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这里面包括几方面问题： 1、合作是以什么方式？ a 许可你公司使用；b 专利作价出资与你公司成立新公司；c转让给你公司 2、不管何种方式，也不管是否到专利局作了备案，签订的合作协议是受合同法保护的， 3、专利许可或者专利转让是需要全体专利权人同意后才能在专利局办理相关手续。以房产为例，夫妻二人为房产共同所有人，女方与第三人签订买卖合同，并收取了房款，这时结果可能两种，一伪造过户手续，二男方一直不知情。 这种情形下，男方都可以要求终止合同，但第三方可以要求继续履行，虽然手续不合法或者一方不知情，影响的是过户手续问题，但是买卖合同是受保护的。换到你提的问题，若是合作中手续未办理或者不合法，你们支付出的费用有无法收回的可能。
以前有人也问过类似问题，当时的回答请参考下面，希望对你有用，可能需要在上面改一改了：
专利许可合同的类型有： 1、普遍许可合同，又称非独占许可合同。 2、排他许可合同，又称独家许可合同。 3、独占许可合同，又称完全许可合同。 4、分售许可合同。 5、交叉许可合同，又称互惠许可合同。 【法律依据】 根据《合同法》第三百四十六条，专利实施许可合同的受让人应当按照约定实施专利，不得许可约定以外的第三人实施该专利；并按照约定支付使用费。
专利实施许可合同是指专利权人或其授权的人作为让与人，许可受让人在约定的范围内实施专利，受让人支付约定的使用费所订立的合同。受让人在合同成立后，可以在约定的地区、期限内和按约定的方式实施专利技术。按照让与人出让专利使用权和受让人取得专利使用权的程度和范围，专利实施许可合同可分为如下形式：①独占专利实施许可合同。独占专利实施许可合同，是指受让人在规定的范围内享有对合同规定的专利技术的使用权，让与人或任何第三方都不得同时在该范围内具有对该项专利技术的使用权。②排他专利实施许可合同。排他专利实施许可合同，是指受让人在规定的范围内享有对合同规定的专利技术的使用权，让与人仍保留在该范围内的使用权，但排除任何第三方在该范围内对同一专利技术的使用权。③普通专利实施许可合同。普通专利实施许可合同，是指受让人在规定范围内享有对专利技术的使用权，同时让与人不仅保留着在该范围内对该项专利技术的使用权，而且还保留着在该范围内将该项专利技术的使用权出让给任何第三方的权利。许可形式可以包含给予受让人再转让许可。再转让许可应当是普通实施许可。专利许可合同范本
法律分析：可以的。不一定要专利权转让,可以采用专利实施许可。前者是你的专利权利全部丧失,给了别人者是你将部分专利权给了别人,到期后收回。专利实施许可也称专利许可证贸易,是指专利技术所有人或其授权人许可他人在一定期限、一定地区、以一定方式实施其所拥有的专利,并向他人收取使用费用。法律依据：《中华人民共和国专利法》 第十条 专利申请权和专利权可以转让。中国单位或者个人向外国人、外国企业或者外国其他组织转让专利申请权或者专利权的，应当依照有关法律、行政法规的规定办理手续。转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。
使用专利产品需要授权的。根据相关法律规定，任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。否则构成侵权。【法律依据】2021年6月1日生效的《中华人民共和国专利法》第十二条任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。第十三条发明专利申请公布后，申请人可以要求实施其发明的单位或者个人支付适当的费用。第十四条专利申请权或者专利权的共有人对权利的行使有约定的，从其约定。没有约定的，共有人可以单独实施或者以普通许可方式许可他人实施该专利；许可他人实施该专利的，收取的使用费应当在共有人之间分配。除前款规定的情形外，行使共有的专利申请权或者专利权应当取得全体共有人的同意。
这里面包括几方面问题： 1、合作是以什么方式？ a 许可你公司使用；b 专利作价出资与你公司成立新公司；c转让给你公司 2、不管何种方式，也不管是否到专利局作了备案，签订的合作协议是受合同法保护的， 3、专利许可或者专利转让是需要全体专利权人同意后才能在专利局办理相关手续。以房产为例，夫妻二人为房产共同所有人，女方与第三人签订买卖合同，并收取了房款，这时结果可能两种，一伪造过户手续，二男方一直不知情。 这种情形下，男方都可以要求终止合同，但第三方可以要求继续履行，虽然手续不合法或者一方不知情，影响的是过户手续问题，但是买卖合同是受保护的。换到你提的问题，若是合作中手续未办理或者不合法，你们支付出的费用有无法收回的可能。