差别不大。格式正确的参考文献不参与查重，删除属于多此一举，毫无意义。而且，万方查重系统可以识别参考文献，只要格式写正确了，就不用担心。正常论文结构主要分为封面、目录、摘要正文、参考文献、页眉页脚，其中主要检测的就是正文，所以删除参考文献和不删参考文献都没什么差别。
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rinpan2013
