我国的城镇居民基本医疗保险（简称居民医保）、新型农村合作医疗（简称新农合）推行近二十年以来取得了巨大成就，截止到2015年，我国有2.71亿城镇居民、8.02亿农村居民分别参加了城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗，基本实现了城乡居民医保的全覆盖，为保障城乡居民的生命健康发挥了巨大作用。然而，由于种种原因，现行医疗保障模式仍然是城乡分开的管理体制模式，城镇居民医疗保险和新农合在保险人缴费水平、财政补助标准和保障待遇水平等方面都存在着较大的差别。在我国城乡统筹发展的背景下，医疗保障制度的城乡整合势在必行。为保障现在正在全国推进的城乡居民医保整合得以顺利推进，就需要对新农合与居民医保的衔接模式进行一定的研究。
一、阻碍新农合与城镇居民医保整合管理的因素
（一）基于城乡二元户籍制度的医保体制设计
我国现行的医疗保障制度主要从户籍属性出发进行设计的，把农民、城镇居民分别纳入不同的保障模式，两种模式的个人参保缴费标准、总筹资水平、报销比例、报销范围都存在差别。这种分割管理的体制模式对于农村居民的保障水平范围明显低于城镇居民，这事实上是對农村居民的一种不公平。这种按照城乡二元化户籍制度设计的制度，难以适应城乡庞大的流动人口医疗保障需求，也难以适应市场经济和城市化快速发展的趋势。
（二）管理体制分化增加衔接难度
为我国广大农民群众提供医疗保障的农村合作医疗一直以来都是由各地的卫生部门负责管理的，城镇居民医疗保险则则一直是由劳动保障部门负责管理。这就形成了同为我国的社会医疗保障工作，但是农村和城镇的医保工作却分别归属于两个部门管理的局面。这种城乡分割的医保制度缺乏紧密的内部联系和统一的管理办法，增加了管理人员岗位设置和各种管理成本。
（三）地区经济发展不平衡阻碍衔接进度
由于自然条件、地方政策等原因，我国的经济发展水平呈现出东高西低的不平衡性。从当前新农合与居民医保的发展来看，财政实力较强的地区发展较好，而筹资问题仍旧是影响欠发达地区医保工作开展的主要原因，其中的关键就是经济发展水平较低地区当地政府承担医保资金能力有限。两种制度整合以后，为了提高农村居民的医保待遇可能需要各地政府支出更多地财政资金。因此，经济发展的不平衡是建立城乡一体化医疗保障制度的客观障碍。
二、新农合与城镇居民医保整合一体化的基本方式
新农合与城镇居民医保的整合涉及到的人员众多，各种社会群体的情况也千差万别，因此这是一项非常复杂和繁巨的工作。需要区别不同群众的具体情况采取适当的整合方式。
（一）农村务农人员的整合
对于原地务农人员，当地政府可以在现有新农合的基础上，依据居民实际承包的耕地（林地）面积以及每个家庭实际人均收入对其进行分组，合理划分出高档、中档和低档。高档组的农民，可直接纳入当地居民医保，个人缴费标准与居民医保相一致；对于中档者，可在原新农合缴费标准基础上适当提高其个人缴费额，并视情况适当提高或保持新农合的国家补贴标准，也可以考虑使用集体扶持资金，使他们的总人均筹资水平与居民医保保持一致；对于低档组的农民，可以保持甚至降低其原有当地新农合个人缴费标准，各级政府要加大财政救助力度，将其纳入居民医保的保障，享有同参保居民同等的保障水平。
（二）被征用土地农民的医保衔接
随着我国和城市化的逐步推进，农村土地被当地政府大批征用，许多农民成为既无地又不同于城镇市民的无地、无业、无保障人员。对于这一部分群体，首先是改革和完善农村征占土地的程序和方式，给予被征地农民合理补偿。在此基础上，多渠道筹集保障经费，按不同年龄段分类办理：达到法定退休年龄者，征地补偿费按照一定的折算方式按月发放，每年年初从征地补偿费中扣除本年度居民医保该年龄段个人缴费部分，政府的补贴资金参照居民医保的规定；对于劳动年龄段的农民，可以按现行居民医保该年龄段参保居民的个人缴费标准，从征地补偿费中逐年划入居民医保统筹基金。
（三）城镇居民的医保制度整合
城镇居民中大多数普通居民在整合后可以保持原有个人缴费标准和政府补贴标准不变，对于为数众多的城市于自雇型低收入重体力劳动者、个体手工业者等城镇灵活就业人员，居民医保是为他们提供基本医疗保障，减轻生活压力的较为理想的选择，也应当视情况给与一定的扶助。特别是对于城镇居民中的重残人员、低保人员等群体，个人缴费部分应该适当予以减免。除此之外，重要的一点事也要把进城务工农民工纳入城乡居民医保框架之内。
在城乡一体化发展的现实背景下，医疗保障制度的城乡衔接整合是“统筹城乡发展”中的一个重要内容，通过建立一体化的城乡居民医疗保险体制，可以为大量农村转移至城市中的劳动力提供更方便，保障水平更高的医疗保障，也实现了医疗保障的公平性，同时，也可以减少政府冗余人员，减轻财政负担，提高政府工作效率。
