国际棉花行情论文发表期刊

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基因组（Denovo sequencing），即基因组从头测序，指在不依赖参考基因组的情况下绘制该物种的全基因组序列图谱，从而获取该物种的全部遗传信息。高连续性基因组的获得，对后续功能基因定位，结构变异检测具有重要的意义。结合近几年的文章我们不难发现，基因组研究主要以下面几种方向为出发点开展： 1）大型/多倍体/超复杂物种基因组破译，技术创新改革； 2）0 Gap基因组/单体型基因组构建，序列优化打磨； 3）未知基因组破译联合多组学分析，经济价值挖掘； 4）品种泛基因组构建解析功能变异，覆盖多样表型； 5）科属水平谱系基因组构建与分析，探索进化功能； 6）多种基因组联合多组学比对剖析，解析性状特征。 ... ...

前5种好理解，第6种方向能做什么呢？其实我们想要了解一个物种，往往单一基因组难以完整解析，例如

等等棘手但是却又热门的研究话题。

接下来我将通过百迈客最近三篇动植物上的成功案例带大家看看，如何通过数个材料基因组结合多组学的手段解析性状特征。

合作单位：中科院南海海洋研究所 发表期刊：Science Advances 影响因子：14.131 发表时间：2021.08 研究材料：Denovo:雌性与雄性草海龙（Phyllopteryx taeniolatus）；雌性与雄性绿海龙（Syngnathoides biaculeatus） 个体重测序：2只雄性草海龙 RNA-seq：脑、眼、鳃、肝、肠、肌肉、鳍、皮肤和附叶 测序方案

Denovo：雌性、雄性草海龙与雄性绿海龙PacBio平台；雌性绿海龙Nanopore平台，雌性、雄性草海龙与雄性绿海龙进行Hi-C测序。三代测序技术对应测序数据如下表所示： 个体重测序：~30X PacBio

草海龙最终组装大小为~659 Mb（♂）与 ~663Mb（♀）, contig N50分别为10.0 Mb与12.1 Mb。绿海龙分别组装~637 Mb（♂）与~648 Mb（♀），contig N50分别为18.0Mb与21.0 Mb。4个基因组BUSCO评估显示范围在94.00- 94.40%。并分别在草海龙和绿海龙中确定了31个和33个发生 扩张的基因家族 。通过19条鳍鱼类全基因组数据集进行 系统发育分析 ，明确草海龙与绿海龙在系统发育地位上属于海龙亚科（Syngnathinae）的姊妹群，并于 27.3 百万年前 左右发生分化。

草海龙的头部、颈部、腹部、背部和尾部区域有叶子状的附属物，可以与周围环境相融合，使草海龙以完美拟态隐匿于海草床中。这些结构是该物种的一种适应性进化产物，主要由骨基质和富含胶原纤维的结缔组织组成。

通过转录组学分析，发现其表达基因（如msx,dlx,fgf）主要从皮肤和鳍等器官募集而来，暗示了相关基因对新器官产生和维持的重要作用。而“附叶”与鳍相比缺乏肢体发育特异性的hox基因。草海龙的附叶在捕食者的袭击中经常受到损伤，为了研究相关机制，作者通过转录组分析研究发现在其附叶中炎症和损伤修复相关基因表现出高表达水平， 说明这些基因可能与其附叶的快速愈合和再生能力相关 。 同时草海龙特异性扩张的MHC I基因也在附叶中显著高表达，能为其提供额外的免疫保护。

通过雄性和雌性叶海龙Illumina reads正反比对雄性和雌性的全基因组序列，来确定叶海龙中假定的性染色体和性别基因座。结果显示 Chr4上的一个~47-kb区域仅在雄性中存在 ， 且reads覆盖度为Chr4平均值的一半，该片段经Hi-C互作分析结果支持。

注释及比较分析发现草海龙和绿海龙的性别决定基因均为amhr2的雄性特异性拷贝amhr2y，但两者的基因座不相同。系统发育分析表明，amhr2y起源于它们最近共同祖先的重复事件，而黄鲈amhr2y是从其谱系中的独立重复事件进化而来。研究发现amhr2y比amhr2受到的选择压力更强，其整体结构与amhr2相似。

草海龙与其他海龙科物种一样具有缺乏牙齿的管状吻。 研究表明，大部分富含P/Q的分泌型钙结合磷蛋白（SCPP）基因的缺失可能是导致syngnathids无牙的原因。 为了验证海龙科中因 假基因化丧失功能 这一点，作者使用CRISPR-Cas9技术构建了两个斑马鱼scpp5突变系，发现scpp5-/-突变体斑马鱼牙齿的数量减少且颌骨中存在用于附着牙齿的凹坑。

