整个社会。”
体育运动可以促进参与者智力的发展、良好品德的形成和优秀道德品质的培养。当然，“体育冠军主义”的泛滥、商业化倾向、不恰当的体育教学方法和评价监督体系都会影响体育价值的转移。马约翰指出，“美德的产生和不良品质的培养的原因和方法是一样的。管理不善的体育运动无疑会产生不想要的品质。无论结果是好是坏，都会产生迁移效应”。因此，马约翰主张学校体育必须得到合理的引导和管理，学校体育的发展必须得到正确的引导。他主张“体育的目标应该是为每个人提供一个机会，使自己的行为有益于自己的体格，在心理上鼓励和满足，在社会上高尚”。他反对学校体育过度竞争和商业化的倾向，因为这种体育活动会导致学生的性格和素质朝着不良的方向发展，也会对他们生活的其他方面产生负面影响。
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