1949年11月,北京市第二届各界人民代表会议通过了封闭全市妓院的决议。为了给解放了的妓女诊治性病,在胡传揆教授的带领下,组织了一支医疗队,叶干运从始至终参加了这项工作。时值隆冬,在妓女集中的妇女教养院内,条件十分简陋。刚被解放了的妓女往往不配合治疗,甚至大吵大闹,辱骂医务人员。但医疗队的成员仍非常耐心地进行解释工作,最终使得全部妓女都接受了诊疗。这项工作一直持续了一个多月。医疗队的成员一大早就骑自行车赶到妇女教养院,中午也不得休息,吃过自己带来的简单的午餐后,继续工作到天黑才能骑车回家休息。他们克服困难,辛勤工作,终于胜利地完成了任务。在1303名受检的妓女中,共诊治各种性病1257例,患病率高达。被解放了的妓女不仅恢复了人身自由,还治好了性病,她们无不感谢党和政府以及医务人员挽救她们走出了苦海。这项工作对叶干运来说,不仅是一项政治任务,提高了思想觉悟,同时,在专业技术上,也使他取得了丰富的诊疗经验,对他今后开展性病的防治研究十分有利。1950年秋,中央卫生部根据全国人民政治协商会议的提案,组织了中央防疫总队第七大队前往西北少数民族地区开展防治性病和巡回医疗工作。经胡传揆教授的推荐,叶干运被任命为大队长,他率领60多名医务人员赴甘肃省的夏河、卓尼、东乡、临夏以及青海省的湟源、海晏等地进行了为期9个月的防治工作。他们爬雪山、过草地,深入农牧地区,挨家串户,为患病的各族人民精心诊治,治愈了大批的性病患者,深受缺医少药的当地群众热烈的欢迎,也为控制性病的传播创造了有利的条件。1951年7月防疫大队返京后,叶干运又奉命率领中央内蒙古卫生队前往内蒙古新巴尔虎旗开展性病防治工作。同年9月,全国民族二卫生会议在京召开,叶干运应邀到会,介绍了在少数民族地区开展性病防治工作的经验。会议结束时他还受到毛泽东主席的接见。这次会议明确了性病防治工作是民族卫生工作的三个重点任务之一。为此,1951年10月,中央民族事务委员会和中央卫生部联合组建了中央民族卫生工作大队,再次任命叶干运为大队长,率领一百多名医务人员于1951年11月前往西康省藏族自治区开展性病防治、巡回医疗、妇幼保健、卫生防疫和人员培训等工作。当时,自治区刚刚解放不久,当地的治安、交通和生活条件都很差,再加上崇山峻岭,深沟峡谷以及空气稀薄,高山反应等,使内地来此的队员感到很不适应。但全体队员本着全心全意为人民服务的宗旨,叶干运也以身作则,他们不畏艰险,战胜困难,终于在两年多的时间里,走遍了全区20个县,胜利完成了各项任务。他们共诊治患者20多万人次,其中确诊为梅毒患者8000多人,淋病患者1700人,均予以青霉素治疗,取得良好疗效。叶干运认识到卫生大队只是个临时性的机构,要想使缺医少药的少数民族地区建立起自己的卫生医疗机构,必须大力培养当地的本民族的技术骨干。在他的精心安排下,两年来为当地培养了40多名中级卫生人员,他们后来都成了当地卫生战线的技术骨干。卫生大队的工作不仅是治病救人,同时也是为了促进民族之间的友谊与团结。卫生大队所到之处都受到当地群众的热烈欢迎,藏族同胞亲切地称呼卫生大队的同志是毛主席派来的好门巴(藏语为医生)。2001年10月,为了纪念中央民族卫生工作大队赴藏区巡回医疗50周年,国家民族事务委员会和国家卫生部联合在北京人民大会堂召开座谈会,充分肯定了卫生大队当年在藏区工作的业绩,并颁发了“造福藏区人民的白衣战士、促进民族团结的一代功臣”荣誉证书。中央电视台东方时空节目组评选叶干运为“东方之子”,进行了专题报道。在康藏高原工作两年多的时间里,叶干运也遇到不少前来求医的藏族麻风病患者。由于当时规定麻风病人必须收入麻风医院进行隔离治疗,叶干运只好无奈地向病人作好解释,并动员他们去泸定麻风病院接受诊治,但此时,为了解除麻风病人的疾苦,控制麻风病的流行,有必要大力开展麻风病防治工作的想法已经铭记在叶干运的心中。1953年年底,中央民族卫生工作大队圆满完成各项任务后,叶干运率队返回北京。适逢中央卫生部在北京筹建中央皮肤性病研究所,叶干运服从组织分配,调至该所参加筹组工作。1954年5月,中央皮肤性病研究所正式成立。从此,叶干运在该所工作至今已将近半个世纪,先后担任主治医师、门诊部主任、性病麻风防治研究组副组长、麻风病研究室主任、研究员、副所长、学术委员会主任、博士生导师、顾问等职,并一直从事性病与麻风病的防治研究工作。