农业论文文献阅读笔记

读书笔记，是指人们在阅读书籍或文章时，遇到值得记录的东西和自己的心得、体会，随时随地把它写下来的一种文体。古人有条著名的读书治学经验，叫做读书要做到：眼到、口到、心到、手到。这“手到”就是读书笔记。读完一篇文章或一本书后，应根据不同情况，写好读书笔记。常用的形式有： （一）提纲式。以记住书的主要内容为目的。通过编写内容提纲，明确主要和次要的内容。 （二）摘录式。主要是为了积累词汇、句子。可以摘录优美的词语，精彩的句子、段落、供日后熟读、背诵和运用。 （三）仿写式。为了能做到学以致用，可模仿所摘录的精彩句子，段落进行仿写，达到学会运用。 （四）评论式。主要是对读物中的人物、事件加以评论，以肯定其思想艺术价值如何。可分为书名、主要内容、评论意见。 （五）心得式。为了记下自己感受最深的内容，记下读了什么书，书中哪些内容自己教育最深，联系实际写出自己的感受。即随感。 （六）存疑式。主要是记录读书中遇到的疑难问题，边读边记，以后再分别进行询问请教，达到弄懂的目的。 （七）简缩式。为了记住故事梗概、读了一篇较长文章后，可抓住主要内容，把它缩写成短文。 不管写怎样的笔记，首先要读懂文章，这是基础。写读后感一般要先把文章主要内容做一个概括，然后根据自己选择的角度进行评论，或者评语言，或者评人物，只要是自己的看法即可。 读书笔记： 1、书名 2、作者 3、内容梗概 4、摘抄 5、感想 如果有兴趣你还可以添一些内容，比如说改写、提问等。切记：感想一定要比前四项写的都多，要不老师会K掉你的！

1. 阅读文献，要力求对一个方面或一个主题，或者一个概念的历史发展都要搞清楚，清楚来龙去脉。文献有新有旧，有些学科或专题文献的半衰期很长，经典文献的阅读是很重要的，只下载几篇新文献是很难理解全貌的。2. 要有意识阅读大家的文献，阅读某个领域或专题中程碑式的文献或文献综述。这些文献对于初学者了解一个学科或领域的发展很有帮助，对于某个阶段的重要文献提供了一个查找的捷径。从中可以很快了解一些相关理论和学说、重要结果的进展。3. 要善于分析本领域一些代表性学者的论文，通过分析这些引领学科或领域发展的科学家的论文目录，同样可以看到他（她）个人研究兴趣和研究生涯的发展，以及他（她）所领导的研究团队的发展过程。4. 最好不要看中文的文献。我从来没有看过中文的文献，可能有一个原因是我这个方向国内作的很少。我个人觉得中文的文献有很多漏洞甚至错误的地方，作为科普读物可能还算合格。但是作为一种参考好像是不太合适。5. 看英文的文献不要怕难，要坚持下去。两三天才能看完一篇文献。我刚开始的时候坚信的“书读百遍，其意自现”，但是我后来发现是我一直在原地踏步。后来我发现我思考的结果是没有结果。于是我就再看另外的文献，就这样慢慢走来，速度越来越快。后来我发现我以前不会的东西差不多都明白了。我觉得《劝学》里面的一句话“吾尝终日而思矣，不若须臾之所学也”是多么的正确了。6. 看文献要多多益善。我以前看到有的同学问看文献要看多少？我的回答是多多益善。试想一篇文献至少要有三两可取之处，看得多了你的水平自然就上来了。我自己从研一就开发新方向，没有什么人能帮助我，我靠的只有文献。我还记得我那半年每天至少 3－5篇文献,后来略有小成。我师兄更牛－－每天三篇文献。