1930年,瞿同祖以优异的成绩被保送至燕京大学,主修社会学。吴文藻时任社会学系主任,瞿同祖与同门费孝通、林耀华、黄迪等皆生于狗年,四人被冰心戏称为“吴门四犬”,都是社会学牛人。1934年入燕大研究院,在吴文藻教授和杨开道教授的指导下,攻读社会史研究生。1936年,瞿同祖硕士毕业,又因成绩优异而获得金钥匙奖,其硕士论文《中国封建社会》翌年由商务印书馆出版。清华大学图书馆至今存有瞿同祖1937年的亲笔赠书,上书“西南联合大学惠存,著者敬赠。”该书由陶希圣和杨开道为之做推荐序,很快成为了国内若干大学的指定参考书。罗隆基后来告诉瞿同祖,他在西南联大兼课时即以此书为主要参考书,并说若无此书,他便无法开课了。但瞿同祖本人并不苟同,他认为20多岁写不出好书。他在燕京大学的最大收获是赵曾玖,1932年,赵曾玖从培华女中考入燕京大学国文系,同年8月,两人共结连理。