《中国口腔颌面外科杂志》的申请工作始于2001年下半年，经中华口腔医学会批准，申报材料上报卫生部办公厅。经卫生部研究同意后，上报科学技术部，由科技部上报新闻出版署获得批准。2002年11月8日科学技术部正式批文，同意创办《中国口腔颌面外科杂志》。随即于北京市新闻出版局办理相关登记、注册手续，在国家图书馆申请并获得ISSN号（1672-3244），北京市工商管理局获得广告经营许可证(京海工商广字第0225号，与中国口腔医学继续教育杂志共用)。经过积极协商，2004年获准上海市邮政局邮发 （4-759）。第一届编委会阵容强大，主要由中华口腔医学会口腔颌面外科专业委员会委员组成，并邀请12名海外知名学者担任特邀编委。2003年12月1日，中国口腔颌面外科网开通运行，专辟《中国口腔颌面外科杂志》栏目，杂志实现全文上网，允许口腔颌面外科专业委员会会员登录网站，浏览、下载全文，实现信息的最快传播和最大利用。2005年初，经中国科学技术信息研究所组织专家严格评审，批准《中国口腔颌面外科杂志》从2004年第1期开始，进入中国科技论文统计源期刊。2006年第1期始，改为双月刊，正文页码由原来的64页增加至80页，出版日期改为单月25日，每期定价也相应调整为元。2007年8月，与美国EBSCO出版社签署协议，杂志全文被EBSCO数据库收录。2007年11月8日在上海召开换届会议，成立第二届《中国口腔颌面外科杂志》编委会。新一届编委会由98名老中青专家组成，同时成立由国内外知名专家组成的审稿委员会，以确保稿件的学术水平。2008年5月22－25日，第12届国际口腔癌大会（ICOOC）在上海召开，为配合会议的顺利举行，扩大杂志的影响，会议论文集作为杂志增刊出版。2008年第1期开始，正文页码由原来的80页增加至96页，每期定价调整为元。从2009年1月1日开始，正式启用网上投稿审稿系统，所有稿件均通过网上投寄和评审，既方便了读者和审稿人，又节约了成本，提高了工作效率、管理水平和办公自动化水平，为不断提升杂志的影响力和质量，提供了强有力的技术支撑。2010年年初，经医院院务会议讨论通过，决定每年给予杂志一定办刊经费，支持杂志的软硬件建设，使杂志向着更高层次发展。2010年1月25日，经上级主管部门批准，同意成立《中国口腔颌面外科杂志》杂志社（期刊出版－R8823），杂志社拥有法人资格，成功实现转制，走向企业化运营之路。2011年10月26日，《中国口腔颌面外科杂志》第三届编委会成立大会在上海世博展览馆隆重召开。第三届编委会由109名编委组成。其中，顾问4名，主编1名，副主编5名，编委84名，特邀编委15名。
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