中华人民共和国成立后，郑作新由南京调到北京中国科学院动物标本整理委员会工作。动物标本整理委员会后改为中国科学院动物研究所，郑作新历任研究员、脊椎动物研究室主任，兼任北京大学、北京师范大学、西北大学、兰州大学等校教授，北京自然博物馆副馆长兼自然历史研究所所长，中华人民共和国濒危动植物科学委员会主任、《中国大百科全书》中动物学暨动物地理学主编。郑作新一直在该所从事鸟类学研究工作，直至1998年逝世。 30多年来，他一直担任着《动物学报》主编的职务。他还和其他鸟类工作者们一起，编写《中国动物志》的鸟类部分，共14卷。《鸡形目》、1930—1947年任福建协和大学生物系教授兼系主任、教务长、理学院院长。1936—1946年兼福建科学研究院研究员、福建科学馆生物部主任。1945—1946年美国国务院文化司客座教授。1947—1949年任南京国立编译馆自然科学组编纂，兼中央大学教授。1950—1952年任中国科学院动物标本整理委员会、动物标本工作委员会委员兼秘书，中国科学院编译局科学名词室主任。1953—1955年任中国科学院动物研究室研究员，兼北京大学生物系教授。1956—1998年任中国科学院动物研究所研究员。
流云归晚
