李建章课题组发表的论文

位于美国得克萨斯州达拉斯市南卫理公会大学Southern Methodist University（SMU）化学系计算化学专业的陶鹏教授课题组招收2021秋季入学的博士研究生。我们是位于美国得克萨斯州达拉斯中心南卫理公会大学化学系计算化学专业的计算化学与生物学科研团队。目前组内成员有导师，六名博士生，以及四名本科生组成。导师有丰富的计算化学与生物学方法发展与实际应用的经验。目前已经发表学术论文近四十篇。目前课题组的研究方向包括发展并应用蛋白别构调节的分子动力学方法，通过反应机理的建构与机器学习的应用进行酶蛋白的进化历程研究，以及基本的分子动力学的方法发展。我们在使用QM/MM与分子动力学方法研究酶反应机理方面有精深的研究。最近我们在应用机器学习与人工智能的方法进行分子与蛋白功能结构的动态模拟的研究中取得较大进展。本课题组目前的科研方向包括发展机器学习与人工智能在分子动力学模拟中的应用，进一步提高目前业界酶反应机理模拟的水平，并保持我们在酶蛋白机理模拟方法发展的领先地位。最近SMU全面升级的只面对本校师生开放的拥有最新配置的高速计算机集群所提供的丰富计算资源将成为我们课题组的进一步提高科研能力的强大后盾。由于最近的出色科研成果，今年我们课题组获得了竞争异常激烈的美国国家自然科学基金（NSF）提供的为期五年的CAREER研究基金和美国国立健康研究院（NIH）提供的为期三年的R15研究基金。 欢迎有相关背景（分子力学，蛋白结构模拟，量子力学，机器学习或者人工智能）并有志在计算化学与生物学的方法发展与实际应用方面有所建树的同学加入我们的团队。所有的博士研究生都会得到每年$25000生活费用。在生活消费较低的达拉斯地区，你的生活质量会有相当的保障。如果你有能力与动力做最好的科研，我们就会提供最好的发展平台供你发挥。一位今年刚刚从本课题组毕业的博士生取得了发表七篇第一作者以及五篇第二作者的科学论文的骄人成就，并成功入职谷歌位于美国加利福尼亚州本部进行高端软件开发的工作。如果有雄心壮志，你一样可以成功！我们缺的不是机遇，我们需要的是能够把握机遇的人。我们学校的要求必须有GRE与英语（托福或者雅思）成绩。GRE没有具体分数要求，托福最低80分。英语很重要，但更重要的是你追求学术与人生梦想的动力与能力！需要提醒的是，要在我们的领域里获得成功，第一需要的是你对计算科学和计算机算法与编程天生的兴趣。第二需要对自然与生命科学内在规律强烈的好奇。第三还必须耐得住寂寞和不向任何困难低头的勇气。以上三条缺一不可。

年份 国家级项目 省部级项目 市厅级项目 其他 2007年 9项 8项 4项 2008年 18项 4项 7项 2009年 22项；863主持1项；973子项目1项；大飞机项目1项。 9项 6项（含重大1项） 15项 2010年 31项 6项11项（含重大1项） 5项 2011年 33（含杰青基金1项）；科技部国际交流项目1项。 15项 10项（含重大2项） 8项 仪器设备热分析仪、紫外-可见分光光度计、原子吸收分光光度计、元素分析仪、荧光光谱仪、高效液相色谱仪、气相色谱-质谱联用仪、气相色谱仪、离子色谱仪、傅里叶变换红外光谱仪、x-射线粉末衍射仪、电感耦合等离子发射光谱仪。 图书资料苏州大学材料与与化学化工学部资料室目前有使用面积约300平方米，是为学部师生教学、科研提供服务的专业性资料室。读者对象为本部教职工、研究生、高年级学生和文献课学生。主要收藏化学化工专业相关的中外文期刊、参考书、工具书等。拥有从1907年创刊号开始收藏的美国化学文摘C.A（包括文摘、卷索引、累积索引等）。