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食品化学成为一门独立学科的时间不长，它的起源虽可追溯到远古时代，但与食品化学相关的研究和报道则始于18世纪末期。这个时期，一些化学家、植物学家等开始以食物为对象，从中分离某些成分。 夏延斌、杨瑞金等学者根据国内外文献将食品化学的发展归纳为四个阶段：第一阶段，天然动植物特征成分的分离与分析阶段。该时期是在化学学科发展的基础上，化学家应用有关分离与分析食物的理论与手段，对很多食物特征成分如乳糖、柠檬酸、苹果酸和酒石酸等进行了大量研究，积累了许多零散的有关食物成分的分析资料。第二阶段，19世纪早期，食品化学在农业化学发展的过程中得到了不断充实，开始在欧洲占据重要地位，体现在建立了专门的化学研究实验室，创立了新的化学研究杂志。与此同时，食品中的掺假日益严重，检测食品杂质的要求成为了食品化学发展的一个主要推动力。第三阶段，19世纪中期英国的Arthur Hill Hassall 绘制了显示纯净食品材料和参杂食品材料的微观形象的示意图，将食品的微观分析提高至一个重要地位。1871年Jean Baptis MDM提出一种观点：仅由蛋白质、碳水化合物和脂肪组成的膳食不足以维持人类的生命。人类对自身营养状况及食品摄入的关注，进一步推动食品化学的发展。20世纪前半期，食品中多数成分被逐渐揭示，食品化学的文献也日益增多，到了20世纪中期，食品化学就逐渐成为一门独立的学科。
食品化学对各食品工业技术进步的影响 基础食品工业：面粉改良，改型淀粉及新型可食用材料，高果糖浆，食品酶制剂，食品营养的分子基础，开发新型甜味料及其他天然食品添加剂，生产新型低聚糖，改性油脂，分离植物蛋白质，生产功能性肽，开发微生物多糖和单细胞蛋白质，野生、海洋和药食两用资源的开发利用。 果蔬加工储藏：化学去皮，护色，质构控制，维生素保留，脱涩脱苦，打蜡涂膜，化学保鲜，气调储藏，活性包装，酶促榨汁，过滤和澄清及化学防腐。 肉品加工储藏：宰后处理，保汁和嫩化，护色和护发，提高肉糜乳化力，凝胶性和黏弹性，蛋白质的冷冻变性，超市鲜肉包装，烟薰剂的生产和应用，人造肉的生产，内脏的综合利用等。 饮料工业：速溶，克服上浮下沉，稳定蛋白质饮料，水质处理，稳定带肉果汁，果汁护色，控制澄清度，提高风味，白酒降度，啤酒澄清，啤酒泡沫和苦味改善，啤酒的非生物稳定性的化学本质及防止，啤酒异味，果汁脱涩，大豆饮料脱腥等。 乳品工业：稳定酸乳和果汁乳，开发凝乳酶代用品及再制乳酪，乳清的利用，乳品的营养强化等。 焙烤工业：生产高效膨松剂，增加酥脆性，改善面包呈色和质构，防止产品老化和霉变等。 食用油脂工业：精炼，油脂改性，DHA、EPA和MCT的开发利用，食用乳化剂生产，抗氧化剂，减少油炸食品吸油量等 调味品工业：生产肉味汤料，核苷酸鲜味剂，碘盐和有机硒盐等 发酵食品工业：发酵产品的后处理，后发酵期间的风味变化，菌体和残渣的综合利用等 食品安全：食品中外源性有害成分来源及防范，食品中内源性有害成分消除等。 食品检验：检验标准的制定，快速分析，生物传感器的研制，不同产品的指纹图谱等。