伍献文是站在中国近代鱼类学高峰上的少数几位科学家之一,他一生的学术进展反映了中国鱼类学的发展。从20世纪20年代到30年代,是他奠定鱼类学的坚实基础和初露锋芒的时期。在这一时期,他有关鱼类学的研究虽说比较零散,然而却卓有成效。他的第一篇鱼类学论文《厦门鱼类之调查》发表于1928年,是中国研究鱼类的早期著作之一。其后,在他留学法国巴黎期间,发表了博士论文《中国比目鱼类的形态学、生物学和系统学的研究》(1932),并以此初步确立了他在鱼类学研究中的地位。这篇论文记载了分布于中国的比目鱼类5科33属65种,对比目鱼器官系统的解剖和生物学作了详尽的描述。这些工作不仅在国内同期同类研究中处于领先地位,也受到国外同行的推崇。40年代,是伍献文科学生涯的第二个时期。由于当时恶劣的战争环境,伍献文不得不将研究工作的重点从野外调查转移到实验室内,而这个转变导致了我国鱼类学研究史中出现了以鱼类生理学和功能形态学为主的新局面。在40年代之前,有关鱼类的生理学及其结构与功能的研究尚属空白。从1940年到1947年,伍献文及其早年的学生,我国著名的鱼类学家刘建康、张孝威等人,连续发表了多篇有关黄鳝气呼吸机理的研究报告,比较详尽地从形态学、组织学及生理学的角度探讨黄鳝的气呼吸器官的结构与功能。还进行了纹胸鮡的吸着器的组织学、鲤鲫鱼杂交实验、鳑鲏鱼的胚动现象等有关鱼类生理学和功能形态学的研究工作。这一大批印在当时内地土制毛边纸上的科学文献,既象征了我国早年鱼类学家们的艰辛历史,也显示出我国鱼类学研究的一个新的进步。中华人民共和国成立以后,伍献文开始了他的鱼类学研究的第三个时期。祖国的统一,国家建设的需要,使他得以实现30年前被战争中断了的研究设想,即系统地调查祖国丰富的淡水鱼类资源,全面开展鱼类分类区系的工作。他所直接领导的鱼类分类组的科技人员,按照他的规划,爬山涉水,足迹遍及祖国的江河湖泊。从东北的三江平原到海南岛的五指山畔,从青藏高原的冰川雪河到东海之滨的溪流沟涧,采回了大批鱼类标本,在水生生物研究所建立了收藏有30余万号标本的规模宏大的淡水鱼类标本室。他们用大量由模式标本产地采来的地模标本代替流散在国外的中国鱼类的模式标本,基本摆脱了只有依靠“洋人洋书”才能研究中国鱼类的被动局面。在拥有大量标本的基础上,伍献文以占中国淡水鱼类一半的鲤科鱼类作为研究对象,同他的助手一起开始了艰巨的整理工作。1964年,《中国鲤科鱼类志》上卷由上海科学技术出版社印行,在国内引起了较大的反响,国外学者发表了专文评论,给予高度评价。“文化大革命”差一点毁灭了这一科学著作的后半部,但就是在他遭受迫害的这段时间,他也一直将写完这部书作为自己的努力目标。就在他获得自由的第一天,他提出的第一个要求就是:“请允许我拿起笔,我要将《中国鲤科鱼类志》写完。”从此以后,无论白天黑夜,节日假日,人们都能看到这位年逾古稀的老人,关在自己的办公室内,时而观察和测量标本,时而查阅文献,时而俯首疾书。慢性支气管炎等老年性疾病一直缠绕着他,但为了挽回被耽误的时间,他即使感到身体不适,也仍坚持到实验室工作。1976年,《中国鲤科鱼类志》下卷终于出版了。《中国鲤科鱼类志》全书共70余万字,系统地描述了分布于我国的鲤科鱼类113属412种,并附有精美的图版。它不仅是研究中国淡水鱼类的必备文献,也是研究全世界鲤科鱼类的重要资料。日本学者已将上卷译成日文出版,下卷也在翻译之中。欧美的许多鱼类学家也来信建议出版英译本。这部著作在1978年全国科学大会上得到大会奖励,1982年被评为国家自然科学奖二等奖。伍献文在不断提高科学研究理论水平的同时,还十分注意科学研究为国民经济建设服务。在60年代,他极其关心三峡工程对长江鱼类资源的影响问题,坚持开展长江鱼类资源调查及其变动规律的研究。在葛洲坝工程建设中,他发表的关于救鱼措施的正确意见,为国家节约了一大笔投资。伍献文学术生涯的第四个时期开始于他78岁高龄之后,工作重心是研究鲤亚目鱼类的系统发育。鲤亚目是现有淡水鱼类中最大的一个类群,共计约有250个属2500余种,广泛分布于亚洲、欧洲、非洲和北美。近百年来,许多鱼类学家尝试提出的分类系统,尚无一个能令人满意。中国是鲤亚目鱼类最丰富的国家,约有145属580种,具有研究鲤亚目鱼类系统发育的得天独厚的条件,能做许多外国学者想做而不能做的工作。伍献文和他的助手解剖和观察了鲤亚目中有代表性的78属123种鱼类的骨骼,并引进和使用了国外在70年代才发展起来的分支系统学的原理和分析方法,对观察结果进行了比较分析。他们的研究结果连续发表在国内的许多学术刊物上。1981年,伍献文和他的助手在《中国科学》上发表了题为《鲤亚目鱼类分科的系统及其科间系统发育的相互关系》的研究报告,提出了鲤亚目鱼类的一个新的分类系统。这个报告引起了国际鱼类学界的普遍关注,加拿大鱼类学家J.S.尼尔逊将此研究结果引入他所编著的《世界鱼类》一书中,十几个国家的几十位学者纷纷来信索取有关资料,许多人建议在中国召开有关鲤亚目鱼类研究的国际科学讨论会。这项成果在他去世后的第二年荣获中国科学院科技进步奖二等奖。除了在鱼类学方面的卓越成就外,伍献文在研究其他动物方面也做出了突出贡献。20年代,他在厦门大学担任助教时,在秉志等几位中外著名学者的直接指导下,他广泛涉猎鸟、蛇、蛙、鱼、线虫、水母等不同种类的动物,发表了许多有价值的学术论文。30年代初,伍献文主持国立自然历史博物馆动物学部,在继续进行鱼类、蠕虫类研究的同时,又开展了对河蟹、蝎类的研究。他发表的《中国河蟹志略》和《中国之蝎及蝎珠》都是国内研究该类动物的领先之作。他在线虫形态学和分类学方面所作的贡献也深为国内外专家所推崇。他的有关线虫的研究论文曾在美国、德国和法国等权威性刊物上发表,所论述的动物寄生线虫的3个新属和23个新种和新亚种,绝大多数已为学术界所承认并收入有关专著。