以目标利润为导向的企业预算管理的组织体系是管理过程中起主导作用的集合体，也是模式运行的主体，它由预算管理委员会、预算专职部门以及预算责任网络构成。预算管理委员会
预算管理委员会在组织体系中居于领导核心地位，是由企业的董事长或总经理任主任委员，吸纳企业内各相关部门的主管，如主管销售的副总经理、主管生产的副总经理、主管财务的副总经理等人员组成。对以目标利润为导向的企业预算管理来说，预算管理委员会是最高管理机构。
预算管理委员会的主要职责是组织有关人员对目标利润进行预测，审查、研究、协调各种预算事项。预算管理委员会主持召开的预算会议，是各部门主管参加预算目标的确定、对预算进行调整的主要形式。预算管理委员会的主要职责包括以下几项：
1、制定有关预算管理的政策、规定、制度等相关文件。
2、组织企业有关部门或聘请有关专家对目标利润的确定进行预测。
3、审议、确定目标利润，提出预算编制的方针和程序。
4、审查各部门编制的预算草案及整体预算方案，并就必要的改善对策提出建议。
5、在预算编制、执行过程中发现部门间有彼此抵触现象时，予以必要的协调。
6、将经过审查的预算提交董事会，通过后下达正式预算。
7、接受预算与实际比较的定期预算报告，在予以认真分析、研究的基础上提出改善的建议。
8、根据需要，就预算的修正加以审议并作出相关决定。
预算专职部门预算专职部门主要是处理与预算相关的日常管理事务，因预算管理委员会的成员大部分是由企业内部各责任单位的主管兼任，预算草案由各相关部门分别提供，获准付诸执行的预算方案是企业的一个全面性生产经营计划，预算管理委员会在预算会议上所确定的预算案也绝不是各相关部门预算草案的简单汇总，这就需要在确定、提交通过之前对各部门提供的预算草案进行必要的初步审查、协调与综合平衡，因此必须设立一个专门机构来具体负责预算的汇总编制，并处理日常管理事务。同时，在预算执行过程中，可能还存在一些潜在的提高经济效益的改善方法或者发生责任单位为了完成预算目标有时采取一些短期行为的现象，而管理者可能不能及时得到这些信息，这就决定了预算的执行控制、差异分析、业绩考评等环节不能由责任单位或预算管理委员会来单独完成，以避免出现部门满意但对企业整体来说不是最优的结果。因此，必须实行预算责任单位与预算专职部门相互监控的方式，使它们之间具有内在的互相牵制作用。预算专职部门应直接隶属于预算管理委员会，以确保预算机制的有效运作。预算责任网络
预算责任网络是以企业的组织结构为基础，本着高效、经济、权责分明的原则来建立的，是预算的责任主体，由投资中心、利润中心、成本中心组成，臃肿的机构不但会增加管理成本，降低管理效率，而且影响预算管理应有作用的发挥。确定责任中心是预算管理的一项基础工作，责任中心是企业内部成本、利润、投资的发生单位，这些内部单位被要求完成特定的职责，其责任人被赋予一定的权力，以便对该责任区域进行有效的控制。
在一个企业内，一个责任中心可大可小，它可以是一个销售部门、一条专门的生产线、一座仓库、一台机床、一个车间、一个班组、一个个人，也可以是分公司、事业部，甚至是整个企业。根据不同责任中心的控制范围和责任对象的特点，可将其分为三种：成本中心、利润中心和投资中心。
1.成本中心及其职责。成本中心是成本发生单位，一般没有收入，或仅有无规律的少量收入，其责任人可以对成本的发生进行控制，但不能控制收入与投资，因此成本中心只需对成本负责，无需对利润情况和投资效果承担责任。成本中心又可以分成两种：标准成本中心和费用中心。标准成本中心必须是产品稳定而明确，并且熟悉单位产品所需投入的责任中心。通常，标准成本中心的典型代表是制造业工厂、车间、工段、班组等。费用中心，适用于那些产出物不能用财务指标来衡量或者投入和产出之间没有密切关系的单位。这些单位包括一般行政管理部门，如会计、人事、劳资、计划等；研究开发部门，如设备改造、新产品研制等；以及某些销售部门，如广告、宣传、仓储等。
从一个成本中心来看，变动成本大多是可控成本，固定成本大多是不可控成本，然而，这种划分并不是绝对的，还要结合有关情况按成本的习性作具体分析。再从成本的发生同各个成本中心的关系看，由各个成本中心直接发生的成本，大多属于直接成本，其可控因素居多；由其他部门分配来的成本，大多属于间接成本，其可控因素居少。
对于每项需要加以控制的费用，各责任中心都必须确定主要责任人。尽管每一个责任人都有其明确的责任范围，但并不是对责任范围内所发生的费用都要负责，有的应负主要责任，有的只负次要责任，各级责任人只能控制各自责任范围内的可控费用。而在企业中，总会有些费用项目（如固定资产折旧费）难以确定责任归属，对这些费用项目不宜硬性归属到某个部门，可由企业财务部门直接控制。
2.利润中心及其职责。利润中心是既能控制成本，又能控制收入的责任单位。因此它不但要对成本和收入负责，也要对收入与成本的差额即利润负责。利润中心属于企业中的较高层次，同时具有生产和销售的职能，有独立的、经常性的收入来源，可以决定生产什么产品、生产多少、生产资源在不同产品之间如何分配，也可以决定产品销售价格、制定销售政策，它与成本中心相比具有更大的自主经营权。
利润中心有两种类型：一种是自然的利润中心，它直接向企业外部出售产品，在市场上进行购销业务。例如，某些公司采用事业部制，每个事业部均有销售、生产、采购的职能，有很大的独立性，这些事业部就是自然的利润中心。另一种是人为的利润中心，它主要在企业内部按照内部转移价格出售产品。例如，纺织厂的纺纱车间将纺出的纱以内部转移价格出售给织布车间，纺纱车间就可以被视为利润中心并称为人为的利润中心。再如，企业内部的辅助部门，包括修理、供电、供水、供气等单位，可以按固定价格向生产部门收费，他们也可以被确定为人为的利润中心。