现在他才博士二年级（硕士读了两年），很多方面超过了我们老板，要知道我们老板也是 973首席！他现在体系是自己找的，这半年发了两篇 PRB（做物理的同学知道这个不是很容易的）、一篇 JPCM，其中 JPCM 被评为06年100 篇最佳文章之一，供全世界免费下载一年。他告诉我这些成果很多都是看文献得来的，其中包括做东西的思路和写文章的英文表述等等。7. 要批判的看文献。随着时间的增长，文献看得越来越多，我们会发现很多文献彼此是矛盾的。很多人不知道怎么办？这个就要要求我们要批判的看文献－－用审稿人的眼光看他。他有那些可取之处，哪些不好。我们也不能极其推崇一个观点，要思考一下为什么有人支持另外的观点。忘记谁说的，比较牛的科研人员是能够同时容纳两种相左观点的人。这样我们才能学到更多的东西。6. 阅读任何文献或专著，一定要记录清楚文献题目、出处、作者、发表年代、期卷、页码等等信息，这些信息是以后引文时必须的，不要嫌麻烦，如作者栏目是需要将所有作者都要记录全的。7. 有些重要文献需要精读，读几遍是不行的，要很熟悉。这类文献在不同时期读有不同时期的理解，如开题阶段，可能比较注重某个方向或领域的理论和观点、实验方法和技术手段；在实验阶段，可能比较注意进行结果之间的比较，根据文献结果和变化规律，对自己的结果进行一些趋势预测；在论文写作阶段，可能会比较关注结果分析、理论学说的验证等等。与之相应，多数文献是需要泛读的，可能只需要读读题目，可能只看看摘要，也可能只浏览一下图表等等。8. 要重视论文的题目和摘要，这是很重要和简洁、精炼的信息。一篇论文的精华部分都在这里了。9. 阅读文献和专著是需要积累的，要坚持不懈，多研究和教学工作恐怕一生都要坚持阅读新文献和著作。读文献有个量变到质变的过程，阅读量大了，积累多了，需要总结的方面就多了。这样日久天长，通过知识的整合，知识框架会逐渐完善，自己肚子里的“货”就会感觉逐渐充实起来了，用和取的时候就会很自如。10. 从初学者到专家的转变，只要有心，只是一个时间问题。信息就是资源，知识就是信息的积累和过滤、整合。无论参加学术会议，还是讨论会，有些人说了很多，占用很多时间，但你会感觉没有多少新的信息或知识，但有些人一开口，话不多，你马上就会感觉到人家肚子里知识的储存量，激烈争论的氛围，会立即安静下来，听众会被吸引，这就是所谓的专家了。专家不是万金油。博士毕业后，都应该成为一个领域的专家。再磨练积累几年，就一定 会是名副其实的专家了。1. 下载电子版文献时（caj，pdf，html），把文章题目粘贴为文件名。注意，文件名不能有特殊符号，要把 \ / : * ? <| 以及 换行符删掉。 每次按照同样的习惯设置文件名，可以防止重复下载。2. 不同主题存入不同文件夹。 文件夹的题目要简短，如：PD，LTP,PKC，NO。3. 看过的文献归入子文件夹，最起码要把有用的和没用的分开。4. 重要文献根据重要程度在文件名前加 001,002，003 编号，然后按名称排列图标，最重要的文献就排在最前了。5. 复印或打印的文献，用打孔器（￥10-15）打孔，装入硬质文件夹（￥10-20/个）。1. 摘要 引文 引用的主要信息，研究背景。2. 图表 了解主要数据和解释。3. 讨论和结论 将图表和结论联系起来，根据图表判断结论是否恰当。

