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大家好，本周给大家分享的是2022年最近发表在PNAS上关于 通过GWAS分析重症肌无力遗传风险位点的识别 相关的一篇文章。
文章题目： Identification of genetic risk loci and prioritization of genes and pathways for myasthenia gravis:a genome-wide association study (重症肌无力遗传风险位点的识别及基因和途径的优先排序：全基因组关联分析)
期刊： Proceedings of the National Academy of Sciences （PNAS）
影响因子： 2020_IF = 11.205; 中科大类: 综合性期刊 1区; 中科小类: 综合性期刊 1区; JCR分区: Q1
发文单位： 马里兰州贝塞斯达国家老龄研究所神经遗传学实验室神经肌肉疾病研究室和意大利都灵大学等14家单位。
摘要： 重症肌无力是一种慢性自身免疫性疾病，以自身抗体介导的神经肌肉接头信号传导干扰为特征。作者进行了一项全基因组关联分析（GWAS），涉及1873名被诊断为乙酰胆碱受体抗体阳性的重症肌无力患者和36370名健康人，以确定疾病相关的遗传风险位点。在英国生物银行的一个独立队列中尝试重复发现的基因座。作者还利用骨骼肌、全血和胫神经的表达数据进行了全转录组关联分析（TWAS），以测试疾病相关多态性对基因表达的影响。作者在编码乙酰胆碱受体亚单位的基因中发现了两种信号，乙酰胆碱受体亚单位是自身抗体最常见的抗原靶点：正常骨骼肌中胆碱能受体烟碱α1亚单位（ CHRNA1 ）基因内的GWAS信号和与胆碱能受体烟碱β1亚单位（ CHRNB1 ）基因的TWAS关联。在10p14和11q21上发现了另外两个基因座，并确认了先前在 PTPN22 、 HLA-DQA1/HLA-B 和 TNFRSF11A 上的关联信号。亚组分析表明，早发和晚发病例具有不同的遗传风险因素。遗传相关分析证实了重症肌无力与其他自身免疫性疾病之间的遗传联系，如甲状腺功能减退、类风湿关节炎、多发性硬化和1型糖尿病。最后，作者应用优先指数分析来确定潜在的可药物基因/蛋白质和途径。这项研究深入了解了重症肌无力的遗传结构，并证明编码乙酰胆碱受体亚单位的基因座内的遗传因素会导致其发病。
本研究中作者进行了一项全基因组关联研究（GWAS）和一项全转录组关联研究（TWAS），以确定与疾病病因学有关的遗传风险和候选基因（图1）。这项工作将样本量进行扩大，增加了检测与重症肌无力相关的遗传风险因素的能力。然后，作者利用遗传数据来识别与重症肌无力相关的疾病，并对可能成为疾病修饰治疗目标的基因和途径进行优先排序。
图1. 分析流程。流程图概述了本研究中进行的分析。
作者对1873例重症肌无力患者和36370名健康人进行GWAS分析。作者重点关注了乙酰胆碱受体抗体阳性病例，因为这些抗体在～90%的全身性重症肌无力患者中发现。除了先前报道的PTPN22、HLA-DQA1/HLA-B和TNFRSF11A中的信号外，作者还观察到染色体2q31.1、10p14和11q21上的关联信号（图2A）。由于已知重症肌无力存在年龄依赖性遗传异质性，作者分别对早发病例和晚发病例进行GWAS分析。和之前对重症肌无力进行的GWAS研究一样，作者发现这些人群的遗传结构存在明显差异（图2 B和C）。
图2. 重症肌无力的GWAS。顶部（A）、中部（B）和底部（C）面板分别显示了整个队列（n=1873例重症肌无力病例和36370名健康个体）、早发病例队列（n=595例病例和2718名对照者）和晚发病例队列（n=1278例病例和33652名对照者）的GWAS结果。
接着作者对重症肌无力进行TWAS分析以确定与疾病发病机制相关的其他基因。这种分析方法将基因型和表达量与表型性状相关联，以确定与该性状相关的基因表达的顺式遗传成分。该方法确定了六个基因，它们的差异表达与组织间重症肌无力风险显著相关（图3）。
图3. 重症肌无力的TWAS。
最后作者使用优先级指数方法进行了靶点优先级分析，以深入了解重症肌无力的相关途径，并确定潜在的药物靶点。该分析将来自GWAS的遗传信息与功能基因组数据和免疫相关注释数据相结合，以指定最相关的基因（图4A）。对优先级指数得分最高的前1%基因的富集分析确定了一组与适应性免疫反应、免疫系统中的细胞因子信号和受体酪氨酸激酶信号有关的富集途径（图4B）。
图4. 基于优先级指数和药物可用量的重症肌无力免疫靶点的优先级。（A）基于使用优先指数生成的基因预测矩阵的常染色体基因的评分。（B）富集分析显示了免疫和信号转导模块中的优先目标路径。
总之该研究涉及1873名患者和36370名健康个体，是一项广泛的重症肌无力全基因组关联研究。通过GWAS和TWAS确定了编码乙酰胆碱受体亚单位的两个信号，即 CHRNA1 和 CHRNB1 ，识别这些基因证实了利用遗传学来识别作为自身抗体抗原靶标的蛋白质的潜在效用。该研究为重症肌无力病理生理学的遗传结构提供了更广泛的见解。
文中所有图片均来自 Identification of genetic risk loci and prioritization of genes and pathways for myasthenia gravis: a genome-wide association study
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参考文献：
Chia R, Saez-Atienzar S, Murphy N, et al. Identification of genetic risk loci and prioritization of genes and pathways for myasthenia gravis: a genome-wide association study[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2022, 119(5).
