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一.选题一篇论文的好坏与选题有着直接关系，如何找到一个好的选题，最简单直接的方法由导师来定，但导师确定的选题可能未必是你感兴趣的，最好的方法还是自己来选。但这里立马又面临一个问题，我也不知道自己对什么感兴趣？那该怎么办？方法只有一个，读文献，读大量的文献，读的文献多了，慢慢的你就会找到自己感兴趣的课题。找到感兴趣的课题之后呢？别着急，继续读文献，不过此时就有一定的方向，不会像刚开始那样漫无目的了。读文献也有小技巧，建议先读综述，后读硕博论文，再读期刊，读期刊的顺序是先中文，后英文。对于一些优秀的论文或者该方向重要的参考文献要精读，这些文章以后可以引用到你的论文中。二.实验通过读文献，想必你已经有了一些idea了，接下来就是通过实验来验证你的想法。但是做实验可能没你想的那么简单，第一个困难就是初来乍到你没设备，设备都牢牢把在师兄师姐手里。当然你可以买，除了涉及买仪器报帐、等实验设备外，太贵的设备申请未必会批。所以简单的方法就是找师兄师姐“借”，夸师兄帅，夸师姐美，最后能不能借到就看你嘴甜不甜以及师兄师姐的心情了。当然在做实验前先列一个清单，避免做着做着发现不是少这就是缺那，否定买仪器试剂会耽误你大量的时间。三.论文写作如果你的实验很成功，并且有那么一个个小的创新，恭喜你欢迎来到写作关。前面提到一篇论文的构成由题目、作者、摘要、关键词、正文、结论、参考文献等部分。没写过不会写怎么办，方法还是读文献，看看别人怎么写的，然后仿写。这里有几点要提醒你注意：1.正常看待前人的研究成果，不要刻意贬低别人借此抬高自己，不要使用第一次，首先发现，前人未曾研究等词汇，就如今来看，不管你研究方向多偏僻，都不可能这一方向只有你一人做。2.引用参考文献要中英结合，最早研究这一方向和最近5年的论文一定要引用。3.引用你导师和课题组其他人的文献，对于组内他人的研究成果不要假装视而不见或闭口不谈，引用组内他人文献这体现了课题组的学术传承。四.投稿经过了无数次的修改，终于写出了一篇像样的稿子，下面就要投稿了。投什么期刊要从以下几个因素考虑：影响因子、期刊类型、投稿时间、版面费等。研究生在这方面基本属于小白，没关系，别忘了，你还有个导师呢。求助于你的导师，让他帮你推荐跟据你写的内容投哪个期刊中的可能性更大。由导师作为通迅作者可以省去许多麻烦。投稿之后就是漫长的等待，少则一月，多则半年，但大概率你会被拒稿，平常心对待。拒稿之后根据修致意见修改，然后投其它期刊，然后又是漫长的等待。切记不要论文造假，否则这将是你一生的污点。
根据自己的科研论文内容，研究方向，选择对应的发表期刊。请点击输入图片描述选择期刊。确认期刊的合法规范性。可以通过搜索杂志之家查询系统来确认其登记注册信息。请点击输入图片描述选择发表机构。可以通过工商局查询系统，尽量选择规模大，口碑好的机构。请点击输入图片描述沟通，达成发表协议。根据编辑或者审稿专家要求，修改论文，达到科研论文发表要求。请点击输入图片描述完成后，再过1-3个月就能够成功发表了。同时会受到当期样刊。请点击输入图片描述
网络上有很多论文发表网站，很多作者由于着急发表论文，而选择通过论文发表网站去发表论文。
但是由于利益的驱使网络上充斥着很多假刊，甚至一些论文发表网站还推荐假刊给作者发表，有的甚至取作者论文发表费用然后消失。
针对这种情况，发表论文前，作者一定要认真辨别期刊真伪，了解论文发表网站的信誉，口碑，不盲目轻信论文发表网站和假刊的一些过度宣传，避免上当。
选择发表期刊前，要去新闻出版总署查看期刊的备案情况，再去相关的数据库查看期刊的收录情况，确保期刊正规合法，同时具备国际刊号ISSN号和国内统一刊号CN号，而不要被那些打着香港刊号或者书丛号的期刊所蒙蔽。
论文发表的介绍：
1、论文发表的介绍
学术论文首先应当具有独创性。要在论题涉及的范围内，言他人所未言，提他人所来提。要有所创新，有所发现，要有独特的、合乎客观实际的看法。
只是重复、模仿别人的意见，称不上学术论文。如在社会科学领域内，独创性常见于这样三条途径：
（1）结合新的社会实践对以往理论加以继承和发展，如，在社会主义建设中，结合中国国情，对马克思主义的完善；
（2）对新发现的资料加以研究，史学、考古学的研究常常如此；
（3）通过搜集、整理前人已有的成就的途径获得新结沦，例如哲学史、语言史的研究。
论文条理清晰结构合理，具有较强的说服力和感染力，深刻揭示客观事物的内部联系和规律，也就是言之有理，言之有据，言之有序。
专业性是指论文从题目、选材到文字表达，都要具有某一学科、专业的特色，要摸透“行情”，用“行话”，如图书馆学的论文常常要运用款目、标注、二次文献、情报检索语言等专业词汇。
法学论文则常用法人、主体意志、仲裁、诉权、罪行法定主义等等。学术论文不必人人都看懂。好的学术论文是独创性、科学性、专业性高度的统一和结合。
2、论文发表的必要性
随着学习及工作的深入，学习者及从业者对本专业及行业会有深入的研究，而研究水平的衡量标准则体现在了论文发表上。
即，要求在公开发行的学术期刊或报纸上发表具有一定学术价值的论文。论文发表，成了考量从业者水平的一个不可或缺甚至尤为重要的标准。