研究结论 该研究通过雌雄性海龙基因组的破译，结合 重测序分析、转录分析、比较基因组分析 等研究揭示了海龙科物种性别决定基因的产生和演化历程，为海洋鱼类的环境适应性进化研究提供了重要理论依据。

合作单位：浙江大学 发表期刊：Plant Biotechnology Journal 影响因子：9.801 发表时间：2021.08 研究材料：Denovo：Brassica juncea菜用芥菜T84-66、油用芥菜AU213； 个体重测序：12个油菜品种； 遗传进化：183份油用与菜用芥菜； 测序方案： Denovo：菜用芥菜分别146 Gb Illumina（~150X）+ 251 Gb PacBio（ 200X）+Hi-C( 200X )；油用芥菜147 Gb Illumina（~150X）+205 Gb PacBio（ 200X）+Hi-C( 200X ) 个体重测序：~20X Nanopore 遗传进化与GWAS：~10X illumina

研究内容

在着丝粒附近的异染色质状态中具有相对较低的基因表达模式。

系统地鉴定了T84-66 和AU213的A和B亚基因组中的全基因组单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失(InDels)和存在/缺失变异(PAV)。在T84-66和AU213之间的A和B亚基因组中鉴定了24,768个PAV（> 100 bp）， 其中3,634个PAV导致6,425个基因的变异。随机选择了几个PAV并使用PCR来确保这些PAV的保真度。其中一些基因组变异位于基因区域内，预计会影响T84-66和AU213作物中涉及生物和非生物胁迫的基因功能。

为了破译芥菜基因组菜用和油用品种之间SVs衍生的功能差异，作者基于Nanopore重测序技术，系统比较了菜用和油用芥菜群体基因组结构变异（structural variation，SV） ，挖掘到包括1, 354个高可信度的插入、缺失、重复、倒位、易位等变异。其中两个重要的基因位点TGA1和HSP20在ChrA06和ChrB08，可能与B.juncea基因组的菜用与油用品种之间对生物和生物应力的反应的自然变异有关。 这些变异研究为菜用芥和油用芥两个典型分化群体的演化提供了基因组变异基础。

使用T84-66作为参考基因组，对183份油用与菜用芥菜进行进化关系分析，并通过SGS-GWAS（scored genomic SNPs based GWAS）基因定位，在A02和A09中发现了两个参与控制芥菜硫苷（GSL）积累变异的关键遗传位，并首次发现A09中的MYB28与B. jucnea中GSL的积累有关。经过进一步研究并同过ONT验证发现，MYB28基因的拷贝数变异（copy number variations，CNVs）是导致芥菜种群中硫苷积累差异的原因，该基因的拷贝数变异在低硫苷芥菜群体中普遍存在。

研究小结 该研究将为多倍基因组进化研究和精确基因组选择研究提供重要研究信息，对芥菜风味品质和油脂质量的分子遗传改良具有重要科学和应用价值。

合作单位：华中农业大学 发表期刊：Molecular Biology And Evolution 影响因子：16.241 发表时间：2021.05 研究材料：基因组、Hi-C：圆叶棉G. rotundifolium(K2)、亚洲棉G. arboreum(A2)、雷蒙德氏棉G. raimondii(D2)新鲜叶片

测序方案 denovo：illumina K2、A2和D5分别108×, 118×, 132×；Nanopore K2、A2和D5分别124×, 131×, 167× Hi-C挂载：6碱基酶HindⅢ；K2、A2和D5分辨率分别为20kb、20kb、10kb Hi-C互作：4碱基酶DpnⅡ；分辨率20 Kb, 50 Kb, 100 Kb

研究内容

利用Nanopore测序技术组装了圆叶棉（ K2 ）基因组，组装大小为2.44Gb(contigN50 = 5.33 Mb)；提升了亚洲棉（ A2 ）和雷蒙德氏棉（ D5 ）的基因组，组装大小分别为1.62 Gb (contigN50 = 11.69 Mb)和0.75 Gb(contigN50 =17.04 Mb )。Hi-C挂载率均超过99%，BUSCO结果分别为92.5%, 93.9%,及95.4%。

重复序列注释表明，相对于D5，K2和A2中棉种 特异的反转录转座子扩增是造成这三个基因组大小三倍变化的原因,特别是Gypsy和DIRS类型。全长转座子插入时间分析表明K2基因组中转座子插入最为古老，A2基因组有更多新的转座子。

比较基因组分析表明，A2和K2基因组在Chr01与Chr02染色体间存在一个大的易位；K2和D5基因组在Chr13与Chr05染色体间存在一个大的易位。三个棉种在57-71百万年前存在一次共同的全基因组复制事件，并在5.1-5.4百万年前发生物种分化，基因共线性分析表明每个基因组大约有15%特异的基因家族。

