发表论文需要有软件版权吗

不可以。经过授权仿真软件的版权可以写毕业论文，没经过授权不可以写毕业论文。毕业论文按一门课程计，是普通中等专业学校、高等专科学校、本科院校、高等教育自学考试本科及研究生学历专业教育学业的最后一个环节，为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前总结性独立作业、撰写的论文。

pymol写论文不需要版权。根据Pymol的官方使用条款，Pymol进行学术研究或教育用途，可以免费使用Pymol软件，无需支付任何版权费用。将Pymol生成的图像用于商业用途，例如在出版物中使用，那么需要购买Pymol的商业使用许可证并支付相应的版权费用。