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人类基因体解码计划历时十年，耗资30亿美金，赐因于自动化基因定序技术的出现及超级电脑的强大运算效能，终于在2000年宣告人类基因体解码完成。前美国总统柯林顿有感而发地说道：「解读人类基因体的工作，『让我们得知上帝创造生命的语言』」。人类基因体解码计划首席科学顾问陈奕雄(EllsonChen)博士，完成人类基因体解码的神圣使命后，于2001年返台成立亚洲第一大民间基因体研发单位「赛亚基因(VitaGenomics)」。
赛亚基因 X 台湾基康 联手打造个人化基因检测服务品牌
赛亚基因实验室成立于2001年3月，以人类基因组为研发重点，致力疾病与单一核甘酸多型性(SingleNucleotidePolymorphi *** ，SNP)的关联研究，从事药物基因组学(Pharmacogenomics)研究与临床应用开发，历年来已完成多项药物疗效与基因关联性分析检测产品及疾病基因功能研究成果，拥有台北、上海两座国际标准认证实验室(TAFISO17025)，基因分析准确性高达99.9%以上，出具之实验与检验数据通行于五大洲38个先进国家。更与亚洲各大研究中心与医疗单位建立了密切合作网络，累积丰富的亚洲基因体研发资源，不仅整合完成尖端的基因体研究核心技术平台，并建立了药物开发不同阶段的完整药物基因组临床研究服务经验，是欧美生技公司与跨国大药厂亚洲区域药物基因体研发合作伙伴。在基因解码计划首席顾问科学家陈奕雄博士的带领下，赛亚基因已经建立了世界唯一的华人基因体资讯中心，并开发出全球第一片华人专属「全基因谱扫瞄晶片」，挑选出华人族群中带有的特殊基因变异，找出这些基因变异所代表的意涵，进一步应用在基因分子诊断与个人化基因检测的开发。
赛亚基因实验室累积丰富的研发实力及智慧财产，提出十三项专利申请，已获得美、中、台五项专利，国外论文期刊发表累计超过60篇，拥有深厚的科学理论基础与研发能量。赛亚基因于2006年，分别荣获经济部「第14届经济部产业科技发展奖」优等创新企业奖与中华民国杰出企业管理人协会，「中华民国年度十大潜力金炬奖」年度十大潜力企业。2006年荣获新加坡知名生技杂志BioSpectrum评选为亚洲十大影响力之生命科学公司与2010年亚太最具爆发力生技公司，更是台湾生技业唯一入选。
2010年8月更进一步与台北医学大学附设医院进行临床基因体分析之研究与实务合作，和血液肿瘤科 邱仲峰副院长医疗团队共同于院内的癌症医院大楼设立全台湾第一个「基因定序中心」，为临床医师与癌症患者在使用化学治疗与标靶治疗药物时，提供个人化基因体质资讯选择最有效、副作用最低之精准用药疗程，迄今已有超过百位以上的癌症病友受惠。.
2005年 TAF:ISO 17025 分子实验室认证 台湾第一家民间认证实验室.
赛亚基因针对华人族群特有的基因变异，汇整了十多年所累积的亚洲华人基因资料库资讯，近二年来与台湾基康合作，成功开发了一系列的个人化基因检测套组，只需采集少量的口腔黏膜细胞进行DNA基因分析，即可分析出包括癌症、心脑血管疾病、第二类型糖尿病、阿兹海默症(老年失智)、帕金森氏症等多项重大疾病风险，让受检者及早做好健康管理避免疾病的发生。.
赛亚基因与台湾基康共同开发的「个人化基因检测」套组服务
个人化基因检测的目的是让我们了解自身基因风险体质，在成为「亚健康族群」之前，让我[们针对高风险疾病做及早预防与规划健康管理策略，长保青春健康的状态，不仅活得久也活得有品质；个人化基因检测已经是预防医学不可或缺的重要关键，国内大型医疗健检单位都已经陆续将健康照护搭配基因检测，让专业医师根据客户的先天体质量身打造规划专属之健康管理策略，逐步实现「个人化医疗」的理想。
sanger测序是目前所有基因检测的国际金标准。sanger测序是指被检测的DNA碱基顺序依次读出800bp以上，是一代所有测序和新一代所有测序的金标准。sanger测序之所以是目前基因检测的国际金标准，是因为sanger测序原理非常科学，过程非常缜密，结果真实可视，准确率非常高，达到99.999%。不需要建库，属于直接测序，直接读取结果，连续读取数据（不是一个点），不需要推导结论，过程明朗数据支撑充分。这项技术是虽然经过了38年，但应用仍然广泛，还是测序的主力军，好多检测其他方法不能替代，她金标准的地位几十年内很难替代。Sanger测序一般医院很少开展，开展的都是发给公司做。耗时长达 13年之久的人类基因组计划也是依靠Sanger测序法才得以最终完成的。Sanger 测序是针对已知致病基因的突变位点设计引物，进行PCR 扩增直接测序。想要了解更多有关基因检测标准的相关信息，推荐咨询海普洛斯。海普洛斯是全球第二大基因测序中心。引进全球最先进的Illumina NovaSeq6000、HiSeq X Ten、NextSeq500/550系列测序平台和数字PCR平台，倾力打造全球第二大基因测序中心HGC。创始人兼CEO许明炎博士与导师全球基因测序先驱Jeremy S. Edwards共同带领中美两大研发中心，五大实验室布局全球，提供最前沿的技术支持。【● 没病有必要做基因检测吗？过来人有话说......】
随着人们对基因检测了解的不断加深,越来越多的人开始进行基因检测。不过人们逐渐发现，现代基因检测的取样十分简便，仅仅需要一点唾液就能进行检测，不少人怀疑这种检测是否靠谱。下面就给大家介绍一下。
白领小袁和男朋友李先生花费1947元购买了一款基因检测产品。通过唾液即可检测。按照说明，他们需要收集早晨第一口口水，然后装入唾液收集器寄回到商家。4月17日他们收到了短信，说基因检测已经出来了结果。但是结果让人啼笑皆非，与本人差异非常大”。专家表示，消费级的基因检测，目前达到的水平还不太可能用于预测孩子天赋才智等，科学研究都才刚起步，二者之间相关性的研究数据还不足够支撑统计学上的因果关系。
从网上下单、支付，两天内收到采样盒，完成唾液采集，邮寄到基因检测公司。一个月内，你将得到一份祖源分析报告。在报告中，可以看到你的血统构成，甚至还可以看到你的家族或祖先的迁徙演化过程。
曾经动辄几千甚至过万的基因检测，现在已经开始普及惠民。大多数消费级基因检测公司（DTC）的服务费已经降至 499 元，且仅国内就有 200 多家基因检测机构。
美国科学院院士、“科学怪才”克雷格·文特尔本周在《美国国家科学院院刊》（PNAS）发表论文称消费级的基因检测极有可能存在隐私风险。
