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蛋白质不同区域的氨基酸保守性网络分析.常珊李春华龚新奇陈慰祖王存新.【摘要】：正蛋白质功能位点的预测是目前国际上计算生物学研究的前沿和热点,氨基酸的结构、物理化学等界面性质都曾作为主要对象被大量研究,并通过这些参量的组合来确定功能...
想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？比如：我该怎么设置参数，运行结果该怎么解读之类的，自己完全搞不懂啊OTZ。
多序列比对，进化树分析，保守性，密码子偏好性分(1)2018-10-07.2018-10-0722:01:48.阅读1.9K0.前言：假如类鼻疽杆菌中发现有一个感兴趣的gene，想查看此gene在各类鼻疽菌株甚至原核生物和真核生物中是否也表达此gene。.若表达，各菌株之间序列差异大不大，进而...
序列比对.打开MEGA，进入序列比对分析.载入fasta序列.使用Clustalw比对序列，参数默认点OK.跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5',3'端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示-的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）.导出fasta...
例如：医生需做SUOX基因2个位点的的保守性分析（蛋白层面）：37版的(NM_000456)SUOXgene(1096C>T;1376G>A)(R366C;R459Q)，所需比对的物种及样式如图1。.第一步：数据准备.确认各物种的蛋白序列，操作方法如下：进入Uniprot网站.展开全文.搜索后如图2，在下述列表中...
系统进化树分析方法FYI:1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表一般是选择经典的有文献参考的或者地域或年份等特定特征2.找出整个树的root3.由根溯源你的研究株在树中处于什么地位与哪些株进化距离最近4.统筹分析整个树你选择哪部分片段构建的树为什么这样选择作出这样的树能揭示怎样的...
想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？
结果:确定了SARS非结构蛋白,特别是RdRp、Hel、nsP12、nsP13等蛋白在冠状病毒属内部表现很高的序列相似性,同时它们在正链RNA病毒范围内呈现不同程度的保守性。
在基因组GC含量大约50%处,两类氨基酸含量近似相等。在不同物种的十种蛋白质中有三种氨基酸含量变化最小,可以认为是最保守的蛋白质。在分析相应基因发现其GC含量比基因组GC含量变化幅度小,表明保守蛋白质在基因水平也进行调解使其序列更具有保守性。
分析了蛋白质的编码与模式，蛋白质的单序列特征编码；重点阐述了蛋白质序列保守性特征的提取，并对其编码进行了分析，采用滑动窗口法提取了位置特异性分数矩阵特征来表征蛋白质的序列保守性；最后对二级结构、残基可溶性、残基的物理化学特性等信息
蛋白质不同区域的氨基酸保守性网络分析.常珊李春华龚新奇陈慰祖王存新.【摘要】：正蛋白质功能位点的预测是目前国际上计算生物学研究的前沿和热点,氨基酸的结构、物理化学等界面性质都曾作为主要对象被大量研究,并通过这些参量的组合来确定功能...
想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？比如：我该怎么设置参数，运行结果该怎么解读之类的，自己完全搞不懂啊OTZ。
多序列比对，进化树分析，保守性，密码子偏好性分(1)2018-10-07.2018-10-0722:01:48.阅读1.9K0.前言：假如类鼻疽杆菌中发现有一个感兴趣的gene，想查看此gene在各类鼻疽菌株甚至原核生物和真核生物中是否也表达此gene。.若表达，各菌株之间序列差异大不大，进而...
序列比对.打开MEGA，进入序列比对分析.载入fasta序列.使用Clustalw比对序列，参数默认点OK.跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5',3'端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示-的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）.导出fasta...
例如：医生需做SUOX基因2个位点的的保守性分析（蛋白层面）：37版的(NM_000456)SUOXgene(1096C>T;1376G>A)(R366C;R459Q)，所需比对的物种及样式如图1。.第一步：数据准备.确认各物种的蛋白序列，操作方法如下：进入Uniprot网站.展开全文.搜索后如图2，在下述列表中...
系统进化树分析方法FYI:1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表一般是选择经典的有文献参考的或者地域或年份等特定特征2.找出整个树的root3.由根溯源你的研究株在树中处于什么地位与哪些株进化距离最近4.统筹分析整个树你选择哪部分片段构建的树为什么这样选择作出这样的树能揭示怎样的...
想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？
结果:确定了SARS非结构蛋白,特别是RdRp、Hel、nsP12、nsP13等蛋白在冠状病毒属内部表现很高的序列相似性,同时它们在正链RNA病毒范围内呈现不同程度的保守性。
在基因组GC含量大约50%处,两类氨基酸含量近似相等。在不同物种的十种蛋白质中有三种氨基酸含量变化最小,可以认为是最保守的蛋白质。在分析相应基因发现其GC含量比基因组GC含量变化幅度小,表明保守蛋白质在基因水平也进行调解使其序列更具有保守性。
分析了蛋白质的编码与模式，蛋白质的单序列特征编码；重点阐述了蛋白质序列保守性特征的提取，并对其编码进行了分析，采用滑动窗口法提取了位置特异性分数矩阵特征来表征蛋白质的序列保守性；最后对二级结构、残基可溶性、残基的物理化学特性等信息
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