农村税费改革对于进一步理顺国家、集体、农民的分配关系，切实减轻农民负担，调动和保护农民生产的积极性，改善农村党群干群关系，确保农村社会稳定，促进农村经济和社会事业发展具有深刻意义，深受广大人民群众的拥护。从试点情况看，改革的效果十分明显，但也有一些新问题逐渐显露出来。
一、 税赋平等没有实现，税费改革有待深入。
要使农村税费改革真正成为一次具有划时代的革命，使农民取得平等的经济地位，必须改革农村生产关系，改变现行的工农之间、城乡之间的利益分配格局。把农民和工商业户平等对待，一视同仁，享有平等的权利与义务，使农民能够自由经营，自由交换，公平纳税，公平城乡居民的税负是深化农村税费改革的必经之路。
农村税费改革，已逐步实现了以税收为主的分配制度，建立了简便易行、利于操作的征收方式，把农民负担逐步纳入规范化、法制化的管理轨道。但由于历史原因我国一直实行城乡二元税制，对农村仍实行一套独立的农业税制。农民的税收负担（特指从事农业生产的农民所负担的农业税收）主要是指农业税、农业特产税、屠宰税。这种城乡二元税制结构实际上掩盖了城乡居民负担的差距。具有关专家测算，城镇居民年收入在9600元以下不用纳税，城镇居民工薪阶层年收入在15600元以下，个体工商户年收入在12600元以下，其税收负担率平均不超过2%。城镇居民无收入或低收入者不纳税。而农民交纳农业税收虽然也可享受减免优惠。但除少数弱势群体外绝大多数农民并不象城市纳税人那样享受税收起征点的保护，普通农业税收纳税人即便遇到自然灾害，减免的原则也是“轻灾少减，重灾多减，特重灾全免”，这种偏向城市的二元税制结构实际上使城乡居民税收负担相差较大，在一定程度上挫伤农民的生产积极性。
因此应本着公平与效率的原则深化农业税制改革，达到统一城乡税制，巩固农村税费改革成果的目的，改革思路是：均衡城乡负担，国民平等纳税，统一工农税制，农业税负从轻。鉴于农村纳税人人数众多且分散以及征管力量有限，建议分三步走：第一步，以减轻农民负担为中心，对现行农业税与农业特产税制度进行局部调整。具体措施是：取消乡统筹费、农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费、政府性基金和集资项目；取消屠宰税；取消统一规定的劳动积累工和义务工。适当调整农业税政策，以第二轮土地承包为依据，核定农业税计税面积，并以各地近五年主要农作物平均产量和规定的比例折算标准粮后核定农业税常年产量。适当提高农业税实际负担税率，实行不超过7%差别税率。这一步与目前进行的农村税费改革试点内容基本一致，许多地方已基本搞完，取得了阶段性成果。第二步取消农业特产税，将其归并到农业税中统一征收，进而逐步减少农业税税负并最终取消农业税。将原农业特产税品目中的园艺作物、水产品、林木产品等按照各地农村税费改革后规定的农业税税率征收，应保证改征农业税后的负担水平低于原农业特产税的负担水平。改征农业税的农业特产品的计税收入原则上参照粮食作物的收入确定。在归并过程中尤其应注重作为农业税计税依据的常年产量的统一核定工作，常年产量的统一核定应坚持公开、公正、公平的原则，一是常年产量要真正体现是根据土地的自然条件和当地一般经营情况所评定的正常年景下农作物的产量；二是坚持因地制宜、民主测评、透明公开、不搞暗箱操作；三是同区域、同类型、同等级土地的常年产量应大体一致，特别是同一土地条件下不应因所种植作物品种的不同而使常年产量产生差异，特别是应坚持对利用耕地和园地生产农业特产品的纳税人按照当地同等土地条件的粮食作物的常年产量确定计税收入的原则。在征收方法上也应与原农业特产税的征收方法相衔接即因地制宜地采用查帐征收、核定征收及代扣代缴等方式。将农业特产税归并到农业税中统一征收后，可采取逐步降低农业税计税价格或调低农业税税率的方式使农业税的税收负担水平逐年成下降趋势，并在条件成熟时完全取消农业税。第三步，城乡税制完全统一。把企业和个人的农业生产经营所得分别纳入企业所得税和个人所得税的征收范围, 同时对农业商品收入按其增值额征收一定增值税，把农业经营的增值税税率由零税率改为优惠税率，另外农民从事其他生产经营活动所取得的应税收入按国家统一税收制度的规定，交纳各税。税制统一后，对农业经营从税收政策上给予一定优惠也是十分必要的。