通过HiC染色质互作数据揭示三个棉种染色体大小的规律，A2与K2比D5多了约7000个基因，三个基因组中17%的共线性同源基因表现为A/B区室的染色质状态改变，这与活跃的转座子扩增相关。

K2与A2及与D5相比更多的倾向于A向B的转化。K2和A2中有更多的基因处于A compartment，D5中有更多的基因处于B compartment。

大约60%的拓扑结构域（TAD）在三个基因组中发生了重新组织，K2基因组中有更多特异的TAD。基于边界TE覆盖度，边界TE表达以及TE插入时间分析，发现K2不保守的TAD边界存在特异的和较新的转座子（物种分化后爆发的TE）插入。这些结果表明最近在K2和A2基因组中表达的TEs的扩增可能有助于在三个物种分化后形成谱系特异性TAD边界。基于这些结果，作者提出了三个棉种分化过程中，基因组扩张-转座子扩增介导的A/B区室转换和TAD重组的进化模型。

研究小结

本次研究首次公布了棉属中二倍体圆叶棉基因组，并对亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组进行了升级，解析了转座子活动驱动的基因组大小进化特征，从转座子扩增和染色质空间结构角度为棉花物种进化提供新的见解，为植物中转座子活动介导的转录调控进化研究提供参考。

1.知网、维普、万方、龙源均可查的评职称期刊有：①、期刊名：学周刊;主管主办单位：河北省教育厅主管，河北师范大学主办;刊号：国内刊号：CN 13-1379/G4、国际刊号：ISSN 1673-9132;职称论文发表期刊等级：省级旬刊。②、期刊名：中国校外教育;主管主办单位：中华全国妇女联合会主管、中国儿童中心主办;刊号：国内刊号：CN11-3173/G4、国际刊号：ISSN 1004-8502、国内邮发代号：80-351、国际邮发代号：M4078;职称论文发表期刊等级：国家级旬刊。评职称期刊③、期刊名：考试周刊;主管主办单位：吉林省期刊协会主管、长春出版社主办;刊号：国际刊号：ISSN 1673-8918、国内刊号：CN22-1381/G4、邮发代号：12-53;职称论文发表期刊等级：省级旬刊。④、期刊名：现代职业教育;主管主办单位：山西省教育厅主管、山西教育教辅传媒集团主办;刊号：国际刊号：ISSN2096-0603 国内刊号：CN14-1381/G4 邮发代号：22-382;职称论文发表期刊等级：省级、G4高校职教专刊、这个期刊不收中小学稿件 旬刊。⑤、期刊名：课外语文;主管主办单位：辽宁出版集团主管，辽宁人民出版社主办;刊号：国内刊号：CN21-1479/G、国际刊号：ISSN1672-0490;职称论文发表期刊等级：省级半月刊。2.只有知网、维普、万方均可查的评职称期刊有：①、期刊名：建筑技术开发;主管主办单位：北京建工集团主管、主办;刊号：国内刊号：CN11-2178/TU、国际刊号：ISSN1001-523X、邮发代号：82-230;职称论文发表期刊等级：国家级半月刊。②、期刊名：云南化工;主管主办单位：云南省化工研究院、云天化集团有限责任公司、云南煤化工集团有限公司、云南省化学化工学会联合主办;刊号：国内刊号：CN 53-1087/TQ、国际刊号：ISSN 1004-275X、邮发代号：64-96：M4078;职称论文发表期刊等级：省级月刊。职称论文发表期刊③、期刊名：当代化工研究;主管主办单位：中国企业改革与发展研究会主管主办;刊号：国内刊号：CN23-1579/G8、国际刊号：ISSN1002-6177、邮发代号：80-329;职称论文发表期刊等级：国家级月刊。④、期刊名：江西建材;主管主办单位：江西省建材集团公司主管、江西省建筑材料工业科学研究设计院主办;刊号：国内刊号：CN36-1104/TU、国际刊号：ISSN1006-2890;职称论文发表期刊等级：省级半月刊。⑤、期刊名：工程经济;主管主办单位：中国建设银行主管、中国建设工程造价管理协会建行委员会主办;刊号：国内刊号：CN11-3104/F、国际刊号：ISSN1672-2442、邮发代号：2-905;职称论文发表期刊等级：国家级月刊。说完了中级职称需要几篇论文以后，咱们该说说职称论文发表期刊都有哪些了，一般目前国内要求的都是发表的论文必须往上可以查到，熊职称就给大家分分类：1.省级职称论文发表期刊有：①、期刊名：知识经济;主管主办单位：重庆市科协主管主办;刊号：国内刊号：CN 50-1058/F、国际刊号：ISSN 1007-3825;评职称期刊等级：省级半月刊。②、期刊名：现代工业经济和信息化;主管主办单位：山西省经济和信息化委员会主管，山西省经贸决策咨询中心、山西经济和信息化出版传媒中心主办;刊号：国内刊号：CN 14-1362/N 国际刊号：ISSN2095-0748;评职称期刊等级：省级半月刊。职称论文发表期刊分类③、期刊名：新商务周刊;主管主办单位：海峡出版发行集团有限责任公司主管;海峡书局出版社有限公司主办：国际刊号：国内刊号：CN35-1316/F、国际刊号：ISSN2095-4395、邮发代号：34-84;评职称期刊等级：省级半月刊。2.国家级职称论文发表期刊有：①、期刊名：财经界;主管主办单位：北京建工集团主管、主办;刊号：国内刊号：CN11-2178/TU、国际刊号：ISSN1001-523X、邮发代号：82-230;评职称期刊等级：国家级半月刊。②、期刊名：中国集体经济;主管主办单位：中华全国手工业合作总社和中国工业合作经济学会主办;刊号：国内刊号:CN11-3946/F、国际刊号：ISSN1008-1283;评职称期刊等级：国家级旬刊。③、期刊名：工程技术;主管主办单位：科技部西南信息中心主管、重庆维普资讯有限公司主办;刊号：国内刊号：CN50-9210/TB、国际刊号：ISSN1671-5586;评职称期刊等级：国家级电子刊月刊。④、期刊名：建筑学研究前沿;主管主办单位：中华人民共和国教育部主管、中华人民共和国建设部协办、高等教育出版社、东南大学主办;刊号：国际刊号：ISSN 0529-1079、国内刊号：CN 10-1024/TU、邮发代号：79-266;评职称期刊等级：国家级半月刊。

