党的十六大把“社会更加和谐”作为全面建设小康社会的目标之一提了出来。就当前的中国社会发展而言，切实提高构建社会主义和谐社会的能力，一个重要内容就是要注意农村阶层关系的新变化。 农村基本的阶层结构和阶层关系变化对快速城市化进程中的中国社会未来发展有重大影响。解决“三农”问题的政策不仅要关注价值取向，还要关注政策受众的预期、后续行动以及社会环境变化的综合效果，要特别注意城市化进程中那些表面上有积极意义但在实际中激化阶层冲突的地方政策和社会行动的消极影响。政府在制定农村政策和实施时，需要注意农村的阶层结构变化和阶层关系特点。如果忽视后者，一些本来是促进农村发展、维护农民权益的设计可能产生和预期相反的社会效果。
近两年的一些农村调查表明，农村的阶层结构和阶层关系已经发生了一些新的变化，农村的阶层关系、社会矛盾也因此出现了不同的阶段特点。改革开放以来农村的社会阶层结构变化可以分为三个阶段。 第一阶段是20世纪80年代。这一阶段中国农村社会变迁的特征是：社改乡镇、联产承包和乡镇企业；这一时期农村社会分化为八个阶层，八个阶层在村落社会都有生存空间，因此这一阶段的农村阶层层次丰富，阶层关系体现为多组关系。这一时期的阶层矛盾的主要表现是：围绕“三提五统”形成的农村干群矛盾；围绕村庄集体经济和集体资产形成的村集体企业与村民的矛盾。前者是农民负担问题，后者是村民自治问题。由于村落内部多组阶层关系同时存在，矛盾的产生和解决在相对独立的阶层关系领域内发生、形成并解决，综合层面矛盾的聚集和积累现象并不是很严重，能够整合农村各种力量集中表达的矛盾并不明显。 第二阶段是20世纪90年代。这一阶段中国农村社会变迁的基本内容是：农民对社会生活的全面参与，民工潮形成规模；改制后的乡镇企业由以前追求社会就业和社区福利的社区利益最大化转变为单纯地追求企业利润，丧失了社区内部共同体成员以工业反哺农业的职能；资本对乡村生活的全面渗透，农业生产市场化水平和农村社会生活的货币支付水平显着提高；国家权力对村社组织和权力的制度安排和规范建构，村民自治成为农村社会的基本制度，村务公开特别是其中的财务公开成为农村干群关系的焦点。这一时期农村社会阶层的基本结构是80年代中期农村中比较全面的阶层结构出现了简单化的趋势，农民工外出打工，乡镇企业家进入城镇工业小区，城市扩张已经开始规模化地汲取农村资源，对农村土地的占用开始形成压力。从90年代开始，小城镇发展占用农村土地成为农村的主导性社会矛盾，农村基层干部和村民的关系趋于紧张。 第三阶段是“十五”期间。这一阶段全国的城市化进程迅速，城市占用农村土地形成高潮，农村人均耕地面积急剧减少。城市化进程与农村人口就业水平脱节发展，农民从事种植业和养殖业的市场风险增大，农民收入波动大，不稳定。城市户口对农民的吸引力降低，农民进城更多的是追求就业和让子女上好的学校。城市劳动力市场逐步形成，农民工就业竞争加剧，对劳动力的技术素质要求逐步提高。上述几种因素叠加，农民对土地分外珍惜。这一时期农村社会出现了阶层结构的简单化和阶层关系的简单化。一是乡镇企业脱离农村社区向城镇工业小区集中，以前农民可以通过在家门口的乡镇企业兼业上班的不完全就业形式的比例下降。二是工业离开农村后对于农村社会结构的影响。由于乡镇工业向小区和城镇集中，私营企业主、村办企业厂长阶层在村内日常生活和经济生活意义上的阶层互动关系明显减少，这是一个新的发展趋势。农村社会的“私营企业主—雇工”、“集体企业厂长—职工”阶层关系组被瓦解。三是资本和行政权力占用农村土地、占用农村资源的压力呈加剧趋势。这一时期以前的利益对立阶层出现了联盟的趋势。外出劳动力和外出的企业家和经理阶层对于农村的土地资源仍然十分重视，对于土地的共同利益成为这两个身份仍在农村但已经脱离农村日常生活领域的以前的对立阶层形成共识，有钱出钱、有力出力形成了一股有压力的集体行动。费改税后，乡镇财政直接从农村提取丧失了合法性依据，由此导致农村阶层矛盾的新特点就是：阶层关系简化，资源保护意识增强，集体行动的意识和力量对于村内占用资源和城市占用农村资源的要求有强烈的排斥感和集体行动能力。加上90年代的矛盾积累以及已经经历的周期性收益损失的比较，村落矛盾体现出集中化和规模升级的趋势，村民对占地不满的表达方式集中，力度加大。
村民自治的制度设计对解决这一阶段的矛盾不是十分有力和有效。土地承包法承认土地的乡村集体所有性质和农民对于土地的承包经营权。但是在城市化扩张的名义下，村改居后农民的身份变化了，农民对于土地的权益关系的合法性丧失，在城市化中由于土地资源股份化后形成的新的集体经济管理已经不能简单地使用村民会议和村民代表会议的民主表决制度来决策，土地转换后的集体财产以股份制资产存在形式对于增值和亏损可以说都具有合法性，在这样的条件下用村务公开的形式保护村民的权益，已经很难达到政策设计时的预期效果。要构建社会主义和谐社会，要提高执政能力，就要对于近年来农村的社会结构和城乡关系的一些质的变化增强敏感性，需要从制度供给及社会结构制度两个方面同时关注。