理事会的职责是：执行代表大会的决议，制定工作计划，领导所属机构开展活动，召开下届代表大会，推荐优秀学术论文和科普作品，表彰学会工作积极分子等。理事会选举理事长一人，副理事长及常务理事若干人组成常务理事会；在理事会闭幕期间，负责行使理事会的职责，常务理事会推选秘书长一人，并视工作需要聘请副秘书长若干人，在理事会下设立办公室(秘书处)，处理学会日常工作。下设办事机构：学会办公室(秘书处)：根据常务理事会的要求进行工作，负责协调各委员会工作，处理学会日常事务。《土壤学报》编辑部：负责编辑出版工作。《土壤通报》编辑部：负责编辑出版工作。《pedosphere》编辑部：负责编辑出版工作。《水土保持学报》编辑部：负责编辑出版工作。《干旱区研究》编辑部：负责编辑出版工作。
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