学院在两部委和校党委的领导下,在董事会的指导与监督下,依托“211”全国重点高校南航大的雄厚师资力量和多学科坚实基础,依靠国内外民航界大力支持,坚持校企联合与国际联合的办学方针,建成了具有“交通运输工程”一级学科博士学位授权点和博士后流动站,博士、硕士、学士完整的人才培养和学科体系,学历教育与在职培训相结合的多层次办学格局,覆盖了民航所需的主要专业。2003年9月28日,民航总局杨元元局长、杨国庆副局长、江苏省吴瑞林副省长等领导出席了民航学院院庆十周年庆典大会,对民航学院的发展给予了充分肯定和高度评价,并表示将继续给予大力支持。民航学院实行董事会管理制,对民航学院的教学和科研进行指导与监督。董事会由中国民航总局人教司、航空公司、机场和空管局等30多家民航企事业单位的组成。民航学院以“民航精英、执政骨干、民众表率”为人才培养目标,建院以来向民航系统输送各类专业人才3000多名,现有在校生1600余人,已成为我国民航事业高层次人才的培养基地。学院现有一个一级学科“交通运输工程”博士学位授权点和博士后流动站,四个二级学科博士点(交通信息工程及控制,交通运输规划与管理,载运工具运用工程和道路与铁道工程),五个硕士点(交通信息工程及控制,交通运输规划与管理,载运工具运用工程,道路与铁道工程和安全工程与技术),三个专业硕士学位授权点(AMBA,交通运输工程和航空工程)。飞行学院采用航空公司订单式培养模式,保证每一位合格的飞行学员毕业后在航空公司就业。学员的大学前三年在校本部进行飞行专业基础理论知识学习和基本技能训练,第四学年派送到国外飞行学校进行为期一年的飞行训练,并取得中国民航总局认可的符合多发仪表等级要求的国外商业飞行员驾驶执照。学业成绩合格者取得我校本科毕业证书和学士学位证书,毕业后在签约航空公司从事飞行工作。