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今天给大家介绍2020年12月22日在arXiv上发表的预印本“TorchMD:Adeeplearningframeworkformolecularsimulations”，该文章的通讯作者是西班牙庞培法布拉大学的GianniDeFabritiis教授。.文章中提出了”TorchMD“，一个混合经典和机器学习势的分子模拟的框架。.文章中所有的力...
[6]聚酰亚胺结构与性能的分子模拟及分子设计的研究[D].潘睿.四川大学2006硕士论文[1]聚合物结晶与导热性能的分子模拟研究[D].唐伟.安徽大学2017[2]基于基团贡献法和分子动力学法预测聚芳酰胺的玻璃化转变温度[D].李永成.南华大学2017
通过计算模拟研究PPI的结构和功能,并设计新型的小分子先导物具有重要意义。本文对两种不同的蛋白-蛋白相互作用进行了计算机模拟,研究了影响相互作用的关键氨基酸残基;同时,通过生物电子等排体原理设计了一种新型的靶向p62-zz结构域的自噬抑制剂。
我们山东师范大学博士学位论文iii计算了孔径的半径随模拟时间的变化。我们执行了操控分子动力学模拟计算自由能谱，即一个水分子通过SF区域的平均力的势（PMF）。我们利用量子力学理论计算出SF区域和一个水分子的结合能。
GPCRs配体小分子的计算机模拟与药物构设.蛋白质从结构上看，是一系列氨基酸通过羧基和氨基缩合失水（即肽键）连接而成的长肽链。.在描述蛋白质的一级结构时，我们以氨基酸残基（-NH-CHRi-CO-）为单位；而在研究蛋白质立体结构时，必须用肽平面（-CHRi-CO-NH...
PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：高质量…
分子动力学诱导拟合利用全原子模拟来增加或减少活性位点口袋的大小。诱导结合的配体的初始姿势能够通过将已知抑制剂对接到靶蛋白的口袋获得。可以在较低浓度配体存在的情况下进行MD模拟，其已被证实能够有效地探测构象空间和发现新的隐蔽口袋，随后进行实验验证。
硕士毕业论文—《费托铁基催化剂的分子模拟研究》摘要第1-5页abstract第5-10页第一章绪论第10-20页1.1研究背景与意义第10-11页
M5G分子模拟平台的建立和蛋白质模型溶液的研究,分子模拟,P2P计算,蛋白质简化模型,微量热计,过量焓。蛋白质相关问题是后基因组时代的研究重点。蛋白质保持特定的三维结构是其行使所有功能的物理基础。随着基因和蛋白质工程技术的...
本文对相变及相变原理的基础理论做了论述,阐明了一些有关相变的定义,分类和相变过程的机理.同时,对分子动力学模拟进行了较全面的说明,如:力场的选取,长程作用力的计算,计算系统模型的简化,常见的水分子力场,积分步长的选取,周期性边界条件等.本文的模拟
今天给大家介绍2020年12月22日在arXiv上发表的预印本“TorchMD:Adeeplearningframeworkformolecularsimulations”，该文章的通讯作者是西班牙庞培法布拉大学的GianniDeFabritiis教授。.文章中提出了”TorchMD“，一个混合经典和机器学习势的分子模拟的框架。.文章中所有的力...
[6]聚酰亚胺结构与性能的分子模拟及分子设计的研究[D].潘睿.四川大学2006硕士论文[1]聚合物结晶与导热性能的分子模拟研究[D].唐伟.安徽大学2017[2]基于基团贡献法和分子动力学法预测聚芳酰胺的玻璃化转变温度[D].李永成.南华大学2017
通过计算模拟研究PPI的结构和功能,并设计新型的小分子先导物具有重要意义。本文对两种不同的蛋白-蛋白相互作用进行了计算机模拟,研究了影响相互作用的关键氨基酸残基;同时,通过生物电子等排体原理设计了一种新型的靶向p62-zz结构域的自噬抑制剂。
我们山东师范大学博士学位论文iii计算了孔径的半径随模拟时间的变化。我们执行了操控分子动力学模拟计算自由能谱，即一个水分子通过SF区域的平均力的势（PMF）。我们利用量子力学理论计算出SF区域和一个水分子的结合能。
GPCRs配体小分子的计算机模拟与药物构设.蛋白质从结构上看，是一系列氨基酸通过羧基和氨基缩合失水（即肽键）连接而成的长肽链。.在描述蛋白质的一级结构时，我们以氨基酸残基（-NH-CHRi-CO-）为单位；而在研究蛋白质立体结构时，必须用肽平面（-CHRi-CO-NH...
PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：高质量…
分子动力学诱导拟合利用全原子模拟来增加或减少活性位点口袋的大小。诱导结合的配体的初始姿势能够通过将已知抑制剂对接到靶蛋白的口袋获得。可以在较低浓度配体存在的情况下进行MD模拟，其已被证实能够有效地探测构象空间和发现新的隐蔽口袋，随后进行实验验证。
硕士毕业论文—《费托铁基催化剂的分子模拟研究》摘要第1-5页abstract第5-10页第一章绪论第10-20页1.1研究背景与意义第10-11页
M5G分子模拟平台的建立和蛋白质模型溶液的研究,分子模拟,P2P计算,蛋白质简化模型,微量热计,过量焓。蛋白质相关问题是后基因组时代的研究重点。蛋白质保持特定的三维结构是其行使所有功能的物理基础。随着基因和蛋白质工程技术的...
本文对相变及相变原理的基础理论做了论述,阐明了一些有关相变的定义,分类和相变过程的机理.同时,对分子动力学模拟进行了较全面的说明,如:力场的选取,长程作用力的计算,计算系统模型的简化,常见的水分子力场,积分步长的选取,周期性边界条件等.本文的模拟
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