一旦检测机构获取了你的 DNA 序列，通过机器学习算法，就可以反推知道该 DNA 序列的拥有者的肤色、瞳孔，甚至声音。
2014年，国家卫生计生委与国家食药监总局（CFDA）联合叫停基因检测服务。在美国，联邦政府唯一认可的消费级基因检测公司也只有 23andMe 一家。因此，大多数基因检测公司的业务其实处在灰色地带。
23andMe 与药企合作，根据海量消费者的基因数据进行疾病基础研究时，做出保证，消费者的基因信息都是匿名化的，不会泄露隐私。
然而这些承诺都是虚假且不可靠的，他呼吁更全面的措施来监管基因检测中的个人隐私问题。尽管自己作为联合创始人的公司“人类长寿公司”也涉及基因测序业务，收集大量基因组数据。
他们搜集了 1,061 个样本进行训练，建立起基因信息和面部特征、声音等的关系，并搭建了模型来预测 DNA 背后的三维面部结构、年龄、身高、体重、肤色、瞳孔颜色和声音。
研究人员选取了 10 位来自不同种族的志愿者的图像和基因信息，并打乱，然后让计算机进行配对。结果显示，计算机的配对正确率是 80%。但如果测试对象是来自同一个种族，比如欧洲裔或非洲裔，配对的正确率会有所下降，为 50%。
研究人员表示，目前算法还仅基于千余个样本的训练，随着样本的增加，准确率会得到改善。
美国 DNA 检测公司首席科学家、哥伦比亚大学计算机学助理教授毫不客气地质疑该论文的“主要错误”，认为其实际上并没有利用全基因组信息中的标记物来识别身份，他们只是根据人口统计学上的平均值来进行了预测。
虽然基于算法的推测尚无定论，然而人类基因里包含大量隐私信息却是不争的事实，一旦基因隐私得不到保障，消费者将获得比电话号码泄露更加可怕的后果。
5分以上的杂志：
control release、Adv Drug Deliv Rev 、Annu Rev Pharmacol Toxicol 、Nature Communications
Elife——国人文章作者一般为国内科研大牛或科研团队，国人发文占比约6%
Elife是一本起点很高的综合期刊，旨在向读者提供最前沿的生命科学和生物科技研究。从该期刊最新文章进行分析来看，其收录范围非常广，有关生命科学和生物医学的论著和综述均可投稿。但注意这本期刊严谨而又大胆创新的编辑共同审稿模式，不仅缩短了审稿周期，也对稿件质量把控得更加严格。据说投稿到该期刊超过2/3的文章都会在外审前被编辑退稿。
基因组学和应用生物学是一种复杂的科学，因此编辑们希望投稿者能够提供详细而完整的答案，以便他们能够准确地评估投稿者的知识水平。因此，编辑们要求投稿者提供最少200字最多500字的回答，并且要求回答完整，不要出现重复。
据我所知这个杂志是北大核心期刊，审稿时间一般为一两个月，该杂志接受邮箱投稿，如果没录用会邮件通知的。附图为这个杂志知网版权页照片，有投稿邮箱和联系方式。
基因组学与应用生物学投稿为什么都是编辑回复答案如下:因为基因组学与应用生物学投稿都是编辑回复，中午时分，太阳把树叶都晒得卷缩起来。
国内主要检验医学杂志：（中华检验、中华微免、临床检验是CSCD）•中华检验医学杂志•中华微生物学与免疫学杂志•临床检验杂志•检验医学•中国实验诊断学•诊断学理论与实践•国际检验医学杂志•现代检验医学杂志•实验与检验医学•检验医学与临床•临床输血与检验•放射免疫学杂志国外主要检验医学杂志：•ClinicalChemistry （CC：稳坐检验医学头把交椅）•ClinicalChemistry and Laboratory Medicine •ClinicalBiochemistry •ClinicaChimicaActa•Annalsof Clinical Biochemistry •InternationalJournal of Laboratory Hematology•Journalof Clinical Microbiology•Archivesof Pathology and Laboratory Medicine•TheJournal of Molecular Diagnostics•AmericanJournal of Clinical Pathology
个人觉的发国家级期刊好一些，高级职称不要求发核心的话，发国家级期刊，中国卫生产业，中外医疗，中国医药指南，都不错
Clin Chem 7.292 Crit Rew Clin Lab Sci 4.677 Advan Clin Chem 3.367 Clin Chem Lab Med 3.595 Clin Biochem 2.573 Arch Pathol Lab Med 4.094 Clin Chim Acta 2.615 Biochem Medica 2.114 Clin Lab Med 2.598 Ann Lab Med 2.803 Int J Lab Hematol 2.141 Ann Clin Biochem 2.044 J Clin Lab Anal 1.504 Scand J Clin Lab Invest 1.475 Lab Med 1.084 J Med Biochem 暂无 Clin Lab 0.940 Ann Clin Lab sci 0.927 国内杂志： 中华检验医学杂志（中文核心） 中华微生物和免疫学杂志 临床检验杂志（科技核心） 检验医学（科技核心） 医学检验与临床 现代检验医学杂志 实验与检验医学 临床输血与检验（科技核心） 分子诊断与治疗杂志（科技核心） 中国实验诊断学（科技核心） 中华实用诊断与治疗杂志（科技核心） 诊断学理论与实践（科技核心） 中国实验血液学杂志（科技核心） 中国免疫学杂志 微生物学免疫学进展 实用检验医师杂志
