在有关差异表达基因和生物标志物模型分析中,经常会见到生存曲线分析。如下图所示,生存曲线是文献中常见的分析图,结合临床数据,可以验证某个基因或模型作为疾病复发诊断和预后标志物。 那么如何使用Graphpad绘制生存曲线呢?我们就以下图为例,来一步步演示吧。 Graphpad绘制生存曲线的操作视频,附bilibili高清视频链接: 以下是图文版教程。 绘制生存曲线需要生存时间、生存状态、基因表达量和分组信息,将数据整理成表格。示例文件如 示例数据.xlsx 所示,选择time、status、risk三列数据进行分析。 (1)patient:患者编号;(2)time:生存时间;(3)status:生存状态,其中0表示存活,1表示死亡;(4)expression:基因的表达量(或模型的风险评分);(5)risk:按照基因表达量(或模型的风险评分)高低分成2组,这里0表示表达量低的组,1表示表达量高的组。 接下来,打开 Graphpad ,选择 Survival ,点击 Create 。 将Excel中相关的数据复制到Graphpad中。 点击 Results 中 Survival of Data1 的 Curve comparision ,其中 Log-rank (Mantel-Cox) test 中的 P value 就是我们需要的p值。 点击 Graphs 中的 Data 1 ,选择其中第一种图 Staircase with ticks ,在 Show result as: 中选择 Fractions ,点击 OK 。 双击坐标轴,修改相关参数。点击 X axis ,取消选择 Automatically determine the range and interval 。修改 Minimum (x轴最小值)、 Maximum (x轴最大值)和 Major ticks interval (坐标间隔)。 双击绘图区域,在 Data set 中选择 Survival of Data 1:Survival proportions:low ,首先点击 Graph Settings ,选择第2个图 Point to point, no error bars 。返回 Appearance 修改 Shape (形状)、 Border color (颜色)、 Border thickness (线宽)、 Show legend (图例)等参数;将 Data set 修改成 Survival of Data 1:Survival proportions:high ,修改相同的参数。 修改图片和坐标轴标题,将图例移动到合适的位置,生存曲线图就绘制完成了。