凝结芽孢杆菌并非肠内固有的微生物,其在肠道中所起的生理作用是通过分泌多种有益物质以及与肠道其他益生菌协同作用的结果,并非是某种物质起作用。凝结芽孢杆菌经口服进入胃后,在胃液的作用下被活化,芽孢衣膨胀,芽孢形状增大,水分增加,代谢加快。当凝结芽孢杆菌进入十二指肠时,其孢子萌发成营养细胞。营养细胞进入小肠后开始生长繁殖,大约30min 繁殖一代 。凝结芽孢杆菌为兼性厌氧菌,当其进入肠道后会消耗游离氧而进行肠道繁殖,有利于厌氧微生物乳酸菌和双歧杆菌的生长,从而调节肠道内微生物菌群的平衡,提高机体的免疫力和抗病力,减少肠道疾病的发生。凝结芽孢杆菌在肠道繁殖的过程中还会分泌淀粉酶和蛋白酶,促进机体对营养物质的消化和吸收;其产生的B 族维生素、氨基酸、短链脂肪酸等物质能增加小肠的蠕动速度,从而改善肠道的消化功能。另外,凝结芽孢杆菌在肠道内定居后还能产生大量抑制有害菌的凝固素(Coagulin)和L(+)乳酸等抑菌物质,因此,对胃肠道炎症有一定的治疗作用。