戴松恩从20年代中期即开始进入我国的作物遗传育种研究领域,是我国从事这方面工作较早的学者之一。他早年参与育成和推广了“金大2905”、“金大26”等小麦品种。30年代,他利用来自中国、苏联、美国的小麦品种进行杂交,对其性状遗传规律做了研究。当时,这种相当规模的遗传研究国内还没有过。他通过对六个普通小麦品种的春冬性及穗部、叶片等十多个性状的遗传分析,明确了单性状的遗传规律以及它们之间的连锁遗传关系,以博士论文形式发表了题为《中俄美小麦品种杂交之遗传研究》的报告(中文摘要发表于《农报》1937年7月)。1938年,他在贵阳对烟草、玉米和油菜生产进行了深入考察,发现贵阳地区适宜发展烟草种植。在他的努力下引进了美国烟草品种。经过三年试验,于1940年第一次在贵阳地区种植了经他引种筛选出来的烟草新品种,并示范推广了育苗、移栽、管理、采收以至烤烟技术。这些工作为后来贵州烟草事业发展奠定了坚实的基础。戴松恩还针对当时有人提出要大量引入美国双杂交玉米种子的问题,进行了三年引种试验,发现美国双杂交玉米种并不比当地的最优品种好,有的甚至更差。他在《美国杂交玉米在我国的利用问题》(《农报》1939年)一文中明确指出:直接利用美国双杂交玉米并不能增产,只有利用它的自交系和国内材料才能找出适应我国情况的高产杂交玉米来。同一时期,他还为当地的油菜育种做了不少基础研究工作,诸如连续自交对不同类型油菜品种的生长发育和结实性的影响等,为制定合理的育种方案提供了科学依据。赤霉病是长江下游地区小麦生育后期最易流行的严重病害。有些国外专家曾散布在严格接种的条件下,小麦品种都要感染赤霉病,抗病育种谈何容易的悲观论点。戴松恩等怀着试试看的心情,对已搜集到的小麦品种材料进行了连续四年的抗病性鉴定试验。1941年,他发表了《小麦赤霉病抗病性研究》(《农报》1941年),指出在严格接种条件下中国小麦品种中有对小麦赤霉病表现抵抗的材料,并以云南“牟定火麦”为例,论证了选育抗病品种的可能性。这一发现,对发展我国小麦抗赤霉病育种工作是一个很好的启发。50年代初,我国学术界出现了“米丘林遗传学”和“摩尔根遗传学”两个学派的争论。戴松恩为了验证李森科“种内无竞争”的学说,和育种中搞“品种内杂交”以改良种性措施的真伪进行了四年的系统研究,结果得不出上述结论;虽然提出了对“米丘林遗传学”中“嫁接杂种”,“获得性遗传”的不同看法,限于当时“一面倒”的形势,未公开发表。为了弥补我国在小麦育种基础理论及方法上与国外的差距,从1978年起戴松恩主持了“小麦非整倍体研究”。这是为小麦定向育种提供理论根据的基础研究,是利用非整倍体材料和相应的分析方法,测定基因位置及连锁关系,通过染色体附加、代换和易位技术,达到有计划、有步骤地创造麦类新品种的目的。这项技术在当时我国比美、英、加等国家落后。1980年,他主持召开了“全国小麦非整倍体研究讨论会”,并发表了《为什么研究小麦非整倍体》及《小麦非整倍体》(经典著作的译文)等文章,积极推动了这项研究工作的发展。他强调指出,小麦非整倍体研究在形态形状、抗病虫性、抗逆性、品质性状和其他数量性状的基因分析或定位等方面很有意义,并可直接应用于小麦育种,为农业生产做出贡献。他提出了在小麦品种间杂交中,利用ph基因创造出更多优良变异的设想。在他的指导下,他的助手和研究生已取得了可喜的成果,并进行了各种变异类型的细胞遗传学研究,为开创小麦育种的新途径进行了有益的尝试。他担任中国农业科学院研究生院副院长时,对教学指导认真负责,一丝不苟,并且亲自带研究生,也没有中断过研究工作。他还对如何提高研究生培养水平提出了许多新的建议。1982年我国研究生学位制度恢复没有几年时间,他多次建议本科生大学毕业工作2年后才准报考研究生,建议从1984年招收在职研究生,加速培养他们成为能够独立工作,富有开拓精神的科研人才。同时,他积极倡导对在职人员进行培训,不断提高业务水平。他还为中国农业科学院研究生教育的发展,争取必要的物质条件,做了大量工作。