恩施州州域曾多次变动,固定形成于1936年。
春秋为巴子国地;战国为楚地;秦属黔中郡;汉属南郡、武陵郡;三国先属蜀,后属吴建平郡、武陵郡;两晋与南北朝宋、齐、梁、北周属建平郡、天门郡、武陵郡、信陵郡、秭归郡、业州军屯郡、清江郡;
隋属巴东郡巴东县,清江郡清江县、开夷县、建始县;唐属归州巴东县,施州清江县、建始县;五代先后为前、后蜀所据;
宋属归州巴东县,施州清江县、建始县及辰州、富州、高州、定州等许多小羁糜州;
元属归州巴东县、施州建始县,南部少数民族地区实行土司制度,先后置散毛、唐崖、金峒、龙潭、忠建、毛岭、施南等土司;
元末明玉珍据蜀时本区为其所控制;
明属夔州建始县、归州巴东县、施州卫军民指挥使司,南部地区仍实行土司制度,设有容美宣慰司,施南、散毛、忠建3个宣抚司,9个安抚司,13个长官司,5个蛮夷长官司;
清初沿用明制,雍正六年(1728年)裁施州卫,设恩施县,辖区未变,雍正十三年改土归流,置施南府,辖恩施县、宣恩县、来凤县、咸丰县、利川县,乾隆元年(1736年),夔州建始县划归施州,巴东县、鹤峰州属宜昌府;中华民国元年(1912年)废府设道存县,民国四年设荆南道,治所恩施县,辖恩施、建始、宣恩、来凤、咸丰、利川6县,民国十五年改荆南道为施鹤道,鹤峰州改县划入施鹤道,民国十七年改设鄂西行政区,民国二十一年改为第十行政督察区,巴东县划入,州域始为8县之治。
民国二十五年改为第七行政督察区,辖区未变。
中华人民共和国成立后,1949年11月6日恩施县城解放,建立湖北省恩施行政区,置专员公署,仍辖原8县,1955年5月12日改称湖北省恩施专员公署。
文化大革命中,1967年1月30日造反派夺权,专署陷于瘫痪,3月2日经湖北省军区党委批准,由恩施军分区成立抓革命促生产办公室,5月13日改为抓革命促生产指挥部,1968年成立湖北省恩施地区革命委员会,1978年废除革命委员会成立恩施地区行政公署。
1983年8月19日,国务院批准撤销恩施地区行政公署,成立鄂西土家族苗族自治州,12月1日正式成立,全州辖恩施市、巴东、建始、利川、来凤、咸丰、宣恩、鹤峰7县1市。
1986年11月14日,利川撤县建市。
1993年,经国务院批准,鄂西土家族苗族自治州更名为恩施土家族苗族自治州。
从2005年开始,州庆日定为8月19日。