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Jo Appleford博士是BMC旗下60多个期刊编辑们的头头，他的职位描述是“managing the Executive Editors”。他在英国苏塞克斯大学举行的一次出版会议上，做过一个有关论文投稿的讲座，下面整理了些觉得很有帮助的内容。 1. 严格评估你的结果（Critically assess your results） 一个有价值的工作应该具备这些特点之一：原创性的结果、方法或工具；对已发表数据的重新分析或解释；对众多前人研究的综合分析（Meta-analysis）；对某个主题的综述；阴性结果有时候也有价值。 如果你的结果是这样的，可能不值得发表，或者很难发表：过时的研究；有缺陷的或伪造的数据；前人研究的简单重复。 那么如何评估你的结果，或者说如何跟踪领域进展？1）数据库检索（如PubMed, Google Scholar, Scopus），尝试不同的关键词组合。2）充分利用很多数据库的特色工具，如相关文献列表（引用此文章列表等）、基于相同关键词的相关文章列表等。3）很多出版商还有基于领域或主题的网页，将类似的文献汇总在一起。简单的说，就是要实时关注领域内已发表的研究。 2. 选择合适的刊物，了解审稿过程（Choose the right journal, know the process） 以往的研究发现，作者们往往注重这几点：期刊的声望；目标读者；期刊的显示度；同行评审的速度。因此在选择期刊时，要考虑下面一些相关问题。 1）期刊的目标和定位（aims and scope）。这往往可以从期刊主页看到，很重要的一点是，要浏览期刊近期发表的文章的主题。 3）期刊显示度。比如看期刊的Google排名，开放获取程度。 4）编辑部结构。期刊编辑一般可以分为两类，专职编辑（专职于出版业，已不再从事研究）和“业余时间”编辑（依然从事研究的科学家），这些编辑是审稿意见的最终决定者。 5）同行评审流程。完成投稿后，编辑部将首先对稿件进行评估（initial assessment），往往由主编或领域编辑评估稿件是否适合期刊的定位及其学术价值。对于有些期刊尤其是投稿量很大的高水平刊物，投稿前咨询（presubmission enquiries）显得比较重要，要准备好包括主要研究结果（abstract & outline）和研究价值（significance）的咨询信。之后编辑部将选择审稿人，对于投稿者来说，要合理利用期刊允许推荐和屏蔽审稿人的政策。编辑部选择审稿人时，往往会考虑同时邀请评估数据质量（方法部分）和学术价值（结果和讨论）的审稿人。对于BMC系列期刊来说，被高拒稿率刊物拒绝的稿件也可能被转移至更专业的刊物，比如被Genome Biology拒稿或许可以在BMC Genomics发表。 写好论文脑子中必须要记着这些点：1）保证内容清晰和讨论的逻辑性；2）一定要简练：过于冗长的讨论会使得重点不突出；3）讨论要建立在证据的基础上，不要夸大你的结论；4）清晰简洁地说明研究目的和你关注的科学问题；5）将你的工作置于领域背景内：一定要引用关键的文献，并且在正确的地方引用它们；6）严格遵守期刊规定（Author guidelines）。 题目（title）。好的题目有助于更好地吸引读者和引用率，因此题目要明确和简洁，要有广泛的吸引力（避免任何不必要的细节），避免太专业的词汇和缩写。其实编辑和审者也会关注题目是否能否正确反映了文章的内容。 摘要（abstract）。摘要应该能包括：研究目的以及你关注的科学问题为何重要；关键的方法和材料；主要的结果和结论。要慎重选择关键词，好的关键词可以更好地吸引读者并增加检索和引用，避免使用具有多重意思的缩写。编辑部邀请审者时一般只发送摘要，所以不好的摘要将可能使编辑认为论文科学价值不大或者审者拒绝审稿。 投稿信（cover letter）。要写好投稿信，应该要知道如下问题的答案。你关注的科学问题是什么？针对这些问题的重要发现是什么？支持结论的证据是什么？跟你所关注的科学问题相关的最近发表的三篇论文都讲了什么？你的研究结果对于所在的研究领域有什么意义？你的研究结果对于更广泛的群体（生物学家或大众）有什么意义？你的论文还提供了哪些新的发现？是否有需要告知编辑部的其他信息？ 其他需要关注的问题：投稿前要请同行阅读并提出建议；图和表格是否清晰恰当；论文返修时一定要认真对待审者意见；如果转投另一个期刊，一定要修改投稿信的抬头和内容。 4. 申诉（Appeals） 同行评审并非一个民主的过程，不同的审者也常有不同的审稿意见，加上编辑可以否决审者的意见，因此，对于一篇被拒稿的稿件，有时要抓住申诉的机会。 申诉时，要清楚的表明你的态度和观点，尽可能的增加有用的新的数据信息；不要利用作者的地位或名望，不要使用威胁和侮辱性语言，不要使用有声望的同行的支持，申诉信不要重复投稿信的内容。

