研究内含子可变剪切发高水平论文

近期，苏州大学材料与化学化工学部的汪胜教授在国际重量级学术期刊Advanced Materials上发表了题为“Ultrastrong and Tough Graphene Aerogel Fibers with Hierarchical Architecture”的论文。该论文报道了一种新型石墨烯气凝胶纤维，该纤维具有超强和韧性的特点，并且具有分层结构。这种新型石墨烯气凝胶纤维的制备方法简单易行，所得纤维具有超高的拉伸强度和韧性，并且具有显著的储能能力和超高的导电性能，因此在柔性电子、高强度材料和先进能源储存等领域有着广泛的应用前景。这项研究成果的发表不仅提高了我国在新型高性能材料领域中的国际影响力，而且也为石墨烯气凝胶纤维的制备和应用提供了新的思路。

在国际核心刊物发表学术论文是基础研究工作者的责任大者作为国家,小者作为一个研究群体或个人,在高影响因子的SC]刊物上发表论文的多寡,显然是基础研究水平的一个较为客观的标志。罗伯特戴在其名著《如何撰写和发表科学论文》的序言中指出，“对一个科学家的评价，从研究生开始，就主要不是看他在实验室操作的机敏,不是看他对或宽或窄的研究领域固有的知识,更不是看他的智能和魅力,而是看他的著述。他们因此而出名,〈或依然默默无闻〉。”他曾领导美国微生物学会出版工作19年并作为《细菌学》杂志的主编。他的深刻的见地值得从事基础研究的同事们思考。1.原创性和显著性是论文的生命.正如邹承鲁院士等在“再论科学道德问题”中指出,在国际核心刊物发表的论文，原则上都应当是“在国际上首次”描述的新的观测和实验事实，首次提出的概念和模型，首次建立的方程，也包括对已有的重大观测（实验）事实的新的概括和新的规律的提炼。与原创性相联系，任何期刊都不希望发表已经见于其它杂志，或由其它语言发表、或以稍有不同的形式发表的论文。太阳物理学权威刊物《太空物理学》(Solarphysics)主编Harvey曾专门谈到，曾有少数作者在主要结果用中文发表后又寄给《太空物理学》。他强调,过去这是可以容忍的,但现在已不允许。一个公认的原则是,作者不能把已在经过审稿的杂志发表的主要结果再以不同的形式投寄给其它杂志再发表。发表在国际核心刊物的论文,不仅应该是原创性的,其结果还必须是显著的,井对学科发展有所推动。用Harvey的话来说，“至少有一、两个其他研究者会读这篇文章,并利用这些结果发表他们自己的工作。”对成果显著性的检验是论文被引用的多寡。作者应当关心自己论文被引用的情况,注意国际学术界对自己工作的评价,包括得到肯定和批评的方面,特别是注意同行们对自己发表结果的不同的理解。这是提高自己研究水平的重要途径。2.充分评价已有的工作体现作者的学术水平是否客观而充分地评价了以往的工作,常常是审稿人和读者衡量作者学术水准和学术风范的重要方面。我们一部分作者往往愿意引述国外知名学者的工作,有点“言必称希腊”的味道,但对国内同行发表的工作重视不够。有时明明是中国学者首先做的工作,都没有得到自己的国内同行的充分评价。较多地并且适当地援引国内同行工作,是应当提倡的。但是,我们也不要学习少数日本作者,他们绝少引用日本学者之外的文章。部分同行在论文中引述相当数量公式,但却不列出公式的出处,让读者分不清是作者发展的,还是引自他人以往的工作。原则上,除了教科书上公认的方程和表达式外,对于用于特定目的、特定条件和问题的推演,只要不是作者自己的工作,都要列出出处和适用的条件；即便是作者自己以往的工作,也要列出相应的文献,让读者在必要时参考。作者在充分评价以往工作的基础上,应当清晰地指出自己在当前工作中的独创性的贡献。这是作者对科学负责的表现,是一篇好的学术论文开宗明义必须写清楚的内容。3.要特别重视论文的题目、摘要、图表和结论每一位作者都有阅读大量论文的经验。