发表论文，有哪些需要注意的问题，论文发表有2种方式，一种是直接向杂志社投稿，一种是通过论文代理或期刊采编中心投稿。这2种方式，费用方面基本差不多，都是社里统一定的价格。
期刊采编中心或论文代理的优点至于大体差不多的文章，都基本可以安排通过审核，而且审核时间短，一般在2-5个工作日内就安排审核并给予答复了。
主要是采编中心是采用的集中递稿方式，一般采编中心都有编辑，会事先对论文做下初步审核，能帮修改完善的文章都会帮助修改完善。
再加上跟社里较熟，论文能通过的，社里一般不会为难。而对于直接投稿杂志社，审核比较慢，通过率低些。很多核心期刊，稿件投递后基本就是石沉大海。
3、论文发表格式
撰写论文，一定要遵循一定的格式，这样看起来一目了然，条理清晰。
1.在实际写作职称论文的过程中，则灵活运用，根据实际情况。最好开头有个引言部分，说一下目前的形势啊什么必要性的，引启性的开个头，再展开下面的论述。
2.论文要分条目展开，要条理清晰，层次分明，比如上文中，大条目下面都有小条目，看上去非常清晰。大标题用加粗突出显示，大标题后面不能有标点符号。
摘要控制在220字符内即可，最好能概括下全文的内容，切忌把开头当摘要，把文章标题罗列出来当摘要。关键词，3-5个为宜。
想要发表科研论文，首先要找准自己的方向，找到自己的题目。另外就是写出一篇高含量的科技论文，然后找到合适的期刊发表。
论文往往是针对某个点展开的研究，针对性比较强，而研究报告的覆盖面就比较广了，没有特别针对某个点。研究报告是简单陈述，将研究过程、研究成果客观真实的表述出来，从内容上说较为客观，没有主观性的内容，而论文则是经过作者一些列的实验、整理、分析得出自己结论和观点，主观性内容比较多。SCI论文润色可以找我们辑文编译，我们有原始数据
论文发表是发表你的学术论文在正规拥有刊号的国家机关或者认真组织举办的期刊上正式发表你的学术观点。会被各大学术资源网站收入以及检索的。研究报告就是自己写着玩自己看看就行。
发表论文和研究报告有什么区别?一个纯理论，一个偏实践。
两者有着根本的区别。
第一、写作目的来看，学术论文是以阐述作者的科学见解为目的，是探求新理论、新论点、新解释、新规律的；而研究报告则以报道研究结果和进展为目的。从题目上来看学术论文具有更高的学术价值。
应该指出的是所有的研究成果都能写成研究报告，但不一定都能写成学术论文，因为研究结果的素材不一定都能满足形成新见解的要求，绝大多数的研究结果都是以研究报告的形式发表。
第二、内容要求上，学术论文是记叙研究课题中最富创造性的部分，是选用最精彩最具说服力的、与论证内容有关的数据，经过科学整理、综合分析、判断推理，以形成论点，因此在写作上应包含三个基本要求：
明确的论点、充足的论据、科学的论证，而不应包括一般过程的论述，不应包括与论点无关的具体观察所得；而研究报告则是科学研究结果的真实记录，包括整个工作的重要过程、方法、观察结果及对结果进行讨论等细节。
第三、在资料引用上，鉴于学术论文有以上两个特点，为了建立自己的新论点和新见解，它不仅需要利用本课题的研究成果，而且可以引用前人以及不同学科的研究成果、数据。
而研究报告则只能如实的报告本课题的观测所得，都是第一手资料，它除了前沿和讨论部分引用必要的参考文献外，一般不能也无必要在正文中引用他人的数据，因为它不要求做观点上的论述，也不一定承担课题的最后结果，这样来看，研究报告具有更强的资料价值。
第四、在撰写格式上，学术论文的一般格式为：题目、作者、作者单位、摘要、前提、正文、结论、参考文献、后附英文摘要，但由于其论述的内容不同，它具有比其他科技问题更复杂、更多样化的表现形式，没有股东的撰写格式；而研究报告的写作格式大体相容。因此可以说学术论文是科研成果的高级表达形式，而研究报告则为科研成果的一般表达形式。
第五、在保密性上，学术论文因着重于解释事实和进行学术上的探讨，一般不涉及保密问题；而研究报告侧重于报告事实，内容比较具体，因而保密性较强。故对于公开发表的研究报告则要对技术关键部分和需要保密的数据做适当的处理，有的甚至暂不发表。
第六、在发表时差上。由于学术论文要形成新的观点，就需要充分的占有材料，要进行严密的逻辑认证，有时甚至还要做些补充实验。因此，撰写难度较大，费时多，发表较慢；而研究报告由于是对研究结果如实的描述，并且不一定要形成论点或得出结论，因此，写作速度较快，发表也较快。
扩展资料
下面先说几条基本原则
1、先要以事实为依据
研究报告中列举的全部数据和例子，都应该是千真万确的事实，绝不可有半点虚假，不能编造，不能无中生有。报告中对教育现象的因果关系分析，对教育原理和规律的探索，也都要以事实为依据。科学研究报告中的每一句带有判定性的话。
都必须在足够的、可信的、有说服力的事实基础上得出。当然，科学研究报告中也必须把研究问题时所需要的大量事实材料跟撰写报告时应引用的最有说服力的事实材料区分开来。有些事实材料，如与研究的主题扣得不紧，应当忍痛割爱；有些事实材料，应当尽量制作成表格、图例以及其它直观形式。
2、内容的阐述有逻辑性
实证性研究报告的内容阐述与研究工作的逻辑发展顺序是大体一致的，为了确保研究报告的逻辑性，我们应当首先考虑整个研究工作的发展顺序，然后再考虑报告的表达方式。研究报告内容的逻辑性是整个研究思路逻辑性的写照，没有一个好的研究基础，好的科研报告是怎么也写不出来的。 科学研究报告必须绝对如实地反映客观情况。