文章名称：Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversification inBrassica rapa 发表时间：2021年5月 发表单位：中国农业科学院蔬菜花卉研究所等 发表期刊：Genome Biology 影响因子：10.8 一、研究背景 白菜（AA, 2n=20）是主要的经济作物，它是芸薹属重要的种，是“禹氏三角”的基础组成之一（A亚基因组）。 构建白菜泛基因组不仅能够获得白菜种丰富的基因信息，同时可以鉴定白菜基因组存在的广泛的遗传变异。 异源多倍化是物种形成和分化动力之一，异源多倍化会产生的亚基因组往往表现出亚基因组优势，而亚基因组优势反映了不同亚基因组的同源基因偏好性丢失和表达优势。白菜经历了多次基因组加倍，产生了3套亚基因，而亚基因组间同源基因非对称选择使种内产生分化，造就了白菜多样性的形态。 SV对植物的进化与性状变异有着重要影响，但目前针对白菜多样性形态与SV关系的研究尚未报道。 二、技术路线 三、材料方法 1、样本选择 16个不同生态类型的白菜用于泛基因组构建（BRO,CCA, CCB, CXA,CXB, MIZ, OIA, OIB, OIC, PCA, PCB, TCA, TUA, TUE, TBA和WTC）； 144个白菜品系用于重测序（结合之前数据，共524个样品）。 2、测序 基因组组装：三代Pacbio Sequel平台（平均25x），二代illumine（90x），Hi-C文库； 群体重测序BGI平台。 3、分析内容 基因组组装，SV检测（基于基因组），群体SV检测（基于重测序），图形泛基因组，祖先基因组构建，选择性清楚分析，等等。 四、主要结果 1、16个代表性白菜基因组组装  16个品种分为6种形态，分别为大白菜、芜菁、油用白菜、苔菜、日本沙拉菜、小白菜； 16个品种单独de novo组装，基因组大小在337–466 Mb，contig N50 在0.25–1.41 Mb，其中12个品种使用hi-c测序挂载染色体，剩余4个利用reference-guided共线性分析挂载染色体； 16个基因组检测到44,207–47,602个基因，重复序列43.59–53.51%，重复序列和基因组大小成正相关（R =0.99, P = 3.8 e−16）； 以Chiifu为ref，其他17个与Chiifu之间共线性的比例存在差异（表1）； 以上结果说明，不同形态的白菜之间在基因含量、共线性、染色体结构上存在差异。 2、白菜泛基因组构建 白菜泛基因组包含47,107个基因，与单个基因组基因数相差不多，说明不同白菜品种基因组成比较接近； 基因家族分类（图b、c） 核心基因：18个基因组都包含； 次核心：80%以上基因组包含； 非必需：2-14个基因组包含； 特有：只在1个基因组包含； 基因表达显示，核心基因的表达水平高于非必需基因（图e）； 核心基因的CDS长度和数量高于其他类型基因（图f、g）； LTR-RT更多出现在非必需基因中，说明TE促进白菜种内多样性的变异（图h）。 3、泛基因组分析揭示白菜种内的大量SV 使用全基因组7900个单拷贝直系同源基因构建了18个品种的进化树（图a），而后作者使用单条染色体分别构建进化树，结果显示与全基因组的并不完全相同，说明种内多样性的复杂进化历史； 基于524个样品的重测序数据构建的进化树，发现18个品种分布在不同形态的白菜分支中（图b）； 以Chiifu为ref，其他17个基因组比对鉴定SV，得到33.24–56.7Mb的insertions和35.75–58.84Mb的deletions； 对SV分析显示，SV富集在基因组重复区域（图e），随着基因组个数的增加，SV的数量逐渐增加至呈现饱和趋势（图f）； 利用hi-c数据鉴定到4个大片段的倒位（图g）。 4、共线性基因的灵活性与不同白菜基因组的分化有关 白菜基因组经历了多次染色体多倍化和基因丢失，使白菜基因组中包含3套亚基因组，因此作者试图分析白菜种内分化过程中由多倍化产生的基因的进化过程； 作者将在拟南芥和16-18个泛基因组样品中都存在同源基因，称为保守共线性基因（CSG），而在拟南芥和2-15个基因组存在同源基因，称为灵活共线性基因（FSG），FSG可能与白菜种内分化相关； 在18个不同的基因组中，FSG平均占基因总数的13.42%； FSG中非同义/同义突变SNP的比例、含大效应突变位点的基因、积累的SV以及LTR-RT数量都显著高于CSG（图b、c）。 5、白菜种内分化过程中基因的灵活性扩大了LF亚基因组的优势 白菜基因组进化过程中多次基因组加倍事件和基因丢失，最终形成的基因组包含3个亚基因组LF、MF1、MF2，作者分析发现FSG的平均比例在LF中显著低于MF1和MF2（图e），而在18个基因组中FGS的频率要高于另外2个亚基因组（图d），说明白菜种内分化过程中偏好性基因灵活性的连续影响； 在18个基因组中FSG的比例在多拷贝基因集中显著高于单拷贝和两拷贝基因集，说明在种内分化过程中多拷贝基因更有灵活性； 种内分化过程中，多拷贝基因有着较高的灵活性（图g）。 6、推测的白菜祖先基因组为系统调查种内分化提供新的见解 作者将18个基因组的基因merge到一起，重构了白菜的祖先基因组，发现LF中的基因数和基因密度均高于MF1、MF2，说明LF亚基因组处于优势地位； 比较Chiifu和祖先基因组，发现单个基因组中LF、MF1、MF2中的基因密度显著低于祖先基因组（图a），说明在种内分化过程中大量基因丢失； 亚基因组比较显示，Chiifu中LF中丢失基因的密度低于MF1、MF2（图b），说明在种内分化过程中LF基因丢失较少； 作者重构了十字花科的祖先基因组和白菜、甘蓝祖先基因组，发现LF作为优势亚基因组保留了更多基因，而且LF亚基因组有较低比例的基因丢失。 7、SV变异与白菜种内分化 基于18个基因组比对获得的SV，构建白菜的图形泛基因组（以Chiifu为ref）； 524个样品重测序数据与图形基因组比对call sv，获得57877个高质量SV； 根据形态将白菜分为不同的组，通过组间比较，鉴定到1064个SV与结球性状相关，19个SV与小白菜驯化相关，172个SV与芜菁驯化相关，说明SV与不同形态的驯化相关； 作者鉴定到在BrPIN3.3中279bp的缺失影响叶球性状的驯化，作者通过以下6种方法验证基因的真实性： 基因内变异标记在结球和不结球群体中的分布差异性（图bcd） 基因侧翼SNP在结球和不结球群体中呈现不同的单体型（图a） 基因处在结球与不结球群体选择清除区域（图f） 拟南芥同源基因分析 基因在结球和不结球个体中的表达量分析 在更大的结球和不结球群体中扩增基因内的deletion，查看有无此变异 参考文献： Xu Cai,Lichun Chang,Tingting Zhang,et al.Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversification in Brassica rapa.Genome Biology.(2021)22:166

