被《中文核心期刊要目总览》确认为“中国综合性医药卫生类核心期刊”；是“中国科学引文数据库统计源期刊”、“中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊”；被包括中国学术期刊综合评价数据库、万方数据——中国数字化期刊群等在内的国内所有重要检索系统收录，并被荷兰《医学文摘》（EMBASE）、美国《化学文摘》（CA）、英国国际农业与生物科学中心（CABI）文摘数据库、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、波兰《哥白尼索引》等国际检索系统收录。
《第二军医大学学报》是经中国人民解放军总政治部、国家新闻出版署批准，由第二军医大学主管、主办，国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物，1980年6月创刊。
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