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9. 能量最优化后首先保持蛋白质不动，对蛋白质周围水环境进行动力学模拟，该过程称为位置限制性分子动力学，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间： gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr 运行： gmx mdrun -deffnm nvt
看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。. 试着按照书的过程做个Ar的NVE，其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题，虽然由势函数带来了一些问题，但是这些都不是 ...
摘要： 综述了分子动力学模拟技术的发展,介绍了分子动力学的基本原理,有关的有限差分技术,势函数的发展,初始条件和边界条件的选取,平衡态系综及其调控,感兴趣量的提取,分子动力学的特别用途以及与其他计算方法的结合.最后还指出了分子动力学模拟方法本身进一步研究的方向.
该文章介绍了一种基于机器学习的方法以克服这一瓶颈，并在纳秒时间尺度上实现精确的光动力学，而这在现有方法中是遥不可及的。在分子动力学模拟过程中，作者使用深度神经网络代替昂贵的量子化学来获得分子几何与其高维电子特性之间的关系。
这一篇文章将基于深度学习的反应分子动力学模拟首次应用于复杂反应系统的模拟中，具有较强的创新性。但是，这篇文章中的方法仍然是不完善的，例如，最后得到的数据集多达60万结构。笔者的下一篇文章对这一方法进行了改进，这就是另外一个故事了。
做分子动力学方面的研究，现在有哪些杂志接收这类的文章？ 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。 欢迎协助我们监督管理，共同维护互联网健康，违规、侵权举报等事项，请邮件联系 wangxiaodong2@tal.com 处理（点此查看侵权举报方式） ...
关键词： 分子动力学模拟；有限差分法；热力学性质 中图分类号：O561 文献标识码：A 文章编号：1671－7597（2012）0220149－01 所谓分子动力学模拟是利用计算机技术来模拟或仿真已有的理论知识，进一步来分析微观 方面分子或原子的运动。
自己做了一个膜蛋白的同源模建（同源性不算很高），又做了动力学模拟，蛋白的体系还是比较大的，加起来能有1000多个氨基酸。请问这样的文章能投个什么杂志？影响因子2-3之间。最好能给几个例子，求高手 …
分子动力学模拟及其在食品科学中的潜在应用 一、 分子动力学模拟简介 截止到目前，计算化学已经成为和实验化学、理论化学并驾齐驱的三驾马车之一。随着近年来计算机硬件的急速发展，计算化学可以计算的尺度以及体系越来越大，计算结果也更加精确。
9. 能量最优化后首先保持蛋白质不动，对蛋白质周围水环境进行动力学模拟，该过程称为位置限制性分子动力学，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间： gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr 运行： gmx mdrun -deffnm nvt
看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。. 试着按照书的过程做个Ar的NVE，其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题，虽然由势函数带来了一些问题，但是这些都不是 ...
摘要： 综述了分子动力学模拟技术的发展,介绍了分子动力学的基本原理,有关的有限差分技术,势函数的发展,初始条件和边界条件的选取,平衡态系综及其调控,感兴趣量的提取,分子动力学的特别用途以及与其他计算方法的结合.最后还指出了分子动力学模拟方法本身进一步研究的方向.
该文章介绍了一种基于机器学习的方法以克服这一瓶颈，并在纳秒时间尺度上实现精确的光动力学，而这在现有方法中是遥不可及的。在分子动力学模拟过程中，作者使用深度神经网络代替昂贵的量子化学来获得分子几何与其高维电子特性之间的关系。
这一篇文章将基于深度学习的反应分子动力学模拟首次应用于复杂反应系统的模拟中，具有较强的创新性。但是，这篇文章中的方法仍然是不完善的，例如，最后得到的数据集多达60万结构。笔者的下一篇文章对这一方法进行了改进，这就是另外一个故事了。
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关键词： 分子动力学模拟；有限差分法；热力学性质 中图分类号：O561 文献标识码：A 文章编号：1671－7597（2012）0220149－01 所谓分子动力学模拟是利用计算机技术来模拟或仿真已有的理论知识，进一步来分析微观 方面分子或原子的运动。
自己做了一个膜蛋白的同源模建（同源性不算很高），又做了动力学模拟，蛋白的体系还是比较大的，加起来能有1000多个氨基酸。请问这样的文章能投个什么杂志？影响因子2-3之间。最好能给几个例子，求高手 …
分子动力学模拟及其在食品科学中的潜在应用 一、 分子动力学模拟简介 截止到目前，计算化学已经成为和实验化学、理论化学并驾齐驱的三驾马车之一。随着近年来计算机硬件的急速发展，计算化学可以计算的尺度以及体系越来越大，计算结果也更加精确。
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