●要养成编排书目顺序编排资料的习惯

●尽量把笔记记在本子上，然后卡上各个条目保持分离与独立，这样子能让笔记不失焦

●笔记的条目之间留下空白，方便日后加注

●要清楚明了的记录文献的题目、出处、作者以及发表年代和期卷页码之类的信息

●在大量阅读文献期间，要多多总结归纳，把跟自己论文相近的一些文献进行整合归纳，把整理出的新的内容去专题发展

在写论文文献笔记的时候，我觉得最主要的还是要去阅读，去理解，把论文的中心思想以及想要论证的论点弄清楚之后再去做笔记，这样可能会更加的流畅，更加的有主题一些，因为论文还是在篇幅上比较多的，所以说在理解上可能会有一些困难，也需要我们反复的阅读，反复的理解推敲之后才能够得出论文中真正想要表达的或者论证的中心内容。所以在写笔记的时候建议不着急下地，先把论文多读两遍，然后再去根据文章的论点和论据去一次的做笔记。

In MutMap, a mutant is crossed directly to the original wild-type line and then selfed, allowing unequivocal segregation in second filial generation (F2) progeny of subtle phenotypic differences. This approach is particularly amenable to crop species because it minimizes the number of genetic crosses (n = 1 or 0) and mutant F2 progeny that are required.   have  not incorporated the findings of the genomics revolution first use a mutagen (for example, ethyl methanesulfonate) to mutagenize a rice cultivar (X) that has a reference genome sequence. Mutagenized  plants  of  this  first  mutant  generation  (M1)  are  self-pollinated and brought to the second (M2) or more advanced genera-tions to make the mutated gene homozygous. Through observation of phenotypes in the M2 lines or later generations, we identify recessive mutants  with  altered  agronomically  important  traits  such  as  plant height, tiller number and grain number per spike. 利用诱变剂诱导具有参考基因组序列的品种，第一代突变体 M1 自交产生 M2，连续自交获得纯和单株。通过观察 M2 系或后代中的表型，我们确定隐性突变体具有改变的农艺学重要特征。2. Once the mutant is identified, it is crossed with the wild-type plant of cultivar X, the same cultivar used for mutagenesis. The resulting first filial generation (F1) plant is self-pollinated, and the second generation (F2) progeny (>100) are grown in the field for scoring the phenotype.一旦鉴定出突变体，就将其与品种 X 的野生型植物杂交，该品种用于诱变。产生的第一代孝子代（F1）植物是自花授粉的，第二代（F2）后代（> 100）在田间生长以对表型评分。3.. Among the F2 progeny, the majority of SNPs will segregate in  a  1:1  mutant/wild  type  ratio.  However,  the  SNP  responsible  for the change of phenotype is homozygous in the progeny showing the mutant phenotype. 在 F2 子代中，大多数 SNP 将以 1：1 突变体/野生型比例分离。然而，负责表型改变的 SNP 在显示突变表型的后代中是纯合的。 we collect DNA samples from recessive mutant F2 progeny and bulk sequence them with substantial genomic coverage (>10×  coverage),  we  expect  to  have  50% mutant and 50% wild-type sequence reads for SNPs that are unlinked to the SNP responsible for  the  mutant  phenotype.  However,  the causal  SNP  and  closely  linked  SNPs  should show 100% mutant and 0% wild-type reads. 无关的 SNP 具有 50％突变和 50％野生型序列读数突变表型，紧密相连的 SNP 应显示 100％突变和 0％野生型读码。5. we expect that  this  index  would  equal  1  near  the  causal  gene  and    for  the unlinked loci.我们期望该指数在目标基因附近等于 1，而对于未连锁的基因座等于 。6. SNP indices can be scanned across the genome to find the region with a SNP index of 1, harboring the gene responsible for the mutant phenotype.在整个基因组中扫描 SNP 索引，以找到 SNP 索引为 1 的区域，其中包含负责突变表型的基因。we applied MutMap to two mutants showing pale-green leaf phenotypes with slightly lower chlorophyll concentrations compared with wild type (Hit1917-pl1 and Hit0813-pl2)Red regression lines were obtained by averaging SNP indices from a moving window of five consecutive SNPs and shifting the window one SNP at a time. The x-axis value of each averaged SNP index was set at a midpoint between the first and fifth SNP.通过对五个连续 SNP 的移动窗口中的 SNP 指数求平均值并一次将窗口移位一个 SNP 来获得红色回归线。每个平均 SNP 指数的 x 轴值设置为第一个和第二个之间的中点。We  crossed  these  mutants  to  the  Hitomebore  wild  type  in  2009, and obtained F1 progeny. F1 plants were self-pollinated, and >200 F2progeny were obtained for each cross. For both mutants we observed segregation between wild-type and mutant phenotypes in field-grown F2  progeny,  with  a  wild  type/mutant  ratio  of  3:1  (Supplementary Table  2),  suggesting  that  each  mutant  phenotype  was  caused  by  a recessive  mutation  in  a  single  locus.  For  each  cross,  we  isolated DNA of 20 F2 progeny showing the mutant phenotype, and bulked the  samples  in    an  equal    ratio.  This  bulked  DNA  was  subjected  to whole-genome sequencing using an Illumina GAIIx sequencer. 鉴定突变类型为隐形突变，F2 符合 3：1。 We obtained  70  million  and  133  million  sequence  reads  (75  bp)  for Hit1917-pl1 and Hit0813-pl2, respectively, corresponding to >5 Gb of total read length with >12× coverage of the rice genome (370 Mb;Supplementary  Table  3).  