二代高通量测序技术已广泛应用于疾病和癌症的研究，但由于其短读长的特点，对结构变异的检测有一定的局限性。以Pacbio和ONT为代表的三代长读长测序技术弥补了这一不足，但因成本相对较高限制了其广泛应用。三代目标区域测序技术，不仅保留了长读长的测序优势，又可以针对感兴趣的基因或区域以更高的性价比进行高深度测序研究。目前，三代目标区域测序技术已被应用于疾病或癌症领域HLA、STR、融合基因、甲基化检测等研究中。目标区域富集的方法主要有三类：长片段PCR扩增、CRISPR/Cas9靶向捕获和液相探针捕获。下面为大家进行一一介绍。 长片段PCR扩增因其引物设计成本低，实验流程规范，是基因组靶向富集常用的方法之一。但PCR过程中容易产生嵌合体、出现参考比对偏差[1]，此外，基因组的复杂区域和高GC区域往往会影响PCR扩增效果，制约了其应用范围。长片段PCR扩增一般适用于非复杂区域变异检测研究。 Long-Read Nanopore Sequencing Validated for Human Leukocyte Antigen Class I Typing in Routine Diagnostics[2] 发表期刊：The Journal of Molecular Diagnostics（IF:5.561） 发表时间：2020年7月 人类白细胞抗原(HLA)的高分辨率分析是确定造血干细胞移植患者和供者相容性的金标准。Nanopore长读长测序能够直接跨越HLA区域，提供明确分型，但碱基的高错误率限制了其应用。该文章中第一阶段，选择已知HLA分型的33例样本，针对HLA I类基因 HLA-A 、 HLA-B 、 HLA-C 进行了特定基因全长扩增（扩增引物见表1），使用MinION 1D2建库试剂盒（SQK-LSK308）建库，MinION测序，使用2种HLA分析软件JSI和GenDx进行HLA分型分析，结果表明其分型结果与前期Sanger测序分型结果100%一致（表2），MinINO测序和分析流程图见图1。为了进一步验证该方法，第二阶段选择了67例临床样本进行MinION测序分析，与Sanger测序数据分析结果一致，该结果进一步表明了纳米孔测序技术已经发展到可以用于常规诊断并具有较高的准确性。 表1 扩增引物 表2 33例样本MinION分型结果和Sanger分型结果对比（仅展示前3行） Cas9靶向捕获技术，首先将DNA末端去磷酸化，然后用Cas9/guideRNA复合物引入新的切口，将测序接头特异性连接到剪切区域，从而达到靶向测序的效果。该技术无PCR扩增环节，可以同时进行结构变异、STR及碱基修饰鉴定等研究。 Targeted Nanopore Sequencing with Cas9-guided Adapter Ligation[3] 发表期刊：Naute Biotechnology（IF:54.9） 发表时间：2020年4月 目前的测序方法仍然受到无法检测碱基修饰，读长过短，核酸总量要求高，产量过低或实验流程过长等限制。该文章中作者开发了一种基于Cas9靶向捕获的纳米孔序列方法（nanopore Cas9-targeted sequencing，nCATS），该方法使用基于CRISPR–Cas9的靶向DNA捕获策略（图2A），将捕获的DNA进行纳米孔长读长测序。该文章表明nCATS技术可以同时进行SNP，SV，单体型和CpG甲基化鉴定。文章中研究发现多种guideRNAs组合可将 KRT19 基因的覆盖率从47X提高到407X（图2B），MinION整个cell的覆盖率中位数提升到680X（图2C）。文章中将nCATS方法在GM12878细胞系上检测的SNV与白金数据集进行比较，验证了双链数据过滤后SNP检测的准确性，结果显示只有一个假阳性位点存在于胸腺嘧啶密集的均聚物区域。将nCATS甲基化数据与WGBS数据进行了比较，结果显示每个CpG相关性为0.81。该方法将促进长读长测序技术在医学研究和临床中的应用。 针对感兴趣的基因或区域定制特异性探针，通过探针与基因组DNA进行杂交，将目标区域片段捕获富集后进行测序分析研究。但该技术由于建库环节中存在PCR扩增环节，会丢失碱基修饰信息，且需要额外考虑定制探针的周期。 Efficient Sequencing, Assembly, and Annotation of Human KIR Haplotypes[4] 发表期刊：Frontiers in Immunology（7.561） 发表时间：2020年10月 天然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)区域具有高度同源性、重组率、多态性及重复序列等特点，利用二代高通量测序不能得到完整的单倍型信息。文章中提出了一种自主设计探针捕获目标区域，利用长读长测序来组装人类二倍体 KIR 单倍型的新方法。该方法设计了18个捕获探针来捕获 KIR 区间长度为2-8kb的DNA片段。采用PacBio Sequel平台CCS模式进行测序，使用Canu软件进行组装，按照 KIR 基因划分区域，基于每个基因和 KIR 全长进行组装，最后注释序列的位置信息。为了评估该流程的可靠性，作者对16个样本（单倍型信息已知）进行组装和注释评估。组装结果表明，仅使用18个探针对 KIR 区域进行捕获，就覆盖了参考基因组的97%，序列一致性为99.97%。该研究所提出的靶向探针捕获测序方法是第一个对人类所有 KIR 二倍体进行完整测序和组装的方法，可以有效地应用于人群规模研究和临床研究中。 综上，三代目标区域测序技术有PCR扩增，Cas9靶向捕获和探针液相捕获三类靶向富集方法，其优劣势总结如下（表3），可结合具体研究需求进行选择。 表3不同目标区域捕获方法比较汇总 参考文献 [1]Laver TW, Caswell RC, Moore KA,et al.Pitfalls of haplotype phasing from amplicon-based long-read sequencing[J]. Scientific Reports. 2016;17(6):21746. [2]Matern BM, Olieslagers TI, Groeneweg M, et al. Long-Read Nanopore Sequencing Validated for Human Leukocyte Antigen Class I Typing in Routine Diagnostics[J].The Journal of Molecular Diagnostics. 2020 ;22(7):912-919. [3]Gilpatrick T, Lee I, Graham JE, et al. Targeted nanopore sequencing with Cas9-guided adapter ligation[J]. Naute Biotechnology. 2020;38(4):433-438. [4]Roe D, Williams J, Ivery K, et al. Efficient Sequencing, Assembly, and Annotation of Human KIR Haplotypes[J]. Frontiers in Immunology . 2020;9(11):582927.