二、“一事一议”难以推行，民主理财任重道远
按改革办法规定，取消村提留后，原来按农民人均收取的公积金和公益金不再向农民收取，村内兴办公益事业所需资金，采取“一事一议”的办法来解决，由村民大会民主决定。这一规定是基层实行民主理财的尝试，是今后基层财政发展的方向。但在实践中，“一事一议”往往走向两个不同的极端——不是太讲民主，“有事难议”；就是不讲民主，“有事不议”。据调查，“有事难议”的情况比较普通，不少村开会议事，却招集不齐人来；有的村开会需要给钱村民才去参加，否则怎么也叫不到，或参加人数不够事情也谈不了；有的村开会村民倒是参加了，但为了一件小事大家争来争去，形不成统一的意见，不要说难过2/3，就连半数也不容易过，谈而不绝的事情常常发生，只得重新开会，这样不但增加了开会成本，而且使村民对“一事一议”这种形式产生质疑。同时，“有事不议”的现象也不乏其例。有的村将所办公益事业的预算方案未经村民大会或村民代表大会讨论通过，就直接向农民筹资。
“一事一议”在现阶段操作难度较大，究其原因，主要是基层民主还处于初级阶段，村民对民主的认识还不够，加上有些村干部的工作方法比较简单，使“一事一议”制度在实践中走形，使好的制度达不到好的效果。实行“一事一议”制度是推行基层民主理财的有益尝试，大方向是正确的，必须坚持，并采取相应措施加以改进。一是要加大政策宣传力度。让农民真正了解政策，当家作主。二是要严格“一事一议”筹资程序。“一事一议”筹资必须按照有关程序进行，村民委员会要根据实际情况编制所办公益事业的预算方案，筹资方案必须经2/3以上村民代表会议通过，杜绝达不到法定人数乱议，更不能违反政策乱议。三是提高“一事一议”资金的透明度。在每项“一事一议”筹资中，从预算、议事、筹集到使用、结算的各个环节，都要逐笔逐项的公布于众，让群众了解整个工程和资金的使用情况，使群众对“一事一议”筹资款项“交的舒心，用得放心”。四是要加大督查力度。首先督查“一事一议”筹资的准备工作，看准备工作做得实不实，群众是否家喻户晓、人人皆知；其次是督查“一事一议”筹资的议事工作，看村委会提出的方案符不符合当地的实际，村民代表大会的召开是否流于形式，参加的人数是否达到法定人数，表决人数是否达到法定标准；最后督查“一事一议”所筹款项的管理工作，看所筹资金是否实行专户储存，专人管理，专款使用。
三、乡村负债沉重，债务难以盘活。
由于历史遗留问题较多，多年来农村兴办农田水利设施建设、农村基金合作会、农业开发等生产公益事业，以及兴办工商企业等原因形成乡村大量负债现象。农村税费改革前，乡村除从经营性收入外还要从收上来的乡统筹村提留中拿出一部分来偿还债务。改革后，取消了乡统筹和筹资，乡村可用财力下降，筹资数量和筹资数额减少，偿还能力受到很大限制，偿债压力非常大。
因此应加强农村财务管理，多措并举，妥善解决乡村债务。应主要从四点出发：一要核实情况，要全面清理核实债权、债务，搞清债权、债务的数额及形成原因。二是要界定责任，分清债务责任界限，将债务具体落实到债务人，明确规定哪项债务具体由谁负责。三是要划分类型，根据债务形成的不同性质，明确划分出哪些是由乡村形成的债务，哪些是由农户形成的债务。四是分类处理，对不同性质的债务要用不同的方式解决，对于乡镇负责的债务，可根据乡镇财力状况，分年逐步还清；对应该由村负责的债务，可用村集体经济收入分期、分批偿还；对于改由农户承担的债务，应根据农户的不同经济条件采取不同的处理方式，对于有能力偿还的，应加大催收力度，对偿还确实有困难的，可视情况分年度收取；对确实无法收回的呆账、死账，应按规定核销。对待各种债务应采取灵活多样方式解决，如经当事双方同意除采用现金外可用劳务、实物低债或实行“债转股”、停息挂帐等方式。今后应要严格控制新增负债，乡村兴办公益事业必须考虑乡村经济发展水平和承受能力，防止新的债务产生。
