先使用文本介绍程序实现的思路，然后将代码帖到论文中。如果代码太长，那么无疑是不适合直接复制粘贴的，你可以选择使用伪码来描述一下你程序的实现过程，中间不重要的代码可以使用省略号略去，只写关键逻辑的处理即可。
看你这个东西是一个经典的Java dao模型。应该是网站，前端加后台的模式。在src里面的包里面，主要写的是一些类，方法，接口等。webroot里面是一些静态页面。system那个是Java的架包，就是在src里面代码import用到的东西。我不太理解你说的引用代码是什么意思，如果是自己毕业设计的论文，那么计算机毕业论文中的代码引用，一般是在详细设计里面，src和webroot里面的代码都可以用。
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