第一，系统论与唯物辩证法有着不同的发展历史和理论来源。系统论的产生，是现代科学革命和技术革命发展的客观要求，是科学管理和科学方法论发展的必然结果，同时与第二次世界大战中军事需要的直接刺激密切相关。唯物辩证法作为马克思主义哲学的重要组成部分，它同马克思主义哲学一起早于现代系统论的产生长达整整一个世纪。19世纪40年代，马克思主义哲学的产生是资本主义社会矛盾尖锐化和无产阶级阶级斗争的产物，是自然科学飞跃发展的结果，也是欧洲哲学和社会科学发展的必然。德国古典哲学中黑格尔的辩证法和费尔巴哈的唯物主义，是马克思主义哲学的直接理论来源。
第二，系统论与唯物辩证法有着不同的研究对象。系统论是“关于整体的科学”，它把研究对象看作系统加以考察，揭示了有组织复杂系统的运动规律。科学技术史表明，科学技术的发展水平是与人类认识事物的水平分不开的。然而，唯物辩证法的研究对象不同于系统论。唯物辩证法是“关于联系和发展的科学”，它以自然、社会和思维发展的一般过程和规律为对象，揭示了整个世界发展的普遍规律。唯物辩证法的规律具有最高的概括性和普遍的适用性，它不仅适用于系统论研究的有组织复杂系统领域，还适用干传统自然科学所研究的有组织简单系统领域，统计力学、分子物理学和概率论所研究的无组织简单系统领域，以及目前尚未形成独立科学门类的无组织复杂系统领域。显而易见，系统论与唯物辩证法的研究对象是根本不同的。
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