在中央皮研所建所初期,当时正值全国普遍学习前苏联经验的高潮中,皮研所也不例外。在一次讨论梅毒治疗方案的会议上,该所顾问前苏联专家叶果洛夫强调要采用前苏联保健部制定的以砷制剂为主的间歇疗法,疗程需要两年。胡传揆对此持有不同的意见,他认为间歇疗法疗程太长,副作用较多,不如采用青霉素疗法。叶干运根据自己多年来在基层防治性病的实地经验,也提出为了符合广大基层防治性病的需要,必须采用起效快、疗效高、疗程短、副作用少,而且患者易于接受的疗法,因此,青霉素疗法远远优于间歇疗法。最后,中央卫生部采纳了胡传揆所长的建议,在梅毒治疗方案中将青霉素疗法列为首选。这一决定对广大基层开展性病防治工作起到了积极的促进作用。为此,叶干运还专门撰写了一篇“从多快好省的角度来看青霉素治疗梅毒的方案”一文,发表在《中级医刊》上,向基层防治人员推荐这一方案,取得良好效果。在中央卫生部的领导下,中央皮研所负责全国性病防治工作的组织协调与技术指导任务。为了取得第一手的资料,叶干运会同马海德博士等率工作组深入到江西省宁都县进行了为期三个月的现场调查与防治研究工作,总结出一套在农村地区开展性病防治工作的经验,在1959年3月召开的全国性病、麻风、头癣现场防治交流会上作了报告,进一步推动了各地的性病防治工作全面展开。经过多年的努力,至1964年,全国除个别地区外已经基本消灭了性病。为此,叶干运协同胡传揆教授等撰写了“我国对梅毒的控制和消灭”一文,并在1964年在北京召开的国际科学讨论会上宣读。新中国建国后仅仅用了15年的时间就将危害人民身心健康的性病基本消灭了。这一辉煌的成就受到国际舆论的高度重视与赞扬。进入20世纪80年代,随着国内外人员的广泛接触,流动人口的大量增加,再加上社会行为和性观念的改变,致使性病在我国死灰复燃,再度流行,而且被称为20世纪瘟疫的艾滋病也已传入国门。面对这一严峻形势,叶干运深感忧虑和不安。他多次在全国人民代表大会期间提出开展性病防治工作的建议,并主持召开了性病防治讨论会,对今后的防治策略与措施向国家卫生部提出了建议。由于领导的重视,我国再次开展了大规模的性病防治工作。国务院建立了防治艾滋病性病协调会议制度,组织各有关部门分工合作,卫生部成立了性病专家咨询委员会和全国性病防治中心,各地也相继建立了防治专业机构。叶干运被任命为性病专家咨询委员会主任委员。虽已年近古稀,他仍积极投入到防治工作中,为培训专业技术人员、编写性病防治手册、制订防治工作规范、组织经验交流会、开展性病咨询活动、指导科学研究,做了大量的工作。他还担任了世界银行性病贷款项目专家评审组组长,与国内外专家共同组织了27项性病防治研究课题,都已取得成果。此外,他还多次通过电视和广播宣讲防治性病艾滋病的科学知识。主编了《性传播疾病诊疗与预防》、《实用性病学》、《皮肤性病防治》、《性传播疾病》等专著,为控制性病的蔓延继续作贡献。1956年,中共中央颁布的《全国农业发展纲要》中明确规定要积极防治麻风病。为此,中央卫生部派出了麻风考察组前往广东、陕西等省实地调查麻风流行与防治情况。叶干运参加了考察组,他十分高兴,回想起几年前在康藏高原遇到麻风病人的情景,预感到大规模防治麻风病的战役即将打响。他全身心地深入到各个麻风村院,详细了解当地的麻风流行与防治情况,协助卫生部草拟了麻风防治规划,并参加了1957年6月在济南市召开的建国后首届全国麻风防治会议。此时,他已决心要为麻风病的防治事业奉献一生。会议结束后,他即率领研究小组前往江苏省开展卡介苗接种预防麻风病的研究工作,当年年底,他又去广州参加由阿根廷麻风病学专家斯胡曼教授主讲的全国麻风高级医师进修班,被选为班长。通过3个多月的学习,叶干运对麻风病的基础知识、临床疹疗、防治策略等方面都有了进一步的了解,更加强了搞好麻风防治研究工作的信心与决心。学习结束,他回到中央皮研所后,该所刚刚组成性病麻风防治研究组,由著名的马海德博士任组长,叶干运被任命为副组长。他与马海德博士都认为麻风病不仅是个卫生医疗的问题,同时也是一个社会问题,只能采取自然科学与社会科学相结合的综合性防治措施才能奏效。他和马海德博士率先提出了《以县为单位控制麻风综合防治措施的研究》课题,在江苏省海安县和广东省潮安县与当地协作进行试点,效果十分明显,已在全国推广,并获1978年全国科学大会奖。