区别：
1.三阶层的构成要件是：构成要件符合性 违法性 有责性。
两阶层是：违法构成要件和责任要件。其中违法构成要件包括（构成要件符合性和违法阻却事由）两方面，而责任要件包括（责任要件符合性和责任阻却事由）两方面。两阶层就是把违法性和构成要件符合性合并论述了。
2.两层次理论是比较缓和的“客观主义”理论，是当前我国司法考试的重点。
三阶层理论是比较激进的客观主义理论，是未来我国刑法理论界的发展方向。
三阶层理论更为优秀一些。随着近年深入的研究，张明楷最终采取了德国日本刑法的观点，采用犯罪构成三阶层学说：即犯罪构成该当性，违法性和有责性。违法性是阐述客观要件以及排除客观上犯罪构成事由的，有责性是阐述主观要件以及排除主观方面犯罪构成事由的。并在2009年国家司法考试辅导用书全面采用。
扩展资料：
德日刑法采取的是“三阶层说”，其将犯罪构成认为是构成要件的符合性；构成要件违法性；构成要件的有责性。并且其三者具有程序上的递进关系。这与我国的四个构成要件共同一并审查的司法程序是不相一致的。换言之，其是一个动态的构成。
一犯罪构成要件的符合性，也被称为犯罪构成要件的该当性，其是指犯罪行为必须是符合法律的规定某项犯罪构成要件的行为，是法律所调整的范畴。这也是罪刑法定的要求。我们可知，在法律的规定之前，必然有无数行为类型是具有社会危害性且应当纳入刑法调整范围的。
这就有立法者对于法律应当如何对无数的犯罪类型进行归置取舍，来定型于法律之中成立犯罪的问题。例如，对于窃取他人财物成立“窃取他人财物罪”，但对于行为人是扒窃、入室盗窃、还是顺手牵羊的盗窃一概不论。又如故意杀人罪，无论行为人是毒杀、砍杀、绞杀、刺杀乃至枪杀，都只以故意杀人罪论处。
二犯罪构成的违法性，暨行为为法律所禁止的或者是不允许的行为，是实质上对于什么是犯罪，如何界定犯罪的拷问。主流学派认为，实质的犯罪构成的违法性就是侵犯法益的行为。但仍然必须注意时间性与空间性以及法律例外的问题。例如，平等的市场交易行为在现行大多数国家都不是犯罪行为，但当其换为我国上个世纪的计划经济时代，则可作为旧刑法中“投机倒把罪”（类似于现在的商品交易-倒卖）的构成要件，是一种犯罪行为。
又例如，当同性之间的强迫的性行为发生，因其不符合我国刑法中关于“强奸罪”的构成要件，不认为构成强奸罪。再例如，通常情况下，正当防卫、紧急避险、执行法令等法律所允许的行为，是法律的例外，也不认为是犯罪。
三犯罪构成的有责性，指侵犯法益的责任人主观上没有故意以及过失的行为，不应当对其进行谴责。例如，幼童的行为，精神病人在精神病发作时实施的行为，意外事件，不具有违法认识的可能性的行为等。我们应当注意，这里考察的主观状态并不是指行为人当时真正的主观状态，而是根据犯罪结果、犯罪情节所综合考量的为一般人理性所能够认同的推定的行为人的主观状态。
在司法实践中，这三者是一个逐渐考量的过程，当符合符合性后，再考量违法性；符合违法性，再考量有责性，而非四要件说一般一起考量；个别情况下两种犯罪构成理论具体运用到当事人身上会有出入的。所以，今年司法考试改用德日犯罪构成说；这象征着司法理论、实践、操作都将面临改革。
参考链接：
犯罪构成条件-百度百科
繁星若雨
