(1)据图分析可知:1号染色体上为E基因,控制果蝇眼睛的颜色为红眼,3号染色体上为B基因,控制果蝇眼睛的形状为细眼,故果蝇M眼睛的表现型是红眼细眼,由于控制眼睛颜色的基因位于X染色体上,该果蝇为雄性基因型为XEY,与另一雌果蝇杂交,由子代的雄果蝇既有红眼XEY又有白眼XeY可知,该雌性个体能产生XE、Xe两种类型的配子,故该雌果蝇的基因型为XEXe.(2)果蝇M产生配子时,由于Bb和Vv两对等位基因位于同一对同源染色体上,故不遵循基因的自由组合定律,且Bv、bV连锁遗传,M只能产生Bv、bV两种比例相等的配子,即测交后代的基因型及表现型为Bbvv残翅细眼:bbVv长翅粗眼=1:1.(3)只看体色这一对基因,果蝇M为RR与黑身rr果蝇杂交,后代理论上应全为Rr的灰身,却出现了一只黑身果蝇,可能有以下两种情况:①基因突变,则该黑身果蝇的基因型为rr,②染色体缺失,则该果蝇的基因型可用r0表示,0表示染色体上缺失该基因,如果选用rr的个体进行实验,则后代全为rr或r0的黑身分不清属于哪种情况,故应选择提供的Rr个体进行实验.Ⅰ.如为基因突变,则亲本为rr×Rr,F1为12rr、12Rr,F1产生配子R的概率为12×12=14,产生r的概率为34,自由交配产生F2中出现黑身rr的概率为34×34=916,灰身为1-916=716,即F2中灰身:黑身=7:9;Ⅱ.如为染色体缺失,则亲代为r0×Rr,F1未出现00缺失死亡个体,F1自由交配产生F2,符合遗传平衡定律,亲代中基因频率与F1相同,为R=0=14、r=12,F2中出现黑身rr、r0的概率为12×12+2×12×14=12,死亡个体00为14×14=116,则灰身个体为1-116-12=716,即F2中灰身:黑身=7:8.(4)根据题干信息可知,此种群符合遗传平衡定律,由F1中灰身果蝇8400只,黑身果蝇1600只可知:rr的基因型频率为16%,可推出r=40%,R=60%,Rr=2×40%×60%=48%.故答案为:(1)红眼细眼 XEXe(2)不遵循 两对等位基因位于同一对同源染色体上 长翅粗眼:残翅细眼=1:1(3)①Rr ②I、灰身:黑身=7:9 II、灰身:黑身=7:8(4)40%;48%