3、引用文献资料要注明出处
在教育科研报告中完全可以引用，采纳别人的科学研究成果，但必须尊重别人的劳动。一方面应实事求是地评价，实实在在地引用；另一方面，不应当把别人的成就变为自己的东西。所以在研究报告中凡有引用别人的材料、研究成果或观点性词语，必须加以注释或说明，以向读者示知成果界限。
参考资料来源：百度百科-学术论文
参考资料来源：百度百科-研究报告
1． 从“因寺名镇”到“因寺成镇”——南翔镇“三大古刹”的布局与聚落历史，《历史研究》2012年第1期2． 海外之变体：明清时期崇明盐场兴废与区域发展，《学术研究》2012年第5期；3． 明清嘉定的“折漕”过程及其双面效应，《学习与探索》2012年第3期；4． 从“因寺名镇”到“因寺成镇”：南翔镇的聚落格局与历史，《中国社会科学文摘》2012年第6期；5． 清代日记所见江南地区的水运，《华北水利水电学院学报》（社科版）2011年第1期；6． 百姓日用而不知：明洪武十四年后户帖的流传，《历史教学》（高校版）2010年第12期；7． “插花地”的命运：以章练塘镇为中心的考察，《史林》2010年第3期；8． 赋役、水利与“专业市镇”的兴起——以安亭、陆家浜为例，《中山大学学报》2009年第5期；9． 《英国公共档案馆档案》所见清末汕头两次争地始末，《清华大学学报》2009年第4期；10. 神庙界域与乡村秩序的重组——吴江庄家圩庙考察报告及其初步研究，《民俗研究》2008年第2期；11. 庄家圩刘王庙と村落社会，载太田出、佐藤仁史主编：《太湖流域社会の历史学的研究》，日本汲古书院2007年；12. 赈饥与县级以下区划的变化：明清嘉定宝山基层行政之运作，载李文海、夏明方主编：《天有凶年：清代灾荒与社会》，生活·读书·新知三联书店2007年；13. 明清江南基层区划的传统和市镇变迁——以苏州地区为中心的考察，《历史研究》2006年第5期；14. 明清江南市镇与农村关系史研究概说，《中国农史》2005年第2期；15. 清代江南的“ 一田两主”制和主佃关系的新格局——以苏州地区为中心，《近代史研究》2004年第5期；16. 清至民初嘉定宝山地区分厂传统之转变——从赈济饥荒到乡镇自治，《清史研究》2004年第2期；17. 清代苏州地区的村庙和镇庙：从民间信仰透视城乡关系，《中国农史》2004年第2期；18. 分房原则在日常生活之呈现——以分湖柳氏大胜三墙门为中心，载张国刚主编：《家庭史研究的新视野》，生活·读书·新知三联书店2004年4月；19. 在城与在乡：清代江南士绅的生活空间及对乡村的影响——以吴江震泽为例，载黄宗智主编：《中国乡村研究》第二辑，商务印书馆2003年12月；20. 清代江南社区赈济与地方社会，《中国社会科学》2001年第4期；21. 宗族与义仓：清代宜兴荆溪社区赈济实态，《清史研究》2001年第2期；22. 清代江南地区社区赈济发展简况，《中国农史》2001年第1期；23. 明清时期虫灾考述，《农业考古》2000第3期；24．略论明清南京地区的市镇发展，《中国农史》1999年第3期；25．关于明清生态环境变化和农业灾荒发生的初步研究，《农业考古》1999年第3期；26. 清代南京地区农村经济初探，《古今农业》1999年第2期；27．明清时期苏松地区的乡村救济事业，《中国农史》1998年第4期；28．清代嘉定宝山地区的乡镇赈济与社区发展模式，《中国社会经济史研究》1998年第4期；29．明清苏松仓储的社会、经济职能探析，《古今农业》1998年第3期；30．刘猛将信仰与吴中稻作文化，《农业考古》1998年第1期；31．明清时期雹灾概述，《古今农业》1997年第4期；32．论清前期苏松地区的仓储制度，《中国农史》1997年第2期；33．明代苏松地区仓储制度初探，《中国农史》1996年第3期；34．明清江南地区的“乡圩”，《中国农史》1995年第3期；35. 建国以来明清农业自然灾害研究综述，《中国农史》1992年第4期。 1. 创新与传承——“双重编码课程”的设置及其实践，《北京大学教育评论》2012年第4期；2. 在田野中阅读江南乡镇志，《中国人类学评论》第12辑，世界图书出版公司2009年；3. 科大卫、刘陶陶主编《中国的城镇和乡村：认同与感知》评介，载《历史人类学学刊》第二卷第二期，2004年；4. 滨岛敦俊，“总管信仰——近世江南农村社会と民间信仰”评介，《历史人类学学刊》第一卷第二期，2003年；5. 《秦农业历史研究》评介，《中国农史》1998年第2期。
《清史研究》的前身是创建于改革开放之初的《清史研究通讯》。1979年春天,中国社会科学院在成都召开的中国历史学规划会议决定,为了加强清史研究,互通情报,委托中国人民大学清史研究所和中国社会科学院历史研究所清史研究室共同主办一个不定期的内部刊物《清史研究通讯》,自1979年起,相继刊印12期之后, 1982年9月改为正式期刊,在国内公开发行。出版10期以后,为了进一步推动全国的清史研究,扩大国内外的学术交流,经过有关部门核准,从1985年起扩大篇幅,由原来的32页增加为64页,由国内发行改为向国内外公开发行。1986年起,《清史研究通讯》由中国人民大学清史研究所独自主办。1991年经国家教委和新闻出版署批准,《清史研究通讯》正式更名《清史研究》,从1992年起,版面由原来的64页扩展为128页,由中国人民大学清史研究所和书报资料中心合办,清史研究所承担编辑工作,书报资料中心负责出版和发行工作。2000年开始,《清史研究》再次由清史研究所独办,学校在经费上予以扶持。清史纂修工程启动后,为适应研究需求,发挥学术阵地作用,为国家清史纂修工程和繁荣清史研究事业服务。本刊编辑部决定再次调整《清史研究》版面,从2008年起,《清史研究》从原来128页又扩展为156页。