拥有从二十世纪三十年代以前收藏并至今连续收藏的刊物至少11种，如Journal of American Chemical Society（美国化学会志）、Journal of the Chemical Society（英国化学会志）、Chemical Review（化学评论）、Journal of Chemical Education（化学教育杂志）、Journal of Physical Chemistry（物理化学）、Journal of Organic Chemistry（有机化学）、Journal of Electrochemistry（电化学）等刊物，并收藏Gmelim（无机化学大全）、Beilstein’s（有机化学大全）等多种化学化工专业的多卷册的大型工具书、手册、大全等。化学化工学院资料室期刊合订本藏刊量2012年已达三万多册。期刊种数250多种，期刊合订本14000多册。藏书量13000多册。中国科学院院士、上海有机化学研究所陆熙炎教授曾为该资料室捐献多种著名期刊和参考书2500册。资料室已逐步形成以重点学科、重点实验室文献为核心的，具有研究级水平的材料与化学化工学科特色的专业藏书体系。同时，资料室还建立了50平方米的电子阅览室，配备计算机二十多台，进行计算机上网查阅、检索文献资料的服务，经常为本学部师生、兄弟院校、工矿企业提供检索服务。 以下为十篇最新（至2013年3月1日）的学部论文： 戴洁教授，朱琴玉教授课题组在CrystEngComm上发表研究论文 2013-02-20 论文报道了以TTF四羧酸为配体采用不同的配位模式得到了一系列的配位聚合物。讨论了影响聚合物结构的因素，所有在室温下得到的配合物都是一维的，而在溶剂热条件下得到了二维和三维的配位聚合物。这些配位聚合物在固态时能被氧化得到正一价的自由基阳离子和正二价的阳离子。 戴洁教授，朱琴玉教授课题组在Phys. Chem. Chem. Phys. 上发表研究论文 2013-02-20 论文研究了一个四硫富瓦烯（TTF）双羧酸与含氮杂环类化合物形成的氧化还原酸碱体系。核磁和晶体结构都表明在TTF双羧酸和含氮杂环类化合物之间存在着质子转移和强烈的氢键作用。与单羧酸体系不同的是：TTF双羧酸能够很容易地把一个质子转移给碱，然后第二个质子形成了一个稳定的七元环。电化学测定结果表明了其机理是两步的四方氧化还原和质子转移机理。 戴洁教授，朱琴玉教授课题组在Inorg. Chem. 上发表研究论文 2013-02-20 论文报道了一个含有6个钛原子的氧簇合物的溶剂热合成。配体除醇盐外引进了二元羧酸配体并首次培养了它们的晶体，获得了晶体结构数据。这是至今很少发现的一个具有单晶光致变色效应的钛氧簇合物。Ti(IV) 经光照转化为Ti(III)，在接触空气后将氧分子转化为氧游离基，被ESR测定所证实。论文还研究了化合物的光解作用。 戴洁教授，朱琴玉教授课题组在J. Phys. Chem. B 上发表研究论文 2013-02-20 论文研究了一个四硫富瓦烯（TTF）羧酸体系(DMT-TTFCOOH)对吡啶类含氮小分子的响应。研究通过核磁、循环伏安讨论了响应的选择性，提出了电化学响应机理。通过理论计算和晶体结构测定分析了分子间的氢键作用的类型、强度以及在分子响应中的重要作用。该体系为一个独特的具有氧化还原活性的氢键响应体系。 倪沛红教授课题组在Polymer发表研究论文 2012-12-25 此文报道了侧基含丙烯酰氧基的两亲性嵌段共聚物PCL-b-POPEA的合成及表征。这类嵌段共聚物具有良好的生物相容性和完全生物可降解性。本研究首次将碳碳双键(C=C)引入两亲性聚磷酸酯类嵌段共聚物的侧基，可与含巯基(-SH)的有机化合物进行迈克尔加成反应，修饰聚磷酸酯侧基带有-OH、-COOH、-NH2、氨基酸等功能性基团。共聚物PCL-b-POPEA在水中自组装形成以疏水链段PCL为核、亲水链段POPEA为壳的纳米胶束。