软件著作权是证明文件 不会和发表论文起冲突 不过我建议还是和著作权人沟通一下
没有软件版权可以发表论文。这个论文不能以软件为主体，应该是以软件中的主要算法为主体，发表的论文是算法的论文而不是软件的论文。另外，如果你所用的发表论文的观点来自于软件，那么也就不用发表了，这个论文的创新性应该没有了，都出产品了也就不用研究了。
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yanjinshujie