光从基因表达谱找有异常表达的基因也不全面。做出来的基因表达谱往往有很多基因存在差异，有的可能是一些下游的免疫生物学反应，有的可能是误差或个体差异（尤其是做的数量少时），剩下的可能才有加以考虑的价值。 另外，有时疾病易感基因本身表达并无改变，而是通过调控其它基因发挥作用。所以，致病基因的寻找应从多种途径着手。 一孔之见，如有谬误之处，请大家指教。 多谢verygood 兄，我的第一步可能只能做到表达谱的改变这一层次，如果有机会做下去的话，如你所言，应该从各种途径全面考虑。我现在的想法是以表达谱基因芯片技术为核心方法，做出患者和正常人小梁细胞基因表达谱的差异的总体信息，如maxon和你所说，这样可能找到新的致病相关基因，也可能不行，我想着起码是一个方面吧（不知对不对）。 我目前所能考虑的是如何组织自己的思路，来吧这个工作做好。还有几个问题请教： 1.基因文库的建立方法中，比如有一篇文章中选了1118个基因进行研究，通过BLAST，分成了已知基因、已知序列、未知基因等几类，我不明白他们是如何从基因文库（提取细胞全mRNA逆转录来的)中选定的?(还是从别的地方查到的?)，我理解好像是直接测序，请问是如何从基因文库中找出（分离）这些基因一一测序的？ 2.如何使用BLAST？比如同一文章中所说的已经测定出的1118个小梁细胞的表达谱基因序列我如何能查到？能给我讲解一下吗？太感谢了 有没有注意到一个问题,基因芯片只能检测已知的基因或序列,对于那些未知的则无能为力,一孔之见. Andrew说得不错，不过芯片中的基因数也在随对基因研究的深入而在不断增加。对普通的研究来说，主要的已知通路基本已能包括。 多谢指教。有能回答我上面几个问题的吗？我还是有些不明白，看了一天资料也没有明白。 请问：如果我用一个正常群体的基因表达谱cDNA定做了一个芯片（含已知的1118个基因），在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达，其原因是什么呢？是真的没有表达还是别的？ 多谢多谢 样本是否一致？比如血细胞，其细胞亚群是否有可比性？ 有对照吗？ 样本是随机样本，小梁细胞是均一的内皮细胞。至于对照，你指的是阴性对照、阳性对照还是转录的内对照？ 小弟所知甚少，低级错误也可能犯，请多多指教。 除去实验和DNA芯片误差外，在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达，需要用RT-PCR进行验证。其表达的下调或不表达，可能是受到其上游基因的调控，也可能是基因本身结构有改变，如无义突变可检测到表达的下降。对这些经RT-PCR证实后，应该进行测序，察看这些基因是否有结构的异常。 在天天站长和各位战友的帮助下，我对现在所申请的课题从无知到略懂，终于完成了自然科学基金申请书的写作，在明天，我们的这份凝结着大家的汗水和智慧的申请书就要送出去之前，对各位这几天来的帮助表示诚挚的感谢，尽管这是我第一次写这样的申请，尽管几乎没有中的可能，我还是觉得自己学到了很多东西，也结识了很多好朋友，真诚的感谢给了我这个机会！ 我把这份申请的正文部分放在了附件里了，希望感兴趣的朋友可以看一下，提一些宝贵意见，因为我认为这样的一个课题还是很值得去做的，尽管我们可能没有这个机会和能力去做。 再次感谢大家啦！ 88411-.doc (76.5k) 恭祝申请成功！！ 谢谢天天站长的指教，谢谢各位战友。 近日科研基金开始申报，老板急命申请课题。由于对基础刚刚接触，故请教站长以及各位战友。 1目前收集到一少见的单基因病（癫痫方面），在国内未见临床和基础报道。临床工作，包括留取血样已经完成。 2本病自从98年以来，致病基因得到了定位和克隆，但存在遗传异质性，相同的致病基因的突变位点也不相同。多篇文章发表在nature genetic等权威杂志上。最新的研究显示，仍有其他未知的致病基因。 3合作实验室，有曾经成功的定位和克隆了一例致病基因的经验。 我们申请的目的是致病基因的定位和克隆，并有望发现新的致病基因。 想请教各位： 1在目前仅仅掌握临床资料的情况下，能否提出申请？ 2还需要做那一方面的工作？ 2如果可以，可能申请失败的原因是什麽? 谢谢各位，急切盼望指教！谢谢 如果是单基因疾病，那要看你收集的家系怎么样了。另一个问题主要是你的临床诊断正确与否。我不是临床的，这个临床诊断事关重大，如果有些是诊断错误或分型有误的，很有可能导致无法discover disease gene 单基因疾病这方面的技术策略已经很成熟，有很多文献可以参考。国内也有多家研究机构在做。 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析，还是用SNP分析？ 各位大侠，我最近在做一个X染色体连锁遗传家系的疾病相关基因的定位，现在已用两个位点的MARKER(STR)做了基因组扫描，但是在连锁分析时遇到了困难，我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想请教各位在进行连锁分析时，性连锁与常染色体连锁遗传参数设置有何不同？急盼各位予以赐教，不胜感激！ 答无事转转 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析，还是用SNP分析？ RFLP是最早期的遗传标记(第一代)，随着遗传学的发展和测序片段的不断增多，已出现了第二代、第三代遗传标记。RFLP通过酶切作用进行分析，操作简单，花费不多，但特异性差，有被淘汰的趋势；SNP定位明确，相对花费较大，对其分析可以通过测序、小测序(Snapshot)、荧光探针、SNP芯片等方法。 具体行RFLP分析，还是用SNP分析看你的研究目标和经济实力。 请教verygood，能否介绍一下小测序（snapshot）？ 我最近想检测某基因与疾病的关系，外显子较多（20），在其他疾病中已有突变热点（9、11、13、17exon），但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗？ coldant wrote: 请教verygood，能否介绍一下小测序（snapshot）？ 我最近想检测某基因与疾病的关系，外显子较多（20），在其他疾病中已有突变热点（9、11、13、17exon），但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗？ Snapshot为小测序反应，其原理简单地说是首先扩增包含SNP在内的一段DNA模板，再对PCR产物进行纯化，加入带有不同荧光的ddNTP和中间探针（所谓中间探针即SNP前20个bp左右寡核苷酸序列，探针与ddNTP按照模板序列结合，因为是ddNTP，其后不能再延伸，而结合的ddNTP反应的就是SNP情况），再纯化一下进行电泳，根据不同的荧光可以判断相应SNP基因型。 