《西华师范大学学报》(自然科学版)创建于1980年2月,它的前身是南充师范学院主办的《科研资料汇编》,它主要刊登校内外师生及科研人员的研究成果。1980年经中共四川省委宣传部与四川省教委(川高教〔1980〕20号)批准改为《南充师范学院学报》(自然科学版)半年刊,限国内发行。1984年经四川省新闻出版局(川科管〔1984〕33号)批准《南充师范学院学报》(自然科学版)改为半年刊,国内外公开发行。1988年经四川省新闻出版局批准,《南充师范学院学报》(自然科学版)改为季刊,国内外公开发行,刊号为四川省期刊登记证:1182号;1989年由于学院更名为四川师范学院,该刊经四川省新闻出版局批准,更名为《四川师范学院学报》(自然科学版),季刊,国内外公开发行,国际标准刊号:ISSN1001-8220,国内统一刊号:CN51-1341/N;2003年9月,经教育部批准,学校更名为西华师范大学,由此,四川师范学院学报(自然科学版)经四川省新闻出版局报国家科技部与国家新闻出版总署批准,更名为《西华师范大学学报》(自然科学版),季刊,国内外公开发行,国际标准刊号:ISSN1001-8220;国内统一刊号:CN51-1341/N。2005年9月,经四川省新闻出版局批准,刊号更改为CN51-1699/N,国际标准刊号不变;2006年3月,经国家新闻出版总署批准,国际标准刊号更改为:ISSN1673-5072,国内统一刊号不变,至此,刊名、刊号一直沿用至今。