叶干运和他的同事们还在麻风病的流行病学、社会医学、早期诊断、治疗方法、康复医学等方面取得多项研究成果,曾获国家和卫生部科技进步奖。叶干运热爱麻风防治事业,经常深入麻风流行区和麻风村院,一方面为病人悉心诊治,一方面又和病人促膝谈心,深受病人的敬爱。有一次叶干运在广东省潮安县彩塘公社蹲点时,正巧有一位在家居住的麻风患者发生了严重的麻风反应,必须住院治疗。但是这位病人家境困难,不肯住院。叶干运就多次上门劝说,并在经济和衣物上给予帮助,这位病人终于住进了麻风村,很快就控制了反应。每当病人见到叶干运时,都会竖起拇指,连声道谢。1981年世界卫生组织在日内瓦总部召开麻风病化学治疗研讨会,中央卫生部派叶干运为代表参加了会议。在为期一周的会议上,叶干运与各国专家交流经验,共同制订了麻风病多种药物联合化疗方案。这个方案的优点是疗程短而固定,治愈率高,复发率小,而且能防止耐药性的产生。回国后,适逢第二届全国麻风防治会议在广州召开。叶干运在会上详细介绍了这个方案,卫生部当即决定先搞试点,取得经验后向全国推广。试点工作在江苏省扬州地区进行,取得成功,全国普遍采用了这个治疗方案,大批患者在较短时间内得到治愈。上海、山东、辽宁、江苏、浙江等省市陆续达到基本消灭麻风病的指标,我国的麻风防治工作已经走在世界的前列,受到世界卫生组织的高度赞扬。1982年,应比利时达米恩基金会的邀请,卫生部组织了由马海德、叶干运、苏骏瑞三位专家组成的麻风考察组,前往日本、美国、加拿大、英国、比利时、瑞士、印度和泰国考察各国的麻风防治与研究工作。他们一方面详细了解各国在麻风防治与研究方面的好经验,一方面向国外介绍中国防治麻风病的成效。叶干运还应美国疾病控制中心的邀请做了题为“新中国麻风防治与研究进展”的专题报告,受到热烈欢迎。考察组回国后,向卫生部作了汇报,提出了改进我国麻风防治策略、加强国际交流、成立中国麻风防治协会、出版中国麻风杂志等建议,均被采纳。1982年,卫生部成立麻风专家咨询组,任命叶干运为组长。1985年中国麻风防治协会成立,马海德任理事长,叶干运先后当选为副理事长、秘书长、理事长、名誉理事长等职。同时还兼任过中国麻风防治研究中心副主任、《中国麻风杂志》主编等职。1984年,第12届国际麻风大会在印度新德里召开,叶干运参加了大会并宣读两篇论文,其中雷公藤治疗麻风反应的报告受到许多专家的重视。1989年,第13届国际麻风大会在荷兰海牙召开,叶干运作为中国代表团副团长,主持了麻风流行病学分会场的讨论,并当选为国际麻风学会理事。1993年,第14届国际麻风大会在美国奥兰多召开,叶干运再次当选为学会理事,他在理事会上积极争取第15届国际麻风大会在中国召开,获得大会一致通过。1998年,第15 届国际麻风大会在北京国际会议中心召开,叶干运任组织委员会副主席,积极参与大会的各项组织工作。大会的顺利成功,得到各国专家的好评。作为硕士研究生和博士研究生的导师,叶干运还培养了我国第一个麻风病学硕士研究生。他指导该研究生完成了“中国汉族麻风病人抗原的频率分布”毕业论文,这在国内外都是首次报道,对研究麻风病的遗传因素具有学术价值。叶干运先后当选为江苏省第五届人大代表和全国第六、七届人大代表。在全国人民代表大会开会期间,‘他对《婚姻法》中有关麻风病的条文提出删改的建议。2000年全国人大法制委员会召开《婚姻法》修改意见座谈会时,叶干运应邀到会,他从医学发展的角度陈述删改有关麻风病条文的必要性,得到采纳。2001年全国人大常委会通过的《婚姻法修正案》中已删除了有关麻风病的不妥条文。叶干运多次参加国际性的麻风学术会议并接待国外专家来华考察,结识了许多国际知名的麻风病学专家,建立了友好关系,为增强国际合作、引进国外先进技术和选派我国麻风防治研究人员出国进修创造了有利条件。叶干运在国内外医学期刊上发表麻风病方面的论文30余篇。主编了《实用麻风病学》、《麻风防治手册》、《麻风联合化疗手册》、《麻风实验室工作手册》、《麻风护理手册》等专著。叶干运还先后担任过世界卫生组织专家咨询委员、国际麻风杂志编委、亚洲皮肤科学会理事、《美国临床皮肤科杂志》编委、中华皮肤科委员会常委、《中华皮肤科杂志》副总编、《国外医学皮肤性病分册》主编、中国医学科学院学术委员、中国性病艾滋病防治协会顾问、中国性学会顾问等兼职。