该方法适用于对已知SNP等位基因型进行确认，对探针要求不高；但操作步骤多，大规模应用较为困难（采用基于毛细管的测序方法，如ABI3100测序仪系列时，相对工作量小些）。 检测某基因与疾病的关系，外显子较多（20），在其他疾病中已有突变热点（9、11、13、17exon），建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短，也可以直接测序，因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。 Good luck 谢谢verygood：） 最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟，但是老板说要有新意，同学给出了个这样的主意。 目前已经提取DNA，进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序，我已经确定了突变位点，片段在300bp左右，是否可以全部测序？ 另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明？这方面的资料在哪里有介绍？我还是新手：（ 无事转转 wrote: 谢谢verygood：） 最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟，但是老板说要有新意，同学给出了个这样的主意。 目前已经提取DNA，进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序，我已经确定了突变位点，片段在300bp左右，是否可以全部测序？ 另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明？这方面的资料在哪里有介绍？我还是新手：（ 如果只是300bp，且标本不多的话，还是直接测序好，因为不仅可以明确已知的SNP基因型，还可能顺带发现一些文献未报道过的，这也就是说所有标本都要测序。 如果只想对已知的那些SNP进行基因分型，你可以采用SNAPSHOT方法，当然亦可以用RFLP，只是特异性差些，所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关，可能切到染色体其他区域。 这方面到没有一定的资料，我们也是做过以后才逐渐理解的，具体采用何种技术还是因地制宜吧。 verygood wrote 检测某基因与疾病的关系，外显子较多（20），在其他疾病中已有突变热点（9、11、13、17exon），建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短，也可以直接测序，因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。 谢谢verygood老师。我研究的基因编码区2930bp，mRNA5084bp，基因全长80kb。本打算直接测序，但病人组18例（石蜡），对照组20例（外周血DNA行吗？），费用可能要6万！！！，所以现在想改成PCR-SSCP加异常条带测序，您看行吗？ verygood wrote: 如果只是300bp，且标本不多的话，还是直接测序好，因为不仅可以明确已知的SNP基因型，还可能顺带发现一些文献未报道过的，这也就是说所有标本都要测序。 如果只想对已知的那些SNP进行基因分型，你可以采用SNAPSHOT方法，当然亦可以用RFLP，只是特异性差些，所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关，可能切到染色体其他区域。 这方面到没有一定的资料，我们也是做过以后才逐渐理解的，具体采用何种技术还是因地制宜吧。 测序以后的结果要分析突变有什么软件检测呢？另外的统计学分析是不是有专门的生物统计学书有相关的介绍？还是就是普通的统计就可以了？ To coldant ： 对于初步研究，您的方法应该可行。 To 无事转转： 测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛，可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎，应扩大样本再进行分型研究。 作疾病相关研究，你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200，国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足，你不可能作测序，你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关，说明这个基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相关，就算没有相关，通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析（就是玩数字游戏），一般总能发文章的。 寻找疾病相关基因的SNP，目前主要是直接测序（外周血抽提的DNA，而不是组织），通过对比病人和正常人（无该疾病的人）该基因序列，搜寻SNP。verygood所说的blast，实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1，使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内，再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补，如此，若病人在此位点突变，将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样，在一个PCR反应中同时放入这2对引物，就可以得到4个片段（在设计引物时，必须使得这4个片段的长度不同，以便电泳时区别），而含有目标SNP的个体，则只有3个片段，通过电泳，就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 maxon wrote: 寻找疾病相关基因的SNP，目前主要是直接测序（外周血抽提的DNA，而不是组织），通过对比病人和正常人（无该疾病的人）该基因序列，搜寻SNP。