读者阅读论文的习惯一般是首先浏览目录,只有对题目有兴趣才愿意翻到有关论文；对一篇题目有兴趣的论文,读者又首先读论文摘要；如果对摘要还有兴趣,接着会去看论文的图表,因为图表往往最清楚地反映了论文的结果。看过图表之后,如读者还有兴趣，会接着读论文的结论。通常只有少数读者会读论文的全文。作者应当清晰地知道,论文的题目将被数以千计的读者读到。对题目的每一个字都要审慎地选择,用最少的词语最确切反映论文的内容。5.正确对待审稿意见和退稿国际核心刊物的审稿人大多是各个领域的权威学者。杂志的出版社会经常征询编委的意见,选择最佳的审稿队伍。审稿是无报酬的。审稿人的工作态度大多极其认真。对审稿意见要十分尊重,对每一条批评和建议,都要认真分析,并据此修改论文。对自己认为是不正确的意见,要极其慎重和认真地回答，有理有据地与审稿人探讨。如何对待被杂志拒绝的论文,常常是作者犯难的问题。这里必须分析被拒绝的理由。第一类拒绝是一种“完全的拒绝”，主编通常会表达个意见,对这类文章永远不愿再看到，再寄送这类文章是没有意义的。有一类是文章包含某些有用的数据和信息,主编拒绝这类文章是由于数据或分析有严重缺陷。对这类文章作者不妨先放一放,等到找到更广泛的证据支持或有了更明晰的的结论,再将经过修改的“新”文章寄给同一杂志。主编通常是会考虑重新受理这类文章的。这两年,至少有两位审稿人向笔者抱怨，个别中国同事在论文被一家杂志拒绝后,又原封不动地将稿件寄给另外一家杂志,而他们再次被邀请做审稿。他们对此非常反感。论文理所当然地被拒绝。在谈到这个问题时,《宇宙物理学》(TheAstrophysicalJournal)的科学主编Thomas提出,“在一篇论文被一家杂志拒绝后不经修改又寄给另一个杂志,这是一个很糟的错误。通常,审稿人做了很认真的工作指出论文的问题,并建议了修改。如果作者忽视这些忠告,这是对时间和努力的真正浪费。同时,寄一篇坏的文章,对于作者的科学声望是一种严重的损害。”实际上，影响因子不同的学术刊物，接受论文的标准和要求差别很大。如果被拒绝的论文不是由于文稿中的错误,而是重要性或创新性不够,作者在仔细考虑了审稿人的意见,认真修改文稿后,是可以寄给影响因子较低的学术刊物的。值得注意的是,审稿人由于知识的限制和某种成见,甚至学术观点的不同,判断错误并建议退稿是会发生的。如何处理情况,有两个例子供参考。最近一位年青人的论文被一杂志拒绝。经过反复的讨论检验,我们判断审稿人是错误的。为了论文及时发表,我们建议这位作者礼貌和认真地回信给主编,指出审稿人的错误,并要求主编将他的意见转给审稿人,然后撤回论文,再将论文做必要改进,寄给另一影响因子更高的杂志。论文立即被接收,并得到很好的评价。在这一例子中,论文并没有经过重要修改就改寄其他杂志。但是作者却负责地请主编把对审稿人的意见转寄给审稿人。在这种情况下,作者改寄其他杂志是不应受到限制和责难的。但前提是对论文结果的反复检验,对论文的正确性有了确切的把握。笔者组内一篇论文在一重要杂志经过两年半才得以发表，主要的原因是第一位审稿人对我国向量磁场测量的可靠性提出质疑,不同意发表这篇论文。通过向权威的同事请教和反复的思考,我们确认对所进行的研究,所采用的测量,是充分准确和可靠的。作者花了近两年的时间与审稿人讨论,不但论文得以发表,还与审稿者和主编建立了良好的关系,这篇论文发表后得到了良好的国际引述。7.花大力气提高英语写作水平英语不是我们的母语。英语写作是英语学习中最困难的部分。我国SCI论文和引述偏少,除了基础研究水平的限制,语言的障碍不容忽视。每一位基础研究工作者必须把提高英语写作能力作为一个艰巨的任务。这里有三个成功的经验供参考。中国科技大学的胡友秋教授总是把审稿人的英文修改和自己的原稿中被修改的部分单独抄在本子上,一一对照。