米辰峰1995年至1998年期间，成崇德既担任清史所所长，又在清史所攻读博士学位，按照规定，研究生培养期间，所有专业试卷必须经过本单位领导审查签字才能生效实施，成崇德读博期间无疑是“自考自”，属于“自封博士”。米辰峰指出，成崇德读的是中国近现代史专业的博士，但博士论文却是《17~19世纪中叶中国边疆问题研究》，研究内容明显属于中国古代史。成崇德的导师是时任中国人民大学校长的李文海教授，其研究领域是中国近现代史。在米辰峰看来，李文海根本无法指导成崇德，成所长跟着李校长读博士，类似“声乐专业的考生报考一个芭蕾舞博士”。 但米辰峰提醒，在成崇德攻读博士的1995年，清史所至少有戴逸教授等是中国古代史专业的博士生导师。2009年7月7日下午，米辰峰的一封邮件里，发信人将成崇德的博士论文中涉嫌与他人“完全相同”的数百字，用黄色标出，这些是米辰峰在《调查报告》中不曾提到的。这些“完全相同”的小段文字，有的来自葛剑雄1994年出版的专著《统一与分裂》，还有的来自《清史研究》上曾发表的论文。 尽管《调查报告》已在人大历史学院和网络上引起一场不小的风波，但葛剑雄说，对米辰峰以真名发来的举报材料，他唯一能做的，就是转给学风建设委员会秘书处。主要的困难在于学风建设委员会并没有调查处理的权力，只是起一个转运站的作用，至于米的材料转给教育部后结果如何，是否真的查了，葛剑雄表示，这“不得而知”。
据学术堂了解，硕士研究生在毕业之前都需要发表足够的论文才能予以毕业,不同学校对研究生的论文要求也不相同.硕士论文的话一般都要求3万字左右,具体也要看作者所在的专业了.那么硕士论文一般发表在哪里呢?硕士不论是在校期间还是毕业的时候发表论文都是非常有用的,在校期间发表的论文可以用来评奖学金,所以很多学生也会在核心期刊上投稿,这样在评奖学金的时候效果是很大的.下面给大家推荐的是一些文学类的优秀核心期刊以供参考.北大核心期刊推荐:《飞天》期刊周期:半月刊期刊级别:北大核心国内统一刊号:62-1012/I国际标准刊号:1002-803X主办单位:甘肃省文联主管单位:甘肃省文联《飞天》文学月刊以文学和文学评论为主,兼及文学学术论文刊载.立足西北,面向全国.有众多的文学名家和新人在这里亮相,每年有大量作品被国内权威选刊选载.它集文学理论研究的权威性和文学创作工作的指导性于一体,以文学创作、理论探讨和学术研究为主,兼备最新信息的一份重要文学理论学术刊物,是反映中国文学、文化发展走向和理论研究成果的一份重要参考期刊.优秀核心期刊推荐:《电影文学》期刊周期:半月刊期刊级别:核心期刊国内统一刊号:CN22-1090/I国际标准刊号:ISSN0495-5692主办单位:长影集团主管单位:长影集团《电影文学》创刊于1958年,是长春电影制片厂旗下的刊物之一.创刊近50年来,依托长影的人才资源与品牌优势,发表了大量的影视文学剧本及影视学术作品,在全国广有影响.邮发代号:12-8.双核心期刊推荐:《南方文坛》期刊周期:双月期刊级别:核心期刊国内统一刊号:CN45-1049/I国际标准刊号:ISSN1003-7772主办单位:广西文联主管单位:广西文联《南方文坛》为国内外公开发行的文艺理论和批评期刊.1987年创刊时,16开64页双月刊,铅印.现为大16开96页,胶印.邮发代号:48-87.最初由广西文联和广西人民出版社合办,两年后由广西文联单独主办.1996年底改版,并迅速在中国文坛崛起,被誉为"中国文坛的批评重镇".2001年始由广西文联与广西师大出版社合办,历任主编有李超鸿、陈运祐、郑继馨、彭洋、张燕玲.现任社长蓝怀昌、肖启明,主编张燕玲(执行)、王建周,副主编张萍.
刊大师：为作者投发学术期刊提供智能化解决方案。研究生怎么在CN期刊上发表学术论文？下半部分来喽~快点进来看看吧！（侵、私、删）
至少要到省级刊物上发表，省级刊物就是由地方主办的一些期刊杂志。用过早发表网。
研究生，博士论文发表要求每个学校是不一样的：有的学校要求必须在正规期刊上发表的；有的则不作要求，这个就得看你们学校的要求了：正规期刊的话，是有自己的CN的。所谓CN 类刊物是指在我国境内注册、国内公开发行的刊物。该类刊物的刊号均标注有CN字母，人们习惯称之为CN类刊物。CN刊号标准格式是：CNXX-XXXX，其中前两位是各省（区、市）区号。而印有“CN（HK）”或“CNXXX（HK）/R”的不是合法的国内统一刊号。这是我在杂志社发表论文的时候，负责的老师告诉我的，有需要的话你可以去问问。
