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在本论文中,我们首先系统评估了主流分子对接程序在不同类型靶标上的性能,然后针对这些对接程序存在的不足提出了改进的方法和策略,最后将所发展的方法应用于实际虚拟筛选项目并获得成功。.本论文主要研究内容及结果如下:(1)系统评估了包括AutoDock...
分子对接中的主要挑战溶剂处理：保守的水分子水分子的处理仍然是一个挑战，因为很难预测哪些溶剂分子在结合位点是必须的，哪些可以被进入的配体取代。结合位点水分子的稳定性可以基于多晶体结构的分析来确定，或者使用明确的溶剂进行MD模拟确定。
这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研人员的研究现状，只要熟悉这种模式，稍加努力即可发表同等水平的论文。
一：概述分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中，需要与靶酶相互结合，这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到...
上一篇介绍了SwissDock作分子对接的一个案例,本篇介绍如何更好地可视化对接结果.如前面所讲，分子对接的结果的网页展示如下：你可以直接拷屏，将对接的图片截图，放入论文。但是这个图片的分辨率不高。第二种…
蛋白激酶plk1的分子动力学模拟和药物设计、核受体pxr的分子对接与研究.保罗样激酶（Polo－1ikekinase，简称PLK）是一个与细胞周期的调控紧密相关的丝氨酸／苏氨酸激酶家族，在有丝（mitosis）的各个时期以及细胞周期检测点响应中发挥重要的作用。.在PLK的...
ScientificReports｜利用强化学习和对接生成分子，开发新抑制剂.今天给大家介绍的是科学技术院的DongsupKim等人发表在scientificreports上的论文”Autonomousmoleculegenerationusingreinforcementlearninganddockingtodeveloppotentialnovelinhibitors”。.作者开发了一种计算方法...
药物小分子与蛋白质相互作用的光谱及分子对接研究,荧光光谱,紫外-可见吸收光谱,分子对接,相互作用,血清白蛋白。蛋白质是与生命及各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。生物体中的每一个细胞和所有的生命活动,都离不开蛋白质的参与,可以...
通过计算模拟研究PPI的结构和功能,并设计新型的小分子先导物具有重要意义。本文对两种不同的蛋白-蛋白相互作用进行了计算机模拟,研究了影响相互作用的关键氨基酸残基;同时,通过生物电子等排体原理设计了一种新型的靶向p62-zz结构域的自噬抑制剂。
为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。预备知识溶剂模型通常研究的有机生物体系是在溶液（尤其是水溶液）中进行的，水对蛋白折叠、热力学性质有着极为重要的影响。
在本论文中,我们首先系统评估了主流分子对接程序在不同类型靶标上的性能,然后针对这些对接程序存在的不足提出了改进的方法和策略,最后将所发展的方法应用于实际虚拟筛选项目并获得成功。.本论文主要研究内容及结果如下:(1)系统评估了包括AutoDock...
分子对接中的主要挑战溶剂处理：保守的水分子水分子的处理仍然是一个挑战，因为很难预测哪些溶剂分子在结合位点是必须的，哪些可以被进入的配体取代。结合位点水分子的稳定性可以基于多晶体结构的分析来确定，或者使用明确的溶剂进行MD模拟确定。
这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研人员的研究现状，只要熟悉这种模式，稍加努力即可发表同等水平的论文。
一：概述分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中，需要与靶酶相互结合，这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到...
上一篇介绍了SwissDock作分子对接的一个案例,本篇介绍如何更好地可视化对接结果.如前面所讲，分子对接的结果的网页展示如下：你可以直接拷屏，将对接的图片截图，放入论文。但是这个图片的分辨率不高。第二种…
蛋白激酶plk1的分子动力学模拟和药物设计、核受体pxr的分子对接与研究.保罗样激酶（Polo－1ikekinase，简称PLK）是一个与细胞周期的调控紧密相关的丝氨酸／苏氨酸激酶家族，在有丝（mitosis）的各个时期以及细胞周期检测点响应中发挥重要的作用。.在PLK的...
ScientificReports｜利用强化学习和对接生成分子，开发新抑制剂.今天给大家介绍的是科学技术院的DongsupKim等人发表在scientificreports上的论文”Autonomousmoleculegenerationusingreinforcementlearninganddockingtodeveloppotentialnovelinhibitors”。.作者开发了一种计算方法...
药物小分子与蛋白质相互作用的光谱及分子对接研究,荧光光谱,紫外-可见吸收光谱,分子对接,相互作用,血清白蛋白。蛋白质是与生命及各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。生物体中的每一个细胞和所有的生命活动,都离不开蛋白质的参与,可以...
通过计算模拟研究PPI的结构和功能,并设计新型的小分子先导物具有重要意义。本文对两种不同的蛋白-蛋白相互作用进行了计算机模拟,研究了影响相互作用的关键氨基酸残基;同时,通过生物电子等排体原理设计了一种新型的靶向p62-zz结构域的自噬抑制剂。
为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。预备知识溶剂模型通常研究的有机生物体系是在溶液（尤其是水溶液）中进行的，水对蛋白折叠、热力学性质有着极为重要的影响。
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