verygood所说的blast，实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1，使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内，再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补，如此，若病人在此位点突变，将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样，在一个PCR反应中同时放入这2对引物，就可以得到4个片段（在设计引物时，必须使得这4个片段的长度不同，以便电泳时区别），而含有目标SNP的个体，则只有3个片段，通过电泳，就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 呵呵，我指的是借用blast来方便序列的比对，当然applied biosystems有更好的软件，不过您如未购买相应仪器则很难获得。 至于标本量的多少，确实是越多越好。对于相对危险度为2的致病位点来说，case-control各1000例检测效能才能达到100%，病例数减少则检测效能也随之降低。但对于初步研究，还不清楚该位点是否有研究疾病有关就大规模投入，有可能颗粒无收。 供参考。 今天基康公司建议我直接测序，把样本4个一组形成一个“pool？”来测，节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP，然后用公司的TAG MAN（一种新技术）大规模检测SNP，但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。 请大侠看看这样好吗？如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗？ 先谢谢了。 maxon wrote: 寻找疾病相关基因的SNP，目前主要是直接测序（外周血抽提的DNA，而不是组织），通过对比病人和正常人（无该疾病的人）该基因序列，搜寻SNP。verygood所说的blast，实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1，使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内，再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补，如此，若病人在此位点突变，将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样，在一个PCR反应中同时放入这2对引物，就可以得到4个片段（在设计引物时，必须使得这4个片段的长度不同，以便电泳时区别），而含有目标SNP的个体，则只有3个片段，通过电泳，就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 呵呵，谢谢了。我在相关文献上看到的是设计2个引物（突变和未突变的），另外反义引物相同。正常对照组设计的引物很象你所谈到的PROMER2。我就纳闷为什么这样做？ verygood wrote: To 无事转转： 测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛，可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎，应扩大样本再进行分型研究。 确定是不可能做出结论，只是提出个展望。测序以后可以用SEQUENCEMAN软件分析，但是后面我想加个RFLP，按照相关文献报道来进行。这样分析起来好象就有更多的数据支持。 coldant wrote: 今天基康公司建议我直接测序，把样本4个一组形成一个“pool？”来测，节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP，然后用公司的TAG MAN（一种新技术）大规模检测SNP，但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。 请大侠看看这样好吗？如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗？ 先谢谢了。 呵呵，你也是在基康做吗？他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议？：） maxon wrote: 作疾病相关研究，你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200，国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足，你不可能作测序，你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关，说明这个基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相关，就算没有相关，通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析（就是玩数字游戏），一般总能发文章的。 5555555，可是我收集不到这么多的病例呀，经费也有限。 您说的直接做已知位点是什么方法啊？另外您有看过《生物学统计》这样的书吗？听说参照它就可以进行相关的分析了。上海哪个图书馆或是书店有呀？ 具体什么方法我忘了。统计学主要就是T检验和X2 多态性分析方法有两大类： 其一，基于家系分析，主要采用连锁不平衡方法。 其二，基于case-control，如maxon所言，主要就是T检验和X2 。但是应注意control是否能代表所抽样的群体。因抽样错误而导致的假阳性结果在早期文献中比比皆是，这已逐渐引起大家的关注。 无事转转wrote： 呵呵，你也是在基康做吗？他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议？：） 看样子无事转转做的工作与我的很相似，可以多多交流！ 基康公司建议：病人与对照各25例（病人只收集到25例），4例一组形成一个“pool”，PCR扩增所以外显子，直接测序。（节省费用） 申能公司建议：对每个病人进行扩增，直接测序，与genbank比较（不设对照组，费用18000元/10例） 北京鼎国公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例） 请verygood，maxon，无事转转等战友们参谋参谋，哪个可行？ 申请斑竹们帮助。 coldant wrote: 看样子无事转转做的工作与我的很相似，可以多多交流！ 基康公司建议：病人与对照各25例（病人只收集到25例），4例一组形成一个“pool”，PCR扩增所以外显子，直接测序。（节省费用） 申能公司建议：对每个病人进行扩增，直接测序，与genbank比较（不设对照组，费用18000元/10例） 北京鼎国公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例） 请verygood，maxon，无事转转等战友们参谋参谋，哪个可行？ 申请斑竹们帮助。 我病例30，对照12。人家的建议是直接测序。我想测序以后再做个RFLP，因为是要写论文，所以内容不可以少。