染色质免疫沉淀后测序( ChIP seq )是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步，ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低，ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理：甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联，通过超声波将交联后的染色质打断成小片段，一般在200-600bp范围内。再利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。最后，去交联并对纯化后DNA进行PCR扩增，高通量测序，最后与已有基因组序列进行比对，以确定 DNA与蛋白质结合的序列。 问题分析： 1.甲醛交联对后续结果分析的影响？ 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术，十几年后核心步骤仍无大变化。然而，ChIP-seq技术实际存在一定 的缺陷，例如甲醛交联 。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂，但由于其反应活性仅限于胺，因此其交联效率较低；对哺乳动物细胞而言，其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量很大，也因此该技术也很难适用于微量细胞及单细胞样本。牛津大学出版社发表的文章In vivo formaldehyde cross-linking: it is time for black box analysis指出，某些蛋白质如：阻遏蛋白，NF-κB等无法通过甲醛交联到DNA上，研究表明；在DNA上的停留时间短于5秒的蛋白质无法用甲醛交联。其次，甲醛会导致许多其它无关蛋白质交联到DNA上，影响后续分析数据。有报道称，甲醛交联会触发DNA损伤应答机制，从而改变染色体组分，进而使ChIP结果产生偏向性。除此之外，由于交联反应在加热和低PH的情况下会发生逆转，因此DNA蛋与白质的交联复合物的稳定性也是一个值得关注的问题。因此，甲醛究竟在多大程度上能反应细胞内蛋白质的分布仍不能确定。 根据有无甲醛交联步骤可以把CHIP技术划分为两种类型，一类是存在甲醛交联的ChIP，即X-ChIP（cross-linking and mechanical shearing ChIP）；另一类是无交联存在的ChIP，即N-ChIP（native-ChIP）；相较于X-ChIP，N-ChIP技术有一系列的优点，包括：高分辨率（MNase的使用使得染色体的片段化可以小至核小体）、避免了甲醛交联带来的非特异性蛋白在DNA上的富集、避免了甲醛交联对抗原表位的遮盖、步骤的减少降低了样品的损失等。然而，由于使用了MNase，N-ChIP只适用于研究组蛋白修饰，大部分情况下不能用于转录因子的研究。 2. 超声波打断和酶断裂方法的比较？ 酶类： 最常用的酶类如 MNase ，即：微球菌核酸酶，是一种能降解核小体连接区的DNA序列的核酸酶，最初从金黄色葡萄球菌中分离出来。MNase消化染色质可以释放出一个个独立的核小体。 MNase酶解法具有一定的局限性，首先，MNase对于偏向于切割A/T碱基位点，导致核小体在A/T富集区域的表达量低于真实情况；其次，MNase不能在核小体边界精确切割，这导致在确定染色质的开放位置与真实情况存在差异；而且，MNase偏向于消化脆性核小体。在不同物种的实验证据表明，脆性核小体占据了基因启动子和转录终止位点，而脆性核小体只在MNase浓度较低且消化时间较短的情况下才能被检测出来，因此很难将脆弱核小体量化到稳定核小体的相对丰度。 超声打断则不如酶裂解法温和，而且由于打断的不均匀性，导致测序结果背景噪音高，影响后续数据分析。由于文章篇幅限制，在此不多赘述。 那么究竟选择酶解还是超声打断，需要视 情况 而定。可参考以下建议： 如果所研究的蛋白质高丰度表达且与DNA结合紧密如组蛋白，那么样本无需需交联，这时可使用酶解法。 如果所研究的蛋白质表达丰度较低或与DNA结合不紧密如转录因子等，往往需要用交联试剂将样本进行固定，稳定蛋白质和DNA的形态，这时最好选用超声法进行断裂。 拓展： 适用于微量细胞水平的ChIP技术及其原理 1）CUT-Tag技术： CUT-Tag可同时用于研究转录因子结合位点以及DNA的开放性。可在一天之内完成从细胞到建库完成的所有步骤，且具有高分辨率，低噪音等特点。起始细胞用量可低至50个。[1] 原理：利用抗原抗体特异性反应，加入特异性抗体与染色体上目标蛋白结合，加入二抗与该抗体结合以募集更多的pA-Tn5转座酶复合物至目标蛋白与DNA序列的结合位点上，转座酶复合物切割该染色质开放位点，并在切割后的DNA片段两端加入接头，文库构建完成，可直接进行后续测序，与已有基因组序列比对，即可知道目标蛋白与DNA的结合位点。 2）ChIL-seq： ChIL（chromatin integration labelling），即染色质集成标签技术，可同时用于研究转录因子结合位点以及DNA的开放性，起始细胞用量为100-1000个细胞。ChIL-seq 避免了传统ChIP-seq技术中由于抗体沉淀所带来的回收率低的缺陷，尤其适用于贴壁细胞。对于活跃的组蛋白标记如H3K4me3 ，H3K27ac，起始细胞用量甚至可降低至单细胞水平。