genome biology影响因子是基因生物学领域顶级期刊genome biology的期刊评价指标。

genome biology影响因子是genome biology期刊前两年发表的论文在该报告年份（JCR year）中被引用总次数除以该期刊在这两年内发表的论文总数。这是一个国际上通行的期刊评价指标。

影响因子现已成为国际上通用的期刊评价指标，它不仅是一种测度期刊有用性和显示度的指标，而且也是测度期刊的学术水平，乃至论文质量的重要指标。影响因子是一个相对统计量。

Genome Biology有着强大的行业领导力和影响力，当前（2021-2022）影响因子为13.583，是基因组生物学中排名最高的开放获取期刊。

Genome Biology有着专业的编辑团队，同时还与国际知名专家组建编委会，对论文质量严格把关。此外，Genome Biology的编辑会定期与研究人员、学者进行交流，以了解最前沿的学术动态。

genome biology影响因子的计算方法：

影响因子是以年为单位进行计算的。以1992年的某一期刊影响因子为例，IF（1992年） = A / B

其中：

A = 该期刊1990年至1991年所有文章在1992年中被引用的次数。

B = 该期刊1990年至1991年所有文章数。

许多著名学术期刊会在其网站上注明期刊的影响因子，以表明在对应学科的影响力。如：美国化学会志、Oncogene等。

中国大陆各大高校（如清华大学、武汉大学、中国科学技术大学、南开大学、中国农业大学、吉林大学、哈尔滨工业大学、浙江大学、上海大学、大连理工大学等）都以学术期刊的影响因子作为评判研究生毕业的主要标准。

以1992年为例，计算某期刊在该年的影响因子：

X=以1992年为基点、某期刊于1990和1991年在1992年全部被引用之论文总次数。

Y=以1992年为基点、某期刊1990和1991年全部论文发文量的总和。

IF1992年 =【X（1990年，1991年） / Y（1990年，1991年）】。