据初步统计，性艾中心成立以来，以第一作者发表的论文共计649篇（统计截至2008年11月，其中在国内公开杂志发表论文487篇，在国外杂志其中包括《科学》、《自然》、《柳叶刀》等国际知名发表162篇），出版专著26部，其中： 作为第一作者单位全年共发表论文共31篇，其中有5篇发表在国际杂志上，26篇在国内公开杂志上。“云南省瑞丽市等地HIV感染流行因素和艾滋病传播特点的研究”获得卫生部科技进步二等奖。 作为第一作者单位全年共在国际公开杂志上发表论文26篇，国内公开杂志发表论文近20篇。“全国范围艾滋病毒分子流行病学调查研究”获卫生部科技进步三等奖著作：《艾滋病流行与控制》 吴尊友主编 作为第一作者单位全年共在国外公开杂志上发表论文14篇，国内杂志上发表论文39篇， 十三届国际艾滋病大会口头交流论文2篇，书面交流论文摘要5篇。翻译出版《艾滋病病毒与艾滋病的发病机制》和《2000—2001年HIV感染的医学处理》。由临床病毒学室主要完成的《抗艾滋病药物治疗、护理、培训指南》出版。 作为第一作者单位全年共发表论文52篇。获奖及专利申请情况：“SARS病毒核酸扩增（HIV）荧光检测试剂盒”获新药证书“跨膜型和分泌型HIV Gag抗原编码基因及包含其的艾滋病疫苗”获得专利 出版著作13部，作为第一作者单位全年共发表中文论文90篇，英文论文37篇，发表在《SCIENCE》杂志2篇，《AIDS》杂志2篇。“我国HIV毒株的基因变异和流行特征研究”项目通过中华医学奖评审，并荣获一等奖。 “全国主要HIV毒株的基因变异和流行特征研究及数据库建立”获国家科技进步奖二等奖、“HIV感染诊断的替代检测策略”获中华预防医学科技奖三等奖。作为第一作者单位全年共发表中文科技论文88篇，英文科技论文48篇，其中在《Lancet》上发表论文一篇。首次在国际影响较大的英文杂志《AIDS》上出版中国专刊1期。 中心共发表第一作者单位论文135篇，其中英文72篇，SCI文章69篇（N Engl J Med 1篇，PLoS Medicine 1篇；Clin infect Dis AIDS 1篇）；参编或主编专著3篇；获得专利一项。
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