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这里面包括几方面问题： 1、合作是以什么方式？ a 许可你公司使用；b 专利作价出资与你公司成立新公司；c转让给你公司 2、不管何种方式，也不管是否到专利局作了备案，签订的合作协议是受合同法保护的， 3、专利许可或者专利转让是需要全体专利权人同意后才能在专利局办理相关手续。以房产为例，夫妻二人为房产共同所有人，女方与第三人签订买卖合同，并收取了房款，这时结果可能两种，一伪造过户手续，二男方一直不知情。 这种情形下，男方都可以要求终止合同，但第三方可以要求继续履行，虽然手续不合法或者一方不知情，影响的是过户手续问题，但是买卖合同是受保护的。换到你提的问题，若是合作中手续未办理或者不合法，你们支付出的费用有无法收回的可能。
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技术许可合同是合法拥有技术的权利人,将现有特定的专利、技术秘密的相关权利许可他人实施、使用所订立的合同。技术许可合同包括专利实施许可、技术秘密使用许可等合同。
法律分析：技术转让合同包括下列类型：专利权转让合同；专利申请权转让合同；以及技术秘密转让合同等。无论是专利权转让，还是专利申请权转让等技术转让合同，都必须采用书面形式。法律依据：《中华人民共和国民法典》第八百六十二条 技术转让合同是合法拥有技术的权利人，将现有特定的专利、专利申请、技术秘密的相关权利让与他人所订立的合同。技术许可合同是合法拥有技术的权利人，将现有特定的专利、技术秘密的相关权利许可他人实施、使用所订立的合同。技术转让合同和技术许可合同中关于提供实施技术的专用设备、原材料或者提供有关的技术咨询、技术服务的约定，属于合同的组成部分。第八百六十三条 技术转让合同包括专利权转让、专利申请权转让、技术秘密转让等合同。技术许可合同包括专利实施许可、技术秘密使用许可等合同技术转让合同和技术许可合同应当采用书面形式。
技术许可合同是合法拥有技术的权利人,将现有特定的专利、技术秘密的相关权利许可他人实施、使用所订立的合同。技术许可合同包括专利实施许可、技术秘密使用许可等合同。
法律分析：技术转让合同是指当事人之间就专利申请权转让、专利实施许可、技术秘密转让所订立的合同，技术转让合同是一类较复杂的合同，涉及专利、技术秘密等的知识产权问题，容易发生纠纷。法律依据：《中华人民共和国民法典》第八百六十二条 技术转让合同是合法拥有技术的权利人，将现有特定的专利、专利申请、技术秘密的相关权利让与他人所订立的合同。技术许可合同是合法拥有技术的权利人，将现有特定的专利、技术秘密的相关权利许可他人实施、使用所订立的合同。技术转让合同和技术许可合同中关于提供实施技术的专用设备、原材料或者提供有关的技术咨询、技术服务的约定，属于合同的组成部分。第八百六十三条 技术转让合同包括专利权转让、专利申请权转让、技术秘密转让等合同。技术许可合同包括专利实施许可、技术秘密使用许可等合同。技术转让合同和技术许可合同应当采用书面形式。
专利合作条约（PCT） 从名称上可以看出，专利合作条约是专利领域的一项国际合作条约。自采用巴黎公约以来，它被认为是该领域进行国际合作最具有意义的进步标志。但是，它主要涉及专利申请的提交，检索及审查以及其中包括的技术信息的传播的合作性和合理性的一个条约。PCT不对“国际专利授权”：授予专利的任务和责任仍然只能由寻求专利保护的各个国家的专利局或行使其职权的机构掌握（指定局）。PCT并非与巴黎公约竞争，事实上是其补充。的确，它是在巴黎公约下只对巴黎公约成员国开放的一个特殊协议。项目名称：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ 被许可方：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ （乙方） 许可方：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ （甲方） 签订地点： 省 市（县） 签订日期： 年 月 日 有效日期： 年 月 日至 年 月 日 依据《中华人民共和国技术合同法》和《中华人民共和国专利法》的规定，合同中的甲方就 专利项目（申请日 、申请号： 授权日〈公开日、公告日〉 、专利法定有效期限： ）。许可乙方实施、（该项目属 计划※）。本发明属于：职务发明（非职务发明）经协商一致，签订本合同。 一、※专利技术内容（包括实施该专利有关的一般技术秘密），要求和工业化开发程序： 二、技术资料及其提交期限，地点和方式： 甲方自合同生效之日起 天内在 （地点）以 方 式，向乙方提供下列资料： 三、※本项目技术秘密的范围和保密期限： 四、专利实施许可的种类： 五、验收标准和方法： 乙方使用该项技术，试生产后达到本合同规定的技术性能指标（ ），采取 方法验收，由双方签署合同技术验收合同格协议书。 如产品验收不合格时双方协商各派代表调查原因并确定双方的责任。 （参照《专利实施许可合同签订指南》第六条） 六、使用费及支付方法： （一）一次支付方式 总金额 元 年 月 日 （1）一次性支付： 元 年 月 日 （2）分期支付： 元 年 月 日 元 年 月 日 元 （二）入门费加提成费方式 入门费 元 支付日期 （1）按销售额 ％提成 支付日期 （2）按纯利润 ％提成 支付日期 七、技术服务（地点、方式及费用） （参照《专利实施许可合同签订指南》第五条） 八、后续改进的提供和分享： （参照《专利实施许可合同签订指南》第八条） 九、专利权无效和侵权的处理办法： （参照《专利实施许可合同签订指南》第九条） 十、违约金或者损失赔偿额的计算方法： 违反本合同约定，违约方应当按技术合同法第四十条、第四十一条和技术合同法实施条例第七十六、第七十七条规定承担违约责任。 （一）违反本合同第 条约定， 方应当承担违约责任，承担方式和违约金额如下： （二）违反本合同第 条约定， 方应当承担违约责任，承担方式和违约金额如下： （三）违反本合同第 条规定， 方应当承担违约责任，承担方式和违约金额如下： （四）其他 十一、合同的变更和终止： （参照《专利实施许可合同签订指南》第十条） 十二、争议的解决办法：专利合作协议