[2] 原理：在96孔板中加入细胞，经固定，染色后加入一抗与目标蛋白结合，随后加入ChIL探针（由二抗和ChIL DNA组成），探针中的ChIL DNA经Tn5转座酶整合到目标蛋白所在基因组DNA附近，随后T7 RNA 聚合酶经ChIL DNA中的启动子启动转录，以此处基因组DNA为模板合成RNA，经DNase I消化和裂解释放RNA，以纯化的RNA建库测序。 3．Drop-ChIP: Drop-ChIP:使用了特定的微流控装置，分辨率可达到单细胞水平。该技术不仅可以在单细胞水平研究转录因子结合位点及组蛋白修饰，还可以从细胞特异性角度研究不同细胞间染色质的变异程度。我们认为，整合单细胞染色质和单细胞表达数据，可以使调控元件与靶基因更精确地耦合，并更深入地了解它们的功能动力学和关系。[3] 原理：首先，将待研究的细胞与裂解液，MNase混合进行染色质消化，另外设计一个包含很多种不同接头的液滴，在微流控装置上反应，使得每一个细胞液滴与一种接头液滴混合，同时与含有DNA连接酶的buffer液滴混合。这个过程中，接头序列自动连接到裂解的染色质片段两端，进而进行细胞裂解，使用特异性抗体对目标蛋白进行沉淀，对富集后的DNA进行测序。与已有基因组序列比对即可知道目标蛋白作用位点。 [1]. 1: Kaya-OkurHS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K,Henikoff for efficient epigenomic profiling of small samples and singlecells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. [2]. Harada A,Maehara K, Handa T, Arimura Y, Nogami J, Hayashi-Takanaka Y, Shirahige K,Kurumizaka H, Kimura H, Ohkawa Y. A chromatin integration labelling method enablesepigenomic profiling with lower input. Nat Cell Biol. 2019 Feb;21(2):287-296. [3]. Rotem A, RamO, Shoresh N, Sperling RA, Goren A, Weitz DA, Bernstein BE. Single-cellChIP-seq reveals cell subpopulations defined by chromatin state. Nat Biotechnol. 2015Nov;33(11):1165-72
染色质免疫沉淀（ChIP）实验指南及技术总结ChIP是一项比较流行的研究转录因子（transcriptionfactor,TF）与启动子（promoter）相互结合的实验技术。由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法，所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白，蛋白与核酸（DNA或RNA）之间会产生共价键。细胞内，当TF与Promoter相互结合（生物意义上的结合）时，它们必然靠的比较近，或者契合在一起，这个时候用甲醛处理，能使它们之间产生共价键。染色质免疫沉淀分析（ChiP）是基于体内分析发展起来的方法，它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并通过超声或酶处理将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过抗原抗体的特异性识别反应沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。它能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的一种很好的方法。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。一般ChIP的流程是：甲醛处理细胞---收集细胞，超声破碎---加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合---洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联，纯化富集的DNA-片断---PCR分析。在PCR分析这一块，比较传统的做法是半定量-PCR。但是现在随着荧光定量PCR的普及，大家也越来越倾向于Q-PCR了。此外还有一些由ChIP衍生出来的方法。例如RIP（其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合，具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA）；还有ChIP-chip（其实就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基础上有所改变，不同的公司有不同的做法，要根据公司的要求来准备样品）。