genetics期刊最新论文

1.来自中国科学院，浙江自然博物馆，英国莱斯特大学等处的研究人员发现了一个成年达尔文翼龙（Darwinopterus）的化石以及一枚与其在一起的蛋，并对这种恐龙进行了雌雄两性比较，从而为判别这些已灭绝动物的性别提供了直接证据。这一研究成果公布在上周出版的Science杂志上。2. 来自哈佛医学院，麻省总医院，澳大利亚墨尔本大学等处的研究人员就利用这一技术进行了大规模测序，并配合功能预测，和实验验证，揭示了线粒体complex I失序症的分子机制，从而提出了一种利用高通量测序方法分析候选基因的新策略。这一研究成果公布在Nature Genetics杂志上。 3.近期来自中国、美国和韩国的科学家在miRNA研究领域又取得一些重要的研究进展，研究成果相继发表在国际顶级期刊Nature 和Cell杂志上，值得关注。4.近日上海交通大学生命科学技术学院力学生物学与医学工程研究所在国家自然科学基金重点项目“血管细胞分化与迁移的力学生物学机制”研究取得重要进展，研究论文发表在本年1月18日的《美国科学院院刊》（PNAS）上5. 近日中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所肖磊课题组利用病毒载体在细胞中表达多种重编程因子，诱导绵羊成纤维细胞重编程转化成诱导多能干（iPS）细胞，这是目前世界上首次报道获得的绵羊iPS细胞系。研究论文在线发表在2011年1月11日的《细胞研究》（cell research）杂志上。 6.中科院上海巴斯德研究所戈宝学课题组11月10日在免疫学权威学术期刊《Journal of Immunology》上发表最新论文，该成果揭示了microRNA在固有免疫中的作用以及调控机制，并研究了这种作用在地塞米松抗炎症效应中的地位。7.来自哈佛医学院，麻省总医院，澳大利亚墨尔本大学等处的研究人员就利用这一技术进行了大规模测序，并配合功能预测，和实验验证，揭示了线粒体complex I失序症的分子机制，从而提出了一种利用高通量测序方法分析候选基因的新策略。这一研究成果公布在Nature Genetics杂志上。 8.来自麻省总医院癌症中心首席科学家：Daniel A. Haber教授是一位在癌症研究领域从事多年科研工作的科学家，他曾获得过多项癌症研究方面的新技术，比如高效地捕获肿瘤细胞的CTC芯片、少量细胞多层次图谱等。近期Haber教授又接连在Science，Nature，N Engl J Med等著名期刊上发表文章，解析癌症新技术。 9.英国科学家近日利用高科技扫描器—一种名叫“功能磁共振成像”的机器，可在人类的大脑在活动时进行扫描并拍摄相关图像。从扫描器中不仅能够看到大脑与皮、骨之间清晰图像，甚至能观察到了人类同情心等心理活动中大脑的运作过程。 10. 来自清华大学生科院，医学院，普林斯顿大学Lewis Thomas实验室等处的研究人员报道了一种重要的转运因子的蛋白结构，这一结构由6个跨膜区域以之前未见报道的新折叠形式出现，这对于了解核黄素(维生素 B2)的运输，以及进一步拓展生物学结构具有重要意义。

全球有3500万人深受阿尔茨海默症(AD)的困扰，但目前尚无临床有效的治疗手段。为了促进AD治疗手段的发展，研究者进行了大量的遗传学研究。已有研究者通过 GWAS鉴定出许多阿尔茨海默症风险基因，但这些风险基因是如何导致阿尔茨海默症的尚不十分清楚。 全蛋白质组关联研究(Proteome-Wide Association Study, PWAS)通过蛋白质的功能变化将基因和表型联系起来 ， 是一种新型的以蛋白质为中心的遗传关联研究方法，在人类遗传学研究领域具有广泛的应用前景。 2021年1月28日，国际学术期刊Nature Genetics(IF=27.603)上报道了来自埃默里大学医学院题为“Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer’s disease pathogenesis”的研究文章。该团队运用全蛋白质组关联研究(proteome-wide association study，PWAS)，将阿尔茨海默症(AD)队列 GWAS结果与人脑蛋白质组进行了整合，旨在鉴定通过影响脑蛋白丰度而导致AD风险的基因，深入了解这些基因座如何影响AD的发病机制。 