细心琢磨并背下来,一点一滴地提高自己英语写作水平。他寄往国际核心刊物的论文常被审稿人称为well-written。美国国家太阳天文台有一个内部的审稿制度,其目的主要是保证论文的正确性,同时对研究也有相互影响和砥砺的好处。不经过内部审稿的论文不能寄给杂志。资深太阳物理学家SaraMartin建议找--些可作为范例的论文精读,学习怎样组织和写出好英语,她特别提到已故著名天体物理学家Zwaan的论文,可作为范文来效仿。论文初稿完成之后,一定要做拼写检查,不出现简单的拼写出错。如果对自己的英文写作无把握，请一位英文好的同事和国外同行把把英文关必要的。为从根本上提高我国学者英语水平,我们建议对研究生必须开设英语写作课程。在写英语上,我们实在需要打个翻身仗。

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最近，苏州大学材料与化学化工学部的汪胜教授发表了一篇题为“钯纳米粒子修饰纳米多孔碳作为高效的氢气传感器”的论文。在这项研究中，汪胜教授和他的团队使用钯纳米粒子修饰纳米多孔碳，并将其用于制造高效的氢气传感器。这种传感器可以快速且准确地检测到氢气，具有高灵敏度和较低的检测限值。与传统的氢气传感器相比，这种传感器具有更快的响应时间和更高的稳定性。据研究人员介绍，这种高效的氢气传感器具有广泛的潜在应用，例如工业生产中的氢气检测、水处理、化学反应等领域。此外，在环境保护和能源领域中，这种传感器也有很好的发展前景。汪胜教授的研究成果得到了国内外同行的高度评价，有望为氢气传感器的研发和应用提供重要的参考和指导。

真核生物大部分基因含有内含子，转录完成后产生的mRNA前体需要经过一系列复杂的加工，成为成熟的mRNA，转移到细胞质中才能发挥功能。可变剪接（Alternative Splicing，AS）是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式，对外显子和内含子进行组合，产生不同的mRNA剪接异构体的过程。可变剪接受到具有特殊结构域的顺式调控元件（RNA motif）和识别这些motif的RNA结合蛋白（RNA binding protein）调控 。RNA-seq通常是二代转录组，可以通过高深度的测序数据组装构建转录本序列，预测外显子与内含子的结构并识别出可变剪接模式，假阳性不小。相比之下，三代全长转录组利用其读长更长的优势，可以直接读取转录本的全长序列，无需打断、组装，直接获得全长转录本的结构信息，能够更加准确的分析生物体内存在可变剪接事件。选择哪种测序方式需要考虑实际情况综合考虑。 rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪切事件的表达定量，然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在IncLevel（Inclusion Level）水平上的差异(从公式上来看，IncLevel跟PSI的定义也是类似的)，lncLevel并利用Benjamini Hochberg算法对p value进行校正得FDR值。 MATS的结果文件是以各个可变剪切事件的分布的，主要由，，，，这几类；其中JC和JCEC的区别在于前者考虑跨越剪切位点的reads，而后者不仅考虑前者的reads还考虑到比对到没有跨越剪切位点的reads，但一般仅使用最重要的.的结果（如果只是单纯的比较两组样品间可变剪切的差异的话；最后采用rmats2sashimiplot对结果绘图。 ASprfile软件对由StringTie对Hisat2的比对结果进行拼接的结果文件获取每个样本存在的可变剪接类型及相应表达量。