第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243 ul 37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％（培养基共有9ml）。2、37摄氏度孵育10min。3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为。450 ul 甘氨酸于平皿中。混匀后，在室温下放置5min即可。4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。预冷后2000rpm 5min收集细胞。6、倒去上清。按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。这样每100ul溶液含1×106个细胞。再加入蛋白酶抑制剂复合物。假设MCF7长满板为5×106个细胞。本次细胞长得约为80％。即为4×106个细胞。因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。将2管混在一起，共800ul。7、超声破碎：VCX750，25％功率，冲击，9S间隙。共14次。（二）、除杂及抗体哺育。8、超声破碎结束后，10，000g 4oC离心10min。去除不溶物质。留取300ul做实验，其余保存于-80oC。300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl终浓度为），65oC处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC颠转混匀1h。10、1h后，在4oC静置10min沉淀，700rpm离心1min。11、取上清。各留取20ul做为input。一管中加入1ul抗体，另一管中则不加抗体。4oC颠转过夜。（三）、检验超声破碎的效果。取100ul超声破碎后产物，加入4ul5MNaCl，65oC处理2h解交联。分出一半用酚/氯仿抽提。电泳检测超声效果。第二天：（一）、免疫复合物的沉淀及清洗。12、孵育过夜后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC颠转2h。13、4oC静置10min后，700rpm离心1min。除去上清。14、依次用下列溶液清洗沉淀复合物。清洗的步骤：加入溶液，在4oC颠转10min，4oC静置10min沉淀，700rpm离心1min，除去上清。洗涤溶液： salt wash buffer-one wash buffer-one wash buffer-one buffer-two wash15、清洗完毕后，开始洗脱。洗脱液的配方：100ul10％SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。每管加入250ul洗脱buffer，室温下颠转15min，静置离心后，收集上清。重复洗涤一次。最终的洗脱液为每管500ul。16、解交联：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl终浓度为）。混匀，65oC解交联过夜。第三天：（一）、DNA样品的回收17、解交联结束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。18、每管加入，（），2ul10mg/ml蛋白酶K。45oC处理2h。19、DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。最终的样品溶于100ulddH2O。（二）、PCR分析
染色质免疫共沉淀技术是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来的技术。
这项技术主要用来分析目标基因有没有活性、或者分析一种已知蛋白（转录因子）的靶基因有哪些。该技术主要应用于以下几方面：
1.组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”
2.转录调控分析
3.药物开发研究
4.有丝分裂研究
损失与凋亡分析
扩展资料：
实验步骤：
1、细胞固定
甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析。交联所用的甲醛终浓度为1%，交联时间通常为5分钟到1个小时，具体时间根据实验而定。
值得注意的是，交联时间如果过长，细胞染色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果，而且实验材料也容易在离心过程中丢失。交联时间如果过短，则交联不完全，产生假阴性。甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。
2、染色质断裂
交联后的染色质可被超声波或Micrococcal Nuclease切成400~600 bp的片段（用琼脂糖凝胶电泳检测），以便暴露目标蛋白，利于抗体识别。超声波是使用机械力断裂染色质，容易引起升温或产生泡沫，这都会引起蛋白质变性，进而影响ChIP的效率。
