学校科学研究立足国际前沿,充分发挥药学、中药学学科齐全的优势,通过学科群建设,促进学科的交叉、渗透,显著提高了科技创新能力。学校现有“天然药物活性组分与药效”国家重点实验室,已建成临床前创新药物研发各节点相关的国家和省部级重点实验室、技术平台、工程技术中心30个,建有“药物科学研究院”,整体推进学校新药的研发工作,为各类新药的研发提供全方位服务。“十一五”、“十二五”期间,获批国家“重大新药创制”科技重大专项项目数、经费数均居全国高校之首。近五年来,获批国家自然科学基金项目460项,经费2.4亿元,其中大项目19项,经费6227.62万元。2018年,获批国家重点研发计划2项。“十三五”以来,学校连续五年获得国家科学技术奖,其中科技进步4项、技术发明奖1项;获国家新药证书2本、新药临床批件18个、授权发明专利629件;发表SCI论文4000余篇。近年来,学校先后研发出包括盐酸关附甲素、爱普列特、依达拉奉、银杏内酯注射剂、伊立替康、长春瑞滨以及英太青等在内的一类创新药物、新制剂近百个,给企业带来了巨大的经济效益,与1000余家医药企业签订了4200余项合作协议,项目总金额超过16亿元,成为推动医药行业发展的重要引擎。学校专注国家药物政策与产业经济,倾力智库建设。“国家药物政策与医药产业经济研究中心”、“国家执业药师发展研究中心”为我国药品定价、药品监管、药师立法等医药行业和政府决策提供重要的智力支持。