论文发表期刊级别分为T类，A类，B类,C类，D类，E类期刊。

T类：特种刊物论文，指在《SCIENCE》和《NATURE》两本期刊上发表的论文。

A类：权威的核心期刊，指的是国际通用的SCI、EI、ISTP、SSCI、A&HCI收录检索系统的论文(中国科学技术信息研究所检索为准)，或同一主题发表在国内中文核心期刊的权威，论文中不包含其他报告总结。

B类：重要核心刊物论文，指在国外核心期刊上刊登的论文(见《国外科技核心期刊手册》)或在国内同一学科的中文核心期刊中具有重要影响的刊物上发表的论文。

C类：一般核心刊物论文，指《全国中文核心期刊要目总览2017版》刊物上发表的论文。

D类：一般公开刊物论文，指在国内公开发行的刊物上(有期刊号"CN""ISSN" ，有邮发代号)发表的论文。

E类：受限公开刊物论文，指在国内公开发行的但受发行限制的刊物上(仅有期刊号、无邮发代号)发表的论文。

国内核心期刊和非核心期刊：

核心期刊分类：南大核心(又称CSSCI、C刊)，CSCD(中国科学引文数据库)，北大核心期刊，统计源期刊。

国内核心期刊权威度排行：南大核心>CSCD>中文核心>统计源核心。

论文发表被认可的刊物有：EI、 ssci 、sci

1、 SCI 《科学引文索引》收录自然科学方向的核心期刊，分为四个区，一区、二区期刊影响因子高，含金量也很高，发表国际核心论文比较受认可。

2、SSCI《社会科学引文索引》收录社会科学方向的核心期刊，也是分为四个区，是目前世界上可以用来对不同国家和地区的社会科学论文的数量进行统计分析的大型检索工具。

3、EI《工程索引》在全球的学术界、工程界、信息界中享有盛誉，是科技界共同认可的重要检索工具。收录的EI期刊和EI会议论文水平都是很高的，在知网数据库中，EI标识表示被工程索引(美)收录。

4、A&HCI艺术与人文科学引文索引，是艺术与人文科学方面重要的数据库，收录了很多核心期刊，发表论文含金量也很高。论文发表核心期刊往往指的就是上述几类刊物，除此之外还有其他几类常见刊物收录等级，比如：JST 《日本科学技术振兴机构数据库》，CA 《化学文摘》， РЖ，AJ 《文摘杂志》等，在知网数据库也常见到类似的标识，选择这类期刊安排论文，含金量还是很高的，更多详情也可以询问专业学术顾问。

有省级期刊，国家级期刊，核心期刊。省级期刊是由各省、自治区、直辖市的各部门、委办、厅、局、所，省级社会团体和机构以及各高等院校主办，在新闻出版部门有登记备案，国内外公开发行的学术期刊。私：六零16四八26四国家级期刊，即由党中央、国务院及所属各部门，或中国科学院、中国社会科学院、各民主党派和全国性人民团体主办的期刊及国家一级专业学会主办的会刊。