刘岩，王国英，刘俊君，彭学贤，谢友菊，戴景瑞，郭世伟，张福锁1998大肠杆菌gutD基因转入玉米及耐盐转基因植物的获得 中国科学（C辑） 28（6）：542-547周逢勇，戴景瑞，王国英，谢友菊，崔洪志，郭三堆 1998玉米自交系P9-10遗传转化体系的构建 科学通报 43（23）：2517-2520张宏，戴景瑞 1998 玉米原生质体培养及可育植株的再生 作物学报 24（4）：497-502戴景瑞 1998 中国玉米生产发展的前景及对策 作物杂志 5：6-11吴敏生，戴景瑞 1998 扩增片段长度多态性（AFLP）—一种新的分子标记技术 植物学通报15（4）：68-74戴景瑞 1998 发展玉米育种科学迎接21世纪的挑战 作物杂志6：1-4吴敏生，戴景瑞，王守才 1998玉米优良自交系优势群划分的初步研究中国农业大学学报3（5）：97-100曹永国，戴景瑞 1998玉米F2群体中偏分离RFLP标记在染色体上的分布及原因分析中国农业大学学报 3（增刊）：1-5吴敏生，王守才，戴景瑞 指纹图谱技术在品种鉴定和纯度分析上的应用农业生物技术学报 6（1）：51-56王志民，戴景瑞 1998 植物RFLP连锁图谱构建 生命科学研究进展 1：141-145曹永国，王国英，王守才，魏艳玲，卢江，谢友菊，戴景瑞 1999玉米RFLP遗传图谱的构建及矮生基因定位 科学通报 44（20）：2178-2181吴敏生，戴景瑞，王守才 1999 RAPD分子标记与玉米杂种产量优势预测的研究 遗传学报 26（5）：578-584王守才，王国英，丁群星，张宏,谢友菊，戴景瑞 1999转基因在玉米中的遗传分离与整合特性研究遗传学报 26（3）：254-261吴敏生，戴景瑞，王守才 1999 RAPD玉米品种鉴定和纯度分析中的应用 作物学报 25（4）：489-493吴敏生，王守才，戴景瑞 1999差异显示技术(DD-PCR)及其应用植物生理学通讯 35（4）：307-312吴敏生，戴景瑞 1999灰色系统理论在玉米育种上的综合应用华北农学报 14（2）：30-35张建福，戴景瑞 1999基因工程固氮菌肥对玉米生产发育的影响初探上海农业学报 15（1）：79-82向道权，戴景瑞 1999 玉米产量QTL和杂种优势遗传基础研究进展中国农业大学学报 15（1）：79-82吴敏生，戴景瑞 1999植物杂种优势研究新进展 中国农业科技导报 2：59-62刘大文，戴景瑞，谢友菊，王守才 1999玉米雄性不育基因和恢复基因表达载体的构建与鉴定 种子1：34-35高志环，薛勇彪，戴景瑞 2000玉米小斑病菌C小种毒素的致病作用位点科学通报 45（6）；622-626吴敏生，戴景瑞 2000 AFLP标记与玉米杂种产量、产量杂种优势的预测植物学报 42（6）：600-604刘大文，王守才，谢友菊，戴景瑞 2000转Zm13-Barnase基因玉米的获得及其花粉育性研究 植物学报42（6）：611-615吴敏生，王守才，戴景瑞 2000 AFLP分子标记在玉米优良自交系优势群划分中的应用作物学报 26（1）：9-13刘大文，谢友菊，王守才，戴景瑞 2000 拟南芥菜菜花药绒毡层启动子的克隆和序列分析 作物学报 26（4）：406-410陈彦惠，王利明，戴景瑞 2000中国温带玉米种质与热带、 亚热带种质杂优组合模式研究 作物学报 26（5）：557-564吴敏生，戴景瑞，谢友菊 2000 一个与玉米基因沉默表达有亲友的cDNA片段的克隆与序列分析 植物生理学报戴景瑞 2000玉米抗病相关候选基因DNA片段克隆中国农业科学（增刊） 33（1）：141-146吴敏生，戴景瑞 2000中国17个优良玉米自交系的分子标记杂合性及其与杂交种性状的关系研究 西北植物学报 20（5）691-700王守才，王国英，戴景瑞 2000玉米转基因遗传问题的讨论 生物工程进展 20（4）：64-66陈彦惠，王利明,戴景瑞 2000 热带、亚热带自交系与中国温带玉米种质杂交种的研究 中国农业大学学报 5（1）；50-57GAO ZH,XUE YB,DAI J R 2001 CDNA-AFLPanalysis reveals that maize resistance to Bipolaris maydisis associated with the induction of multiple defence nelated genes Chinese Science Bulletin 46（17）：1454-1458向道权，曹海河，曹永国，杨俊品，黄烈健，王守才，戴景瑞 2001玉米SSR遗传图谱的构建及产量性状基因定位 遗传学报 28（8）：778-784吴敏生，高志环，戴景瑞 2001利用cDNA—AFLP技术研究玉米基因的差异表达 作物学报 27（3）：339-342杨会，王国英，戴景瑞 2001玉米优良自交系综3、综31的转化研究农业生物技术学报 9（4）：334-337向道权，黄烈健，曹永国，戴景瑞 2001玉米产量性状主基因-多基因遗传效应的初步研究 华北农学报 16（3）：1-5田增元，戴景瑞 2002 利用cDNA-AFLP技术分析玉米灌浆期功能叶基因差异表达与杂种优势科学通报 47（18）：1412-1416黄烈健，向道权，杨俊品，戴景瑞 2002 玉米RFLP连锁图谱构建及大斑病QTL定位 遗传学报 29（12）：1100-1104赵君，王国英，胡剑，张晓红，戴景瑞 2002玉米弯孢菌叶斑病抗性的ADAA遗传模型的分析作物学报 28（1）：127-130曹永国，向道权，黄烈健，王守才，吴敏生，戴景瑞 2002 SSR分子标记与玉米杂种优势关系的研究 农业生物技术学报 10（2）：120-123田曾元，戴景瑞 2003玉米杂种与亲本穗分化期功能叶基因差异表达与杂种优势 遗传学报 30（2）：154-162刘章雄，王守才，戴景瑞，黄烈健，曹海河 2003玉米P_（25）自交系抗锈病基因的遗传分析及SSR分子标记定位 遗传学报 30（8）戴景瑞，赵克明，苏胜宝 2003优良玉米杂交种农大3138的选育与推广 山西农业科学 31（2）：19-22Song,XF,T.M. Song,J.R. Dai,T. Rocheford,J.S. Li 2004 QTL mapping of kernel oil concentration with high-oil maize by SSR markers Maydica 49:41-48白琪林， 陈绍江， 董晓玲， 孟庆祥， 严衍禄， 戴景瑞 2004 近红外漫反射光谱法测定玉米秸秆NDF与ADF含量，光谱与光谱分析 24 （11）：1345