所以在超声波断裂染色质时，要在冰上进行，且要设计时断时续的超声程序，保证低温。另外，超声探头要尽量深入管中，但不接触管底或侧壁，以免产生泡沫。总超声时间也不要太长，以免蛋白降解。
技术应用：
1、Micrococcal Nuclease可以将染色质切成一到几个核小体，比超声波处理的结果更精致，更均一。另外，酶反应的条件比较温和，对DNA和DNA-蛋白复合物的损伤较小，而且蛋白不易变性。酶处理染色质适用于新鲜的细胞或组织样品和冰冻样品。在研究组蛋白时，经常采用没经过甲醛固定的Native ChIP（N-ChIP）的研究方法。
因为N-ChIP没经过甲醛固定，超声波处理会打断组蛋白和DNA的结合，所以只能选择酶处理染色质的方法。对于甲醛固定的样品，一般选择超声波处理方法。也有研究人员使用酶处理的方法研究甲醛固定较温和的样品。
2、染色质免疫沉淀的DNA适用于多种分析方法。如果目的蛋白的靶序列是已知的或需要验证的，可采用狭缝杂交（Slot blot）的方法，把靶序列特异性探针与染色质免疫沉淀的DNA杂交，来验证目的蛋白与DNA靶序列的特异性结合。
还可以根据靶序列设计引物，用半定量PCR的方法进行测定，或采用Real-time PCR方法进行定量分析。如果目的蛋白的靶序列是未知的或高通量的（high-throughput），可采用Southern杂交。但因为免疫沉淀的DNA量较少，所以在研究时通常要用PCR方法扩增DNA探针，再进行整个基因组扫描。
还可以把沉淀的DNA克隆到载体中，进行测序，寻找该序列附近的开放阅读框，发现新的基因调节序列。
3、目前，随着人类基因组测序工作的基本完成，研究目的蛋白和整个基因组的相互作用逐渐成为研究的热点。由于基因组中的信息量非常大，上述常规方法通常无法满足科研的需要。近年来发展起来的ChIP-chip技术将基因组DNA芯片（chip）技术与染色质免疫沉淀技术（ChIP）相结合，为研究目的蛋白与整个基因组相互作用提供了可能。
ChIP-chip 技术通过标记染色质免疫沉淀富集的DNA片段，和另一个被标记不同探针的对照组样品一起，与DNA芯片杂交，再利用各种生物信息学方法对收集到的信号进行分析，具体的实验步骤请参考Dr. Richard Young在Nature Protocols上的文章。
ChIP-chip技术已经被广泛应用于研究转录因子在整个基因组中的信号网络，染色质修饰机制在基因组中的调控，DNA的复制，修复以及修饰，基因的转录与核运输等诸多方面。
4、染色质免疫沉淀技术还可用于分析两种蛋白共同结合的DNA序列，即ChIP reChIP方法。ChIP reChIP是在第一次ChIP的基础上不解交联，而继续进行另一个目的蛋白的免疫沉淀，从而得到与两种目的蛋白都结合的DNA序列。
值得注意的是，因为通过两次免疫沉淀富集的DNA量比较少，所以在分析时通常要把多次免疫沉淀的DNA浓缩后再进行操作。
5、随着染色质免疫沉淀技术受到广泛的关注，运用该技术发表的文章也逐渐增多，大家越来越多的开始关注如何改进ChIP的方法。Millipore最新推出的Magna ChIP试剂盒，利用磁珠分离DNA-蛋白-抗体复合物，提高了ChIP的效率，简化了操作的过程，缩短了实验的时间，还为同时进行多个目的蛋白的研究提供了可能，是经常使用ChIP技术的研究人员的理想选择。
6、近年来ChIP技术也被用于研究RNA-蛋白的相互作用，其原理与DNA类似，也包括甲醛固定，超声波破细胞，免疫沉淀，交联逆转，RNA纯化和RNA鉴定等步骤。所不同的是，交联逆转只用Proteinase K，要进行RNA纯化和不含RNase的DNase处理，分析时用RT-PCR，芯片杂交要用cDNA芯片等。
参考资料：百度百科-染色质免疫共沉淀
与传统的EMSA技术相比，基于体内分析而发展的染色质免疫沉淀分析（Chromatin immunoprecipitation assay kit,ChIP）技术能更加真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。ChIP技术和芯片技术的结合有利于确定全基因组范围内染色体蛋白的分布模式以及组蛋白修饰情况。该技术主要应用于：1.组蛋白修饰研究 2.转录调控分析 3.药物开发研究 4.有丝分裂研究 损伤与凋亡分析。 Upstate公司最先开发出步骤优化简捷的商业化ChIP分析试剂盒，保证实验的准确性和可重复性，同时Upstate提供广泛可行的ChIP级别应用抗体。ChIP基本试剂盒和特定蛋白质ChIP级别应用抗体结合完成一个完整的染色质免疫沉淀分析。 ChIP技术的作用原理： 甲醛处理使蛋白质与DNA交联； ChIP基本试剂盒组分：ssDNA/Protein A agarose ssDNA/Protein G AgaroseChIP Dilution BufferLow salt wash bufferHigh salt wash bufferLiCl Wash BufferTE EDTA5M NaCL1M Tris-HCl, pH Lysis Buffer（以上各组份也可分别购买） 超声波将染色质打断成一定大小； 通过抗体沉淀蛋白质-DNA交联复合体； 解除交联，纯化DNA； PCR确定和DNA结合的蛋白量；