这种胶束由于具有良好的生物相容性和生物可降解性，可被进一步用作药物载体，输送抗癌药物阿霉素(DOX)，并且在磷酸二酯酶I的作用下，能够更加快速有效地释放阿霉素。同时，这类聚合物的载药胶束能显著抑制人鼻咽癌细胞(KB cells)的增殖。 倪沛红教授课题组在Langmuir发表研究论文 2012-12-25 此文设计合成了含胆固醇的聚阳离子修饰的磁性纳米粒子，用于缩合DNA获得磁性阳离子载体。结合刷型共聚物众多的优点如生物相容性、抗凝血性和抗蛋白吸附性，制备了含巯基(-SH)的刷型聚阴离子，通过静电作用，作为上述磁性阳离子载体外层的具有亲水性和抗非特异吸附性的阴离子层，在H2O2或O2作用下，巯基(-SH)交联形成二硫键(S-S)，可提高载体在血液循环过程中的稳定性。在模拟细胞环境中，交联的二硫键(S-S)断裂，释放出包裹的DNA。实验结果表明，通过自组装获得的基因载体具有磁响应性、细胞还原敏感性、抗蛋白吸附性、低毒性，且在HEK293T和HeLa细胞内均可有效地实现转染，具有潜在的应用价值。 倪沛红教授课题组在Soft Matter发表研究论文 2012-12-25 此文利用开环聚合及聚合物末端羟基酯化反应相结合，制备两端带有双键的聚磷酸酯大分子交联剂，通过与阳离子型单体甲基丙烯酸-2-二甲氨基乙酯和引发剂过硫酸铵的水溶液混合在一起，不添加任何加速剂，即可在室温条件下快速形成水凝胶。利用旋转流变仪研究了溶胶-凝胶转变过程，并进一步考察了影响凝胶化时间的因素，发现可以通过改变反应物配比来调节凝胶化时间。研究水凝胶的溶胀行为、pH响应性、内部多孔结构和体外细胞毒性，并以阿霉素盐酸盐作为模型药物，对这种可注射型水凝胶的体外药物释放性能进行研究。结果表明，这类水凝胶具有良好细胞相容性、在室温下快速形成载药水凝胶，在药物控释方面具有潜在的应用。 倪沛红教授课题组在J. Polym. Sci., Part A: Polym. Chem. 发表研究论文 2012-12-25 此文利用层层组装方法和壳交联方法制备了以Fe3O4磁性纳米粒子为核，以PEG为冠的可控的磁靶向基因载体。利用自由基聚合在磁性纳米粒子表面接枝聚甲基丙烯酸-2-二甲氨基乙酯（PDMAEMA），与DNA、均聚物PDMAEMA以及含部分巯基(-SH)的聚阴离子MePEG2000-b-PMAASH通过静电作用进行层层组装，获得表面含水溶性PEG链及外层交联的复合基因载体，并且通过凝胶阻滞电泳、zeta电位测试对层层组装的过程进行跟踪研究。实验结果表明，这种复合纳米粒子具有低毒性和模拟体内循环条件的稳定性，可作为潜在的非病毒基因载体。 氧化脱氢偶联反应具有原子经济性、低能耗、绿色环保等特点，同时，这也是一种简单高效的构建复杂的具有生物活性药物分子和天然产物的方法。铜/氧气参与的氧化脱氢偶联反应，由于其高效、廉价易得且易于掌控等优点，引起了有机工作者的广泛关注，并对其进行了深入研究。本文报道了铜参与的有氧氧化反应及其规律的研究：1当量的苯乙酮与3当量的苄胺在20 mol%碘化亚铜、10 mol%三氟化硼乙醚、氧气氛围中能方便高效的合成多取代咪唑类化合物；实现了SP C-H键的功能化，一步反应实现了8个氢原子的消去，3个新C-N键的形成，而反应唯一的副产物是绿色无毒无害的水。 纪顺俊教授课题组在Organic Letters (IF:5.862)上发表研究论文 2012-12-10 本文报道了苊醌参与的多组分插入反应，非常方便高效地合成了一系列的多取代的吡唑并异喹啉骨架衍生物。在该反应中，一步实现了两个C-C键的活化断裂，二苯甲酰甲烷的活性亚甲基插入到了苊醌两个sp-spC-C键中间，实现了无金属试剂催化的C-C键插入反应，同时构建形成两个新的6元环。