区别在三个地方，分别是原因不同、时间不同、结果不同、前后准备不同、影响不同。
一、答辩的原因不同。
第一次答辩主要是校方组织论文答辩，目的简单说是为了进一步审查论文，即进一步考查和验证论文作者对所著论文论述到的论题的认识程度和当场论证论题的能力；考察论文作者对专业知识掌握的深度和广度；审查论文是否由学员自己独立完成等情况。而二次答辩是因为没有通过毕业论文再答辩。
二、两者答辩的时间不同。
第一次答辩主要是学校组织在同一个时间段学生统一答辩。而二次答辩主要是由于第一次答辩没有通过，而学校会重新安排时间进行答辩。
三、两者结果不同。
答辩的目的是通过，按时毕业，取得毕业证书，所以第一次答辩通过的同学就可以按时毕业，取得毕业证书。而二次答辩是为了不影响毕业，经过答辩委员会（或学位授予委员会）讨论决定给予未通过答辩的学生再一次答辩的机会，能够顺利毕业。
四、两者前后准备不同。
通过第一次毕业论文答辩的同学，必须按照学院规定，按时以班为单位，提交毕业论文定稿及相关材料。而二次答辩的同学，需要准备答辩的材料以及需要答辩时查重等工作。
五、两者的影响不同。
以毕业论文查重为例，第一次查重不通过的，可以在学院组织安排的第二次答辩三天前，申请对修改后的论文进行再次查重，如查重通过，可申请参加第二次答辩，查重未通过或未按规定时间提出再次查重申请的同学，不能参加第二次答辩，不再安排论文答辩，学生需申请延期毕业。
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