1、PWAS鉴定出AD 相关重要基因 在发现阶段，作者收集到375例捐献者死后大脑的背外侧前额叶皮层(dPFC)样本，使用TMT质谱策略获得人脑蛋白质组数据。整合已有的AD GWAS结果与蛋白质组学结果，通过全蛋白质组关联研究(PWAS)鉴定出13个顺式调节脑蛋白水平的基因(图1，表1)。接下来，作者使用相同的AD GWAS数据与另一组独立的152例人脑蛋白质组数据整合分析，与前面发现的13个蛋白相比较，其中10个在PWAS阶段得到验证（表1）。 表1 AD PWAS鉴定13个重要基因 2、重要风险基因COLOC和SMR分析 为了研究调控脑蛋白的重要基因与AD是否存在因果关系，作者进行了贝叶斯共定位(COLOC)和孟德尔随机化(SMR)分析。首先，使用贝叶斯共定位(COLOC)检验发现13个基因中有9个符合因果关系。然后通过孟德尔随机化(SMR)分析，结果表明顺式调控蛋白丰度介导了这13个基因的遗传变异与AD的关联。总的来说，作者发现7个基因在COLOC和SMR / HEIDI分析的因果关系上具有一致的结果(CTSH，DOC2A，ICA1L，LACTB，PLEKHA1，SNX32和STX4)，另外有4个基因的因果关系在这两种分析中结果不一致( ACE，CARHSP1，RTFDC1和STX6)，EPHX2和PVR的结果不具备因果关系(表2)。 表2 发现阶段AD PWAS中13个重要基因的COLOC和SMR分析 3、确定11个AD PWAS重要基因 通过验证队列重复和因果关系测试的结果，作者在13个通过PWAS发现的重要基因中，确定了11个与AD有因果关系的风险基因(CTSH，DOC2A，ICA1L，LACTB，SNX32，ACE，CARHSP1，RTFDC1，STX6，STX4和PLEKHA1)，其中9个重要基因在PWAS阶段得到验证(表3)。 表3 总结11个AD PWAS重要基因，并证明与AD中的因果作用一致 4、PWAS结果不受APOE e4影响 载脂蛋白APOE e4等位基因与阿尔茨海默症密切相关，因此作者为了探究APOE e4是否影响了PWAS结果，从蛋白质组中去除掉APOE e4的作用，使用去除后的蛋白质组图谱进行了AD PWAS。分析发现了13个与发现阶段PWAS结果一致的重要基因和6个其他基因，且所有13个基因都具有与发现阶段PWAS中相同的关联方向。此外，COLOC和SMR / HEIDI测试的结果发现了与原始发现相同的因果关系证据，这些结果均表明本实验发现不受APOE e4的影响。 5、 TWAS锁定与PWAS相关基因 众所周知，分子生物学的中心法则是遗传信息从DNA转录传递给RNA，再从RNA翻译传递给蛋白质。因此，作者收集到888个欧洲个体的大脑转录组数据，将AD GWAS结果与其整合，进行了AD的全转录组关联研究(TWAS)。AD TWAS鉴定了40个基因，其FDR为p<0.05时，其基因调控的mRNA表达水平与AD相关(图2)。与蛋白质水平上鉴定出的11个潜在风险基因相比，ACE，CARHSP1，SNX32，STX4和STX6这5个基因与PWAS结果相似，与AD具有关联性。(表3)。 6、单细胞测序发现细胞类型特异性 最后，作者使用背外侧前额叶皮层样本(dPFC)单细胞RNA测序数据进行分析，发现在先前确定的11个重要风险基因中，有6个基因呈现细胞类型特异性富集。DOC2A，ICA1L，PLEKHA1和SNX32富含兴奋性神经元，而CARHSP1在少突胶质细胞中富集，CTSH在星形胶质细胞和小胶质细胞中富集(图3)。 本文作者通过收集阿尔茨海默症(AD)患者队列，开展多中心、大样本的基因组学和蛋白质组学研究。运用全蛋白质组关联研究（PWAS）挖掘了十多个重要风险基因，这些风险基因可以通过改变大脑中蛋白质丰度进而影响阿尔茨海默症的发生，为AD的发病机制提供了新的见解，并为进一步治疗提供了潜在的靶标。 参考文献 [1].Wingo, Aliza P. , et al. "Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis." Nature Genetics .