These  reads  were  aligned  to  a  reference sequence  of  Hitomebore  using  MAQ  software  Aligned  data  were passed  through  a  filter  to  reduce  spurious  SNP  calls  caused  by sequencing and alignment errors (Online Methods). As a result, we found that mutants harbor 1,001 (Hit1917-pl1) and 1,339 (Hit0813-pl2) transition-type (G→A and C→T) SNPs with high-quality scores , presumably caused by ethyl methanesul-fonate mutagenesis. SNP筛选，滑动窗口得到拟合曲线，获得高质量snp(100%)和过度型snp。 For each mutant we identified a single unique genomic region harboring a cluster of SNPs with SNP index of 1 : the Hit1917-pl1 mutant showed a cluster of seven SNPs with SNP index of 1 on chromosome 10, whereas Hit0813-pl2 had a cluster of five SNPs with SNP index of 1 on chromosome 1 . These results show that MutMap allows rapid identification of the putative position of a causal mutation responsible for a mutant 突变体在 10 号染色体上显示了七个 SNP 指数为 1 的 SNP，而 Hit0813-pl2 具有在染色体 1 上 SNP 指数为 1 的五个 SNP。                     Hit1917-pl1                                   Hit0813-pl2 For Hit1917-pl1, a pale green leaf mutant, we examined SNPs with SNP index of 1 in detail. Of seven SNPs with SNP index of 1, two corresponded to exons of protein-coding 个 SNP-index 为 1 的 SNP 中有 2 个位于 cds 区。 In a study of a T-DNA insertion knockout of the OsCAO1 gene, the OsCAO1 mutant has lower chlorophyll than wild type, similar to our Hit1917-pl1 mutant.基因敲除验证。We also made a knockdown mutant of OsCAO1 by transforming wild-type plants with an RNA interference (RNAi) construct targeting the OsCAO1 gene. The Hit1917-pl1 mutant transformed with wild-type OsCAO1 expressed both mutant and wild-type alleles of OsCAO1 (Fig. 3b), and its phenotype was restored to wild type .构建表达载体在突变体中恢复表达，利用 RNA 干扰野生型表达。 we applied MutMap to four semidwarf mutants (Hit1917-sd, Hit0746-sd, Hit5500-sd and Hit5814-sd) to identify the genomic regions.我们将 MutMap 应用于四个半矮突变体（Hit1917-sd，Hit0746-sd，Hit5500-sd 和 Hit5814-sd）以鉴定基因组区域。In all cases, only a single genomic region contained a cluster of SNPs with SNP index of 1. Sometimes multiple peaks (Hit0746-sd) or a broader peak (Hit5243-sm) of plots were observed. The former may be caused by an additional mutation affecting viability of F2 and the latter may be attributed to mutation position in recombination-deficient chromosome regions (that is, close to the centromere), but in most cases these complications did not prevent identification of putative regions harboring causal mutations. The average interval of SNPs within these regions with a SNP index ≥ was Mb, and we found at most four SNPs that could have caused nonsynonymous changes of protein-coding genes ( Supplementary Table 4 ) 多数情况下是单个只有单个基因组区域包含 SNP 指数为 1 的 SNPs。有时会观察到图的多个峰（Hit0746-sd）或更宽的峰（Hit5243-sm）。前者可能是由影响 F2 活力的其他突变引起的，而后者可能是由于重组缺陷型染色体区域（即靠近着丝粒）的突变位置引起的，但是在大多数情况下，这些特殊情况并不能阻止推定的鉴定因果突变的区域。这些区域中 SNP 指数≥的SNP的平均间隔为 Mb，我们发现最多四个SNP可能引起蛋白质编码基因的非同义变化 Because of these problems（F2 群体存在强烈的杂种优势，影响表型）, isolation of genes with minor effects and QTL have been carried out using recombinant inbred lines (RILs) of later generations, in which the contribution of an individual gene is separately addressed and the effect of heterosis can be minimized. 由于这些问题，已经使用后代的重组自交系（RIL）进行了影响较小的基因和 QTL 的分离，其中单独处理了单个基因的作用，并使杂种优势的影响降至最低。 If a causal SNP cannot be identified, the SNPs flanking the regions harboring causal mutations for the desired phenotypes (those with a SNP index of 1) can be used as DNA markers for marker-assisted selection by crossing the mutant to the wild type.如果不能鉴定出因果 SNP，则可以通过将突变体与野生型杂交，将具有期望表型因果突变区域（SNP-index 为 1 的那些）侧翼的 SNP 用作 DNA 标记，以进行标记辅助选择。We divided SNPs into two categories: homozygous SNPs and heterozygous SNPs. Homozygous SNPs were defined as SNPs with SNP index ≥ and a minimum coverage of the sites of three reads. Heterozygous SNPs were defined as SNPs with SNP index ≥ and < with a coverage of the position of more than four reads. 我们将SNP分为两类：纯合SNP和杂合SNP。纯合SNP定义为SNP指数≥且三个读数位点的最小覆盖率的SNP。杂合SNP被定义为SNP指数≥且<且覆盖超过四个读数的位置的SNP。We further filtered SNPs with two more steps: (i) removal of common SNPs shared by at least two mutant lines and (ii) extraction of SNPs that exhibit G→A or C→T transitions, which are the most frequent changes caused by ethyl methanesulfonate mutagenesis.。我们进一步通过两个步骤对SNP进行了过滤：（i）去除至少两个突变株系共有的常见SNP，以及（ii）提取表现出G→A或C→T转变的SNP，这是由乙基引起的最频繁的变化甲磺酸盐诱变。SNP index plot regression lines were obtained by averaging SNP indices from a moving window of five consecutive SNPs and shifting the window one SNP at a time. The x-axis value of each averaged SNP index was set at a midpoint between the first and fifth SNP.通过对五个连续 SNP 的移动窗口中的 SNP 指数进行平均，然后一次将窗口移动一个 SNP，即可获得 SNP 指数图回归线。每个平均 SNP 指数的 x 轴